Variants del SARS-CoV-2: diferència entre les revisions

De la Viquipèdia, l'enciclopèdia lliure
Exploració interactiva de l'historial
← Edició anteriorEdició següent →
Contingut suprimit Contingut afegit
VisualWikitext
Línia 145: Línia 145:


== Sumari ==
== Sumari ==
{| class="wikitable"
{| class="wikitable sortable"
! colspan="2" | Primera detecció
! colspan="2" |Primera detecció
! rowspan="2" |Llinatge[[Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages|PANGOLIN]]<ref name="pango-lineages"/>
! rowspan="2" | [[#CITEREFNomenclatura proposada, Nature|Sistema de nomenclatura de llinatges PANGO]]
! rowspan="2" |[[Nextstrain|Clade Nextstrain]]<wbr/><ref name="nextstrain">{{cite web |url=https://nextstrain.org/ |title=Nextstrain |website=nextstrain.org |publisher=[[Nextstrain]]}}</ref><ref name="cdc-variants"/>
! rowspan="2" | Altres noms
! rowspan="2" | Mutacions notables
! rowspan="2" |Variant
[[Public Health England|PHE]]<wbr />{{efn-ua|El format de denominació es va actualitzar el març de 2021, canviant l'any de 4 a 2 dígits i el mes de 2 dígits a una abreviatura de 3 lletres. Per exemple, VOC-'''2021'''''01''-02 convertit a VOC-'''21'''''JAN''-02.<ref name="phe-voc" />}}
! colspan="3" | Canvis clínics<ref group=nota>"—" denota que no s'ha pogut trobar cap font fiable per a ser referència.</ref>
! rowspan="2" | Distribució
! rowspan="2" |Altres noms
! rowspan="2" |{{Abbr|Ref.|Referències}}
! rowspan="2" |Mutacions notables
! colspan="3" |Evidència de canvis clínics<wbr/>{{efn-ua|"—" denota que no es va poder trobar cap font fiable que cités.}}
! rowspan="2" |Distribució<ref name="pango-lineages"/>
|-
|-
| {{rh}} | Ubicació
! Ubicació
| {{rh}} | Data
!Data
| {{rh}} | Transmissibilitat
![[Transmissibilitat]]
| {{rh}} | Virulència
![[Virulència]]
| {{rh}} | Antigenicitat
![[Antigenicitat]]
|-
|{{nowrap|{{Flag|Regne Unit}}}}
|Gen 2020<wbr/><ref name="pango-lineages" />
|[[Lineage B.1.1.7|B.1.1.7]]
|20I/501Y.V1
|VOC-20DEC-01<wbr/>{{efn-ua|B.1.1.7 amb E484K es designa per separat VOC-21FEB-02}}
|—
|N501Y, 69–70del, P681H<wbr/><ref name=":3" />{{sfnp|Chand ''et al.''|2020|p=6|loc=Potential impact of spike variant N501Y}}
|{{risk|level=high|align=ml|{{Estimate|74|unit=%|prefix=sym|mini=auto}} més alt<wbr/><ref name="volz">{{cite techreport |last1=Volz |first1=Erik |last2=Mishra |first2=Swapnil |last3=Chand |first3=Meera |last4=Barrett |first4=Jeffrey |last5=Johnson |first5=Robert |last6=Geidelberg |first6=Lily |last7=Hinsley |first7=Wes |last8=Laydon |first8=Daniel |last9=Dabrera |first9=Gavin |last10=O’Toole |first10=Áine |last11=Amato |first11=Roberto |last12=Ragonnet-Cronin |first12=Manon |last13=Harrison |first13=Ian |last14=Jackson |first14=Ben |last15=Ariani |first15=Cristina |last16=Boyd |first16=Olivia |last17=Loman |first17=Nicholas |last18=McCrone |first18=John |last19=Gonçalves |first19=Sónia |last20=Jorgensen |first20=David |last21=Myers |first21=Richard |last22=Hill |first22=Verity |last23=Jackson |first23=David |last24=Gaythorpe |first24=Katy |last25=Groves |first25=Natalie |last26=Sillitoe |first26=John |last27=Kwiatkowski |first27=Dominic |last28=Flaxman |first28=Seth |last29=Ratmann |first29=Oliver |last30=Bhatt |first30=Samir |last31=Hopkins |first31=Susan |last32=Gandy |first32=Axel |last33=Rambaut |first33=Andrew |last34=Ferguson |first34=Neil |display-authors=6 |date=2021-01-04 |title=Transmission of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: Insights from linking epidemiological and genetic data |url=http://medrxiv.org/lookup/doi/10.1101/2020.12.30.20249034 |via=[[medRxiv]] |type=[[Preprint]] |doi=10.1101/2020.12.30.20249034 |hdl=10044/1/85239 |hdl-access=free |access-date=2021-03-22}}</ref>}}
|{{risk|level=high|align=ml|{{Estimate|64|32|104|unit=%|prefix=sym|mini=auto}} més letal<wbr/><ref>{{cite journal |last1=Challen |first1=Robert |last2=Brooks-Pollock |first2=Ellen |last3=Read |first3=Jonathan |last4=Dyson |first4=Louise |last5=Tsaneva-Atanasova |first5=Krasimira |last6=Danon |first6=Leon |date=2021-03-10 |title=Risk of mortality in patients infected with SARS-CoV-2 variant of concern 202012/1: matched cohort study |url=https://www.bmj.com/content/372/bmj.n579 |journal=[[The BMJ]] |volume=372 |id=n579 |doi=10.1136/bmj.n579 |issn=1756-1833 |pmc=7941603 |pmid=33687922 |access-date=2021-03-22}}</ref>}}
|{{risk|level=low|align=ml|Sense evidència de canvi<wbr/><ref name="ECDC1" />}}
|{{risk|level=high|align=ml|Global}}
|-
|-
|{{Flag|Nigèria}}
|{{Flag|Nigèria}}
|Mar 2020<wbr/><ref name="pango-b-1-1-207">{{cite web |url=https://cov-lineages.org/lineages/lineage_B.1.1.207.html |title=Lineage B.1.1.207 |website=cov-lineages.org |publisher=[[Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages|Pango]] team |access-date=2021-03-11}} Graphic shows B.1.1.207 detected in Peru, Germany, Singapore, Hong Kong, Vietnam, Costa Rica, South Korea, Canada, Australia, Japan, France, Italy, Ecuador, Mexico, UK and the USA.</ref>
|Agost 2020
|B.1.1.207
|B.1.1.207
|
|—
|—
|P681H
|—
|P681H<wbr/><ref name=":3" />
|{{risk|level=low|align=ml|Sense evidència de canvi}}<wbr/><ref name="biotecnika">{{cite news |last=S |first=Sruthi |date=2021-02-10 |title=Notable Variants And Mutation Of SARS-CoV-2 |url=https://www.biotecnika.org/2021/02/variants-mutations-of-sars-cov-2-a-complete-list/ |work=BioTecNika |access-date=2021-03-22}}</ref>
|{{risk|level=low|align=ml|Sense evidència de canvi}}<wbr/><ref name="biotecnika"/>
|{{risk|level=unknown|align=ml|—}}
|{{risk|level=unknown|align=ml|—}}
|{{risk|level=unknown|align=ml|—}}
|{{risk|level=medium|align=ml|Internacional}}
|{{risk|level=unknown|align=ml|—}}
|{{risk|level=medium|align=ml|Localitzat}}
|<ref name=":3"/>
|-
|-
|{{Flag|Regne Unit}}
|{{Flag|Estats Units}}
|Jun 2020<wbr/><ref name="Pango B.1.429 (A)">{{cite web |url=https://cov-lineages.org/lineages/lineage_B.1.429.html |title=Lineage B.1.429 |website=cov-lineages.org |publisher=[[Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages|Pango]] team |access-date=2021-03-19}} Graphic shows B.1.429 detected in the USA, Mexico, Canada, the UK, France, Denmark, Australia, Taiwan, Japan, South Korea, Australia, New Zealand, Guadeloupe, and Aruba.</ref>
|Octubre 2020
|B.1.429, B.1.427<wbr/><ref name="aci-variants"/>
|[[B.1.1.7]]
|20C/S:452R
|VOC-202012/01, 20I/501Y.V1
|—
|N501Y, 69–70del, P681H
|CAL.20C<wbr/><ref name="B.1.429 other names">{{cite news |date=2021-02-11 |title=Southern California COVID-19 Strain Rapidly Expands Global Reach |url=https://www.cedars-sinai.org/newsroom/southern-california-covid-19-strain-rapidly-expands-global-reach/ |work=[[Cedars-Sinai Medical Center|Cedars-Sinai]] Newsroom |location=[[Los Angeles]] |access-date=2021-03-17}}</ref>
|{{risk|level=high|align=ml|Augmentada ~50% ([[NERVTAG]])}}
|I4205V, D1183Y, S13I, W152C, L452R
|{{risk|level=high|align=ml|Potencialment un 30% més letal ([[NERVTAG]])}}
|{{risk|level=medium|align=ml|{{Estimate|20|unit=%|prefix=sym|mini=auto}} més alt<wbr/><ref name="cdc-variants"/>}}
|{{risk|level=medium|align=ml|Indicacions d'activitat antigènica reduïda ostensiblement ([[Centre Europeu de Prevenció i Control de Malalties|ECDC]])}}
|{{risk|level=high|align=ml|Global}}
|{{risk|align=ml|Sota investigació}}
|{{risk|level=high|align=ml|Neutralització moderadament reduïda<wbr/><ref>{{cite news |last=Wadman |first=Meredith |date=2021-02-23 |title=California coronavirus strain may be more infectious - and lethal |url=https://www.sciencemag.org/news/2021/02/coronavirus-strain-first-identified-california-may-be-more-infectious-and-cause-more |doi=10.1126/science.abh2101 |work=[[Science (journal)|Science]] News |access-date=2021-03-17}}</ref>}}
|<ref name=":3"/><ref name="ECDC1"/><ref name=CUMBMD>{{ref-notícia|cognom=Gallagher |nom=James |títol=Coronavirus: UK variant 'may be more deadly' |obra=[[BBC News]] |data= 22 gener 2021 | url=https://www.bbc.com/news/health-55768627 | access-date= 22 gener 2021}}</ref>{{sfnp|Chand ''et al.''|loc="Potential impact of spike variant N501Y" (p. 6)}}
|{{risk|level=medium|align=ml|Internacional}}
|-
|-
|{{Flag|Dinamarca}}
|{{Flag|Dinamarca}}
|Set 2020<wbr/><ref>{{cite news |date=2020-11-06 |title=SARS-CoV-2 mink-associated variant strain - Denmark |url=https://www.who.int/csr/don/06-november-2020-mink-associated-sars-cov2-denmark/en/ |work=[[World Health Organization|WHO]] Disease Outbreak News |access-date=2021-03-19}}</ref>
|Octubre 2020
| colspan="3" {{No attempt|No registrat}}
|
|[[Clúster 5]];<br/>ΔFVI-spike ([[Statens Serum Institut|SSI]])<ref name="SSI short report"/>
|[[Cluster 5]], ΔFVI-spike<wbr/><ref name="SSI short report" />
|Y453F, {{nowrap|69–70deltaHV<wbr/><ref name="SSI short report" />}}
|Y453F,<br />69–70deltaHV
|{{risk|level=unknown|align=ml|—}}
|{{risk|level=unknown|align=ml|—}}
|{{risk|level=unknown|align=ml|—}}
|{{risk|level=unknown|align=ml|—}}
|{{risk|level=high|align=ml|Disminució moderada de la sensibilitat als anticossos neutralitzants ([[OMS]])}}
|{{risk|level=high|align=ml|Disminució moderada de la sensibilitat als anticossos neutralitzants<wbr/><ref name="WHO">{{cite web |url=https://www.who.int/csr/don/06-november-2020-mink-associated-sars-cov2-denmark/en/ |title=SARS-CoV-2 mink-associated variant strain – Denmark |publisher=[[World Health Organization]] |access-date=16 January 2021 |date=6 November 2020}}</ref>}}
|{{risk|level=eliminated|align=ml|Probablement extingit<wbr/><ref name=sum19nov>{{cite news |date=2020-11-19 |title=De fleste restriktioner lempes i Nordjylland |trans-title=Most restrictions eased in North Jutland |url=https://sum.dk/nyheder/2020/november/de-fleste-restriktioner-lempes-i-nordjylland |language=Danish |publisher=[[Ministry of Health (Denmark)]] |quote=Sekventeringen af de positive prøver viser samtidig, at der ikke er påvist yderligere tilfælde af minkvariant med cluster 5 siden den 15. september, hvorfor Statens Serums Institut vurderer, at denne variant med stor sandsynlighed er døet ud. |trans-quote=At the same time, the sequencing of the positive samples shows that no further cases of mink variant with cluster 5 have been detected since 15 September, which is why the Statens Serums Institut assesses that this variant has most likely died out. |access-date=2021-01-16}}</ref>}}
|{{risk|level=verylow|align=ml|Probablement extingit }}
|<ref name="SSI short report"/><ref name="WHO">{{ref-web|url=https://www.who.int/csr/don/06-november-2020-mink-associated-sars-cov2-denmark/en/ |títol=SARS-CoV-2 mink-associated variant strain – Denmark |editor=[[World Health Organization]] |access-date= 16 gener 2021 |data= 6 novembre 2020}}</ref><ref name=sum19nov>{{ref-web|url=https://sum.dk/nyheder/2020/november/de-fleste-restriktioner-lempes-i-nordjylland |títol=De fleste restriktioner lempes i Nordjylland |trans-title=most restrictions eased in North Jutland |editor=Sundheds- og Ældreministeriet |data= 19 novembre 2020 |access-date= 16 gener 2021 |citació=Sekventeringen af de positive prøver viser samtidig, at der ikke er påvist yderligere tilfælde af minkvariant med cluster 5 siden den 15. september, hvorfor Statens Serums Institut vurderer, at denne variant med stor sandsynlighed er døet ud. ("With high probability [...] died out")}}</ref>
|-
|-
|{{Flag|Sud-àfrica}}
|{{Flag|Sud-àfrica}}
|Oct 2020<wbr/><ref name=":3" />
|Desembre 2020
|[[B.1.351]]
|[[B.1.351]]
|501.V2, 20H/501Y.V2, <br/><abbr>VOC</abbr>-202012/02
|20H/501Y.V2
|VOC-20DEC-02
|N501Y, K417N, E484K
|501Y.V2<wbr/><ref name="ECDC1">{{cite techreport |type=Risk assessment |title=Risk related to the spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA - first update |url=https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/covid-19-risk-assessment-spread-new-variants-concern-eueea-first-update |institution=[[European Centre for Disease Prevention and Control]] |date=2021-02-02}}</ref>
|{{risk|level=high|align=ml|Augmentada 50% ([[Centre Europeu de Prevenció i Control de Malalties|ECDC]])}}
|N501Y, K417N, E484K<wbr/><ref name=":3" />
|{{risk|level=unknown|align=ml|—}}
|{{risk|level=high|align=ml|{{Estimate|50|20|113|unit=%|type=cri|prefix=sym|mini=auto}} més alt<wbr/><ref name="ECDC1"/>}}
|{{risk|level=high|align=ml|21% de reducció de l’antigenicitat, però neutralització efectiva ([[Centre Europeu de Prevenció i Control de Malalties|ECDC]])}}
|{{risk|level=high|align=ml|Global}}
|{{risk|level=low|align=ml|Sense evidència de canvi}}<wbr/><ref name="biotecnika"/>
|{{risk|level=high|align=ml|Neutralització per anticossos reduïda <wbr/><ref name="ECDC1"/>}}
|<ref name=":3"/><ref name=Lowe/><ref name=":6">{{ref-publicació|cognom1=Kupferschmidt |nom1=Kai |data= 15 gener 2021|títol=New coronavirus variants could cause more reinfections, require updated vaccines|url=https://www.sciencemag.org/news/2021/01/new-coronavirus-variants-could-cause-more-reinfections-require-updated-vaccines|access-date=2021-02-02|doi=10.1126/science.abg6028 |publicació=Science |editorial=American Association for the Advancement of Science}}</ref><ref name="ECDC1">{{ref-web|cognom=ECDC|data= 21 gener 2021|títol=Risk related to the spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA - first update|url=https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/COVID-19-risk-related-to-spread-of-new-SARS-CoV-2-variants-EU-EEA-first-update.pdf|url-status=live|archive-url=|archive-date=|access-date=2021-02-02|website=[[European Centre for Disease Prevention and Control]]}}</ref><ref>{{ref-notícia|data=2021-01-06|títol=Coronavirus variants and mutations: The science explained|llengua=en-GB|obra=BBC News|url=https://www.bbc.com/news/science-environment-55404988|access-date=2021-02-02}}</ref><ref name=":4"/><ref name= "ImmuneEscape"/>
|{{risk|level=medium|align=ml|Internacional}}
|-
|-
|{{Flag|Japó}}<br/>{{Flag|Brasil}}
|{{Flag|Japó}}<br />{{Flag|Brasil}}
|Des 2020<wbr/><ref name="ImmuneEscape" />
|Gener 2021
|[[Llinatge B.1.1.248|P.1]]
|[[Lineage P.1|P.1]]
|20J/501Y.V3
|Descendent de B.1.1.28, <abbr>VOC</abbr>-202101/02
|VOC-21JAN-02
|N501Y; E484K
|B.1.1.28.1<wbr/><ref>{{cite web |url=https://cov-lineages.org/global_report_P.1.html |title=P.1 |website=cov-lineages.org |publisher=[[Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages|Pango]] team |access-date=2021-03-22}}</ref><ref name="aci-variants"/>
|{{risk|level=medium|align=ml|Probablement augmentada ([[Centers for Disease Control and Prevention|CDC]])}}
|N501Y, E484K, K417T<wbr/><ref name=":3" />
|{{risk|level=high|align=ml|10–80% més letal}}
|{{risk|level=veryhigh|align=ml|{{Estimate|152|127|178|unit=%|prefix=sym|mini=auto}} més alt<wbr/><ref>{{cite journal |last1=Coutinho |first1=Renato |last2=Marquitti |first2=Flavia |last3=Ferreira |first3=Leonardo |last4=Borges |first4=Marcelo |last5=Silva |first5=Rafael |last6=Canton |first6=Otavio |last7=Portella |first7=Tatiana |last8=Lyra |first8=Silas |last9=Franco |first9=Caroline |last10=Silva |first10=Antonio |last11=Kraenkel |first11=Roberto |display-authors=6 |date=2021-03-09 |title=Model-based estimation of transmissibility and reinfection of SARS-CoV-2 P.1 variant |url=https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.03.21252706v2 |via=[[medRxiv]] |type=[[Preprint]] |doi=10.1101/2021.03.03.21252706 |access-date=2021-03-22}}</ref>{{efn-ua|Un altre estudi preliminar<ref name="cadde-p1"/> ha estimat que P.1 pot ser un 140-220% més transmissible, amb un [[interval de credibilitat]] amb una baixa probabilitat del 50%.}}<wbr/>{{Better source needed|date=March 2021|reason=Preprint and not peer reviewed (WP:MEDRS)}}}}
|{{risk|level=high|align=ml|Reducció global de la neutralització efectiva ([[Centre Europeu de Prevenció i Control de Malalties|ECDC]])}}
|{{risk|level=medium|align=ml|{{Estimate|45|10|80|50|unit=%|type=cri|prefix=sym|mini=auto}} més letal<wbr/><ref name="cadde-p1" />}}{{efn-ua|L'[[interval de credibilitat]] reportat té una baixa probabilitat de només el 50%, de manera que la letalitat estimada només es pot entendre com a possible, no segura ni probable.}}
|{{risk|level=high|align=ml|Global}}
|{{risk|level=high|align=ml|Reducció global de la neutralització efectiva<wbr/><ref name="ECDC1" />}}
|<ref name=":6"/><ref name="VFT">Voloch, Carolina M.; et al. (2020). [https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.23.20248598v1.full-text "Genomic characterization of a novel SARS-CoV-2 lineage from Rio de Janeiro, Brazil"] full text (see figure 5). Retrieved 15 January 2021. {{DOI|10.1101/2020.12.23.20248598}} – via [[medRxiv]].</ref><ref name=":1"/><ref name="IndyWWK">{{ref-notícia|cognom=Lovett|nom=Samuel|data= 14 gener 2021|títol=What we know about the new Brazilian coronavirus variant|obra=[[The Independent]]|lloc=Londres|url=https://www.independent.co.uk/news/health/covid-japan-new-variant-brazil-latest-b1786847.html|access-date=2021-01-14}}</ref><ref name= "ImmuneEscape"/><ref name="ECDC1"/>
|{{risk|level=medium|align=ml|Internacional}}
|-
|-
|{{Flag|Regne Unit}}<br />{{Flag|Nigèria}}
|{{Flag|Regne Unit}}<br />{{Flag|Nigèria}}
|Des 2020
|Des 2020<wbr/><ref name="UK" />
|B.1.525
|B.1.525
|20C<wbr/>{{efn-ua|Inclou B.1.525 i B.1.526.<ref name="cdc-variants" />}}
|VUI-202102/03 (PHE), antigament UK1188
|VUI-21FEB-03<wbr/>{{efn-ua|Antigament UK1188.}}
|E484K, F888L
|—
|{{risk|level=unknown|align=ml|—}}
|E484K, F888L<wbr/><ref name="Pango B.1.525" />
|{{risk|level=unknown|align=ml|—}}
|{{risk|level=medium|align=ml|Neutralització reduïda "modestament" ([[COG-UK]])}}
|{{risk|align=ml|Sota investigació}}
|{{risk|level=medium|align=ml|Internacional
|{{risk|align=ml|Sota investigació}}
|{{risk|level=medium|align=ml|Possiblement es redueix la neutralització<wbr/><ref name="cdc-variants"/>}}
|
|{{risk|level=medium|align=ml|Internacional}}
}}
|<ref name=":7"/><ref name="UK"/><ref name="Pango B.1.525"/>
|}
|}
{{notelist-ua}}
;Notes
{{Referències|grup=nota}}


== Referències ==
== Referències ==

Revisió del 23:39, 29 març 2021

El coronavirus 2 de la síndrome respiratòria aguda greu (SARS-CoV-2), el virus que causa la malaltia respiratòria causada per SARS-CoV-2 (COVID-19), té diverses variants notables que es creu o s'ha cregut que tenen una importància especial.

Es creu que la seqüència WIV04/2019, pertanyent al clade S de GISAID / llinatge A PANGOLIN / clade 19B de Nextstrain, és la seqüència original que infectà els humans, coneguda com a "seqüència zero", i es coneix àmpliament com a tal i s'utilitza com a seqüència de referència.[1]

Nomenclatura

Taula de nomenclatures corresponents SARS-CoV-2[2]
Llinatges PANGO (cf. (Nomenclatura proposada, Nature)) Notes als llinatges PANGO (cf. (Alm et al.)) Clades (Nextstrain), 2021[3] Clades (GISAID) Variants destacades
A.1–A.6 19B S conté la "seqüència zero"[1]
B.3–B.7, B.9, B.10, B.13–B.16 19A L
O[a]
B.2 V
B.1 B.1.5–B.1.72 20A G Llinatge B.1 en el sistema de nomenclatura de llinatges PANGO
B.1.9, B.1.13, B.1.22, B.1.26, B.1.37 GH
B.1.3–B.1.66 20C Inclou CAL.20C[4]
20G Predominant generalment als EUA, Gener/21[4]
20H Inclou 501.V2 àlies (20C/501Y.V2 o) 20H/501Y.V2 o B.1.351 lineage
B.1.1 20B GR Inclou B.1.1.207
20D Inclou P.1 i P.2[5]
20F
20I Inclou VOC-202012/01 àlies 20B/501Y.V1 llinatge B.1.1.7, i B.1.1.207
B.1.177 20E (EU1)[3] GV[a] Derivat de 20A[3]

No s'ha establert cap nomenclatura coherent per al SARS-CoV-2.[7] Col·loquialment, inclosos els governs i les organitzacions de notícies, sovint es fa referència a les variants pel país on es van identificar per primera vegada,[8][9][10] l 'Organització Mundial de la Salut (OMS) treballa en una "nomenclatura estàndard per a variants del SARS-CoV-2 que no facin referència a una ubicació geogràfica".[11]

Tot i que hi ha molts milers de variants de SARS-CoV-2,[12] els tipus de virus es poden incloure en agrupacions més grans, com ara llinatges o clades. S'han proposat tres nomenclatures principals:[7]

Criteris de notabilitat

Els virus generalment adquireixen mutacions amb el pas del temps, donant lloc a noves variants. Quan sembla que una nova variant creix en una població, es pot etiquetar com a "variant emergent".

Algunes de les possibles conseqüències de les variants emergents són les següents:[18][19]

  • Augment de la transmissibilitat
  • Augment de la morbiditat
  • Augment de la mortalitat
  • Capacitat per eludir la detecció mitjançant proves diagnòstiques
  • Disminució de la susceptibilitat als fàrmacs antivirals (si i quan aquests medicaments estan disponibles)
  • Disminució de la susceptibilitat als anticossos neutralitzants, ja sigui terapèutics (per exemple, plasma convalescent o anticossos monoclonals) o en experiments de laboratori
  • Capacitat per eludir la immunitat natural (per exemple, causar reinfeccions)
  • Capacitat per infectar individus vacunats
  • Augment del risc de patir afeccions particulars com la síndrome inflamatòria multisistema o la COVID persistent.
  • Increment de l'afinitat per grups clínics o demogràfics concrets, com ara nens o individus immunodeprimits.

Les variants que semblen complir un o més d'aquests criteris es poden etiquetar com a "variants d'interès" a l'espera de la verificació i validació d'aquestes propietats. Un cop validades, les "variants d'interès" es poden canviar el nom de "variants d'interès" per les organitzacions de control, com ara les CDC.[20]

Variants notables

Clúster 5

El clúster 5, també anomenat ΔFVI-spike per l'Statens Serum Institut (SSI),[21] va ser descobert al nord de Jutlàndia, Dinamarca, i es creu que es va estendre des de visons a humans a través de granges de visons. El 4 de novembre de 2020 es va anunciar que la població de visons de Dinamarca seria sacrificada per evitar la possible propagació d'aquesta mutació i reduir el risc de noves mutacions.

Llinatge B.1.1.7 / Variant of Concern-202012/0

Detectat al Regne Unit.[22] [23]

Llinatge B.1.1.207

Seqüenciada per primera vegada l'agost de 2020 a Nigèria,[24][25]

Llinatge B.1.1.317

Llinatge B.1.1.318

Llinatge B.1.351

[18] [26]

Llinatge B.1.429 / CAL.20C

[4]

Llinatge B.1.525

[27] [28]

Llinatge P.1

[29]

Llinatge P.3

Mutacions notables

D614G

E484K

[30] [31]

N501Y

S477G/N

P681H

Origen de les variants

Els investigadors han suggerit que es poden produir múltiples mutacions en el curs de la infecció persistent d'un pacient immunodeprimit, especialment quan el virus desenvolupa mutacions d'escapament sota la pressió de selecció de l'anticòs o del tractament amb plasma convalescent,[32][33] amb les mateixes delecions en els antígens de superfície de forma repetida en diferents pacients.[34]

Sumari

Primera detecció LlinatgePANGOLIN[35] Clade Nextstrain[36][37] Variant

PHE[A]

Altres noms Mutacions notables Evidència de canvis clínics[B] Distribució[35]
Ubicació Data Transmissibilitat Virulència Antigenicitat
 Regne Unit Gen 2020[35] B.1.1.7 20I/501Y.V1 VOC-20DEC-01[C] — N501Y, 69–70del, P681H[18][39] ≈74% més alt[40] ≈64% (32–104%) més letal[41] Sense evidència de canvi[42] Global
 Nigèria Mar 2020[43] B.1.1.207 — — — P681H[18] Sense evidència de canvi[44] Sense evidència de canvi[44] — Internacional
 Estats Units Jun 2020[45] B.1.429, B.1.427[46] 20C/S:452R — CAL.20C[47] I4205V, D1183Y, S13I, W152C, L452R ≈20% més alt[37] Sota investigació Neutralització moderadament reduïda[48] Internacional
 Dinamarca Set 2020[49] colspan="3" Plantilla:No attempt Cluster 5, ΔFVI-spike[21] Y453F, 69–70deltaHV[21] — — Disminució moderada de la sensibilitat als anticossos neutralitzants[50] Probablement extingit[51]
 Sud-àfrica Oct 2020[18] B.1.351 20H/501Y.V2 VOC-20DEC-02 501Y.V2[42] N501Y, K417N, E484K[18] ≈50% (20–113%) més alt[42] Sense evidència de canvi[44] Neutralització per anticossos reduïda [42] Internacional
 Japó
 Brasil 		Des 2020[31] P.1 20J/501Y.V3 VOC-21JAN-02 B.1.1.28.1[52][46] N501Y, E484K, K417T[18] ≈152% (127–178%) més alt[53][D][millorar font] ≈45% (50% ICr, 10–80%) més letal[54][E] Reducció global de la neutralització efectiva[42] Internacional
 Regne Unit
 Nigèria 		Des 2020[28] B.1.525 20C[F] VUI-21FEB-03[G] — E484K, F888L[27] Sota investigació Sota investigació Possiblement es redueix la neutralització[37] Internacional
  1. ↑ El format de denominació es va actualitzar el març de 2021, canviant l'any de 4 a 2 dígits i el mes de 2 dígits a una abreviatura de 3 lletres. Per exemple, VOC-202101-02 convertit a VOC-21JAN-02.[38]
  2. ↑ "—" denota que no es va poder trobar cap font fiable que cités.
  3. ↑ B.1.1.7 amb E484K es designa per separat VOC-21FEB-02
  4. ↑ Un altre estudi preliminar[54] ha estimat que P.1 pot ser un 140-220% més transmissible, amb un interval de credibilitat amb una baixa probabilitat del 50%.
  5. ↑ L'interval de credibilitat reportat té una baixa probabilitat de només el 50%, de manera que la letalitat estimada només es pot entendre com a possible, no segura ni probable.
  6. ↑ Inclou B.1.525 i B.1.526.[37]
  7. ↑ Antigament UK1188.

Referències

  1. ↑ 1,0 1,1 En una altra font, GISAID nomena un conjunt de 7 clades sense el clade O però incloent al clade GV.[6]
  1. ↑ 1,0 1,1 Zhukova, A; Blassel, L; Lemoine, F; Morel, M; Voznica, J; Gascuel, O «Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2». Comptes Rendus Biologie, 24-11-2020, pàg. 1–20. DOI: 10.5802/crbiol.29. PMID: 33274614.
  2. ↑ 2,0 2,1 Alm, E.; Broberg, E. K.; Connor, T.; Hodcroft, E. B.; Komissarov, A. B.; Maurer-Stroh, S.; Melidou, A.; Neher, R. A.; O’Toole, Áine «Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020». Euro Surveillance: Bulletin Europeen Sur les Maladies Transmissibles = European Communicable Disease Bulletin, 25, 32, 2020. DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410. PMC: 7427299. PMID: 32794443.
  3. ↑ 3,0 3,1 3,2 ; Hodcroft, Emma B; Neher, Richard A«Updated Nextstrain SARS-CoV-2 clade naming strategy», 06-01-2021.
  4. ↑ 4,0 4,1 4,2 Emergence of a novel SARS-CoV-2 strain in Southern California, USA Wenjuan Zhang, Brian Davis, Stephanie S Chen, Jorge Sincuir Martinez, Jasmine T Plummer, Eric Vail 20 January 2021 doi.org/10.1101/2021.01.18.21249786 via www.medrxiv.org, Accessed 21 January 2021
  5. ↑ PANGO lineages-Lineage B.1.1.28 cov-lineages.org, accessed 4 February 2021
  6. ↑ «clade tree (from 'Clade and lineage nomenclature')», 04-07-2020.
  7. ↑ 7,0 7,1 WHO Headquarters. «3.6 Considerations for virus naming and nomenclature». A: SARS-CoV-2 genomic sequencing for public health goals: Interim guidance, 8 January 2021. World Health Organization, 8 gener 2021, p. 6. 
  8. ↑ «Don't call it the 'British variant.' Use the correct name: B.1.1.7» (en anglès americà), 09-02-2021.
  9. ↑ Flanagan, Ryan. «Why the WHO won't call it the 'U.K. variant', and you shouldn't either» (en anglès), 02-02-2021.
  10. ↑ For a list of sources using names referring to the country in which the variants were first identified, see, for example, Talk:South African COVID variant and Talk:U.K. Coronavirus variant.
  11. ↑ World Health Organization. «Statement on the sixth meeting of the International Health Regulations (2005) Emergency Committee regarding the coronavirus disease (COVID-19) pandemic», 15-01-2021.
  12. ↑ «Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes». Bulletin of the World Health Organization, 98, 7, juny 2020, pàg. 495–504. DOI: 10.2471/BLT.20.253591. PMC: 7375210. PMID: 32742035. «We detected in total 65776 variants with 5775 distinct variants.»
  13. ↑ «Global phylogeny, updated by Nextstrain». GISAID, 18-01-2021.
  14. ↑ «Nextclade» (What are the clades?). Arxivat de l'original el 19 gener 2021.
  15. ↑ «cov-lineages/pangolin: Software package for assigning SARS-CoV-2 genome sequences to global lineages». Github.
  16. ↑ «A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology». Nature Microbiology, 5, 11, 2020, pàg. 1403–1407. DOI: 10.1038/s41564-020-0770-5. PMID: 32669681. Citat a (Alm et al.)
  17. ↑ «Lineages». cov-lineages.org.
  18. ↑ 18,0 18,1 18,2 18,3 18,4 18,5 18,6 CDC. «Emerging SARS-CoV-2 Variants» (en anglès americà). Centers for Disease Control and Prevention. Aquest article incorpora text d'aquesta font, la qual és de domini públic.
  19. ↑ Contributor, IDSA. «COVID "Mega-variant" and eight criteria for a template to assess all variants» (en anglès americà), 02-02-2021.
  20. ↑ «Variants: distribution of cases data», 28-01-2021. «SARS-CoV-2 variants, if considered to have concerning epidemiological, immunological, or pathogenic properties, are raised for formal investigation. At this point they are designated Variant Under Investigation (VUI) with a year, month, and number. Following a risk assessment with the relevant expert committee, they may be designated Variant of Concern (VOC)»
  21. ↑ 21,0 21,1 21,2 Lassaunière, Ria. «SARS-CoV-2 spike mutations arising in Danish mink and their spread to humans». Statens Serum Institut, 11-11-2020. Arxivat de l'original el 10 novembre 2020.
  22. ↑ «Covid: Ireland, Italy, Belgium and Netherlands ban flights from UK». BBC News, 20-12-2020.
  23. ↑ Public Health England. «Variants: distribution of cases data» (en anglès), 18-02-2021.
  24. ↑ «Detection of SARS-CoV-2 P681H Spike Protein Variant in Nigeria» (en anglès americà), 23-12-2020.
  25. ↑ «Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)» (en anglès americà). CDC. Centers for Disease Control and Prevention, 15-01-2021.
  26. ↑ Lowe, Derek. «The New Mutations». American Association for the Advancement of Science, 22-12-2020. «I should note here that there's another strain in South Africa that is bringing on similar concerns. This one has eight mutations in the Spike protein, with three of them (K417N, E484K and N501Y) that may have some functional role.»
  27. ↑ 27,0 27,1 «B.1.525». Rambaut Group, University of Edinburgh. PANGO Lineages, 15-02-2021.
  28. ↑ 28,0 28,1 Roberts, Michelle «Another new coronavirus variant seen in the UK». BBC NEWS, 16-02-2021.
  29. ↑ «Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings» (en anglès), 12-01-2021.
  30. ↑ NIID (National Institute of Infectious Diseases) (12 gener 2021). "Brief report: New Variant Strain of SARS-CoV-2 Identified in Travelers from Brazil". Nota de premsa.
  31. ↑ 31,0 31,1 Kupferschmidt, Kai «New mutations raise specter of 'immune escape'». Science, 371, 6527, 22-01-2021, pàg. 329–330. DOI: 10.1126/science.371.6527.329. PMID: 33479129.
  32. ↑ Kupferschmidt, Kai «U.K. variant puts spotlight on immunocompromised patients’ role in the COVID-19 pandemic». Science, 23-12-2020.
  33. ↑ Sutherland, Stephani «COVID Variants May Arise in People with Compromised Immune Systems». Scientific American, 23-02-2021.
  34. ↑ McCarthy, Kevin R.; Rennick, Linda J.; Nambulli, Sham; Robinson-McCarthy, Lindsey R.; Bain, William G.; Haidar, Ghady; Duprex, W. Paul «Recurrent deletions in the SARS-CoV-2 spike glycoprotein drive antibody escape». Science, 03-02-2021. DOI: 10.1126/science.abf6950.
  35. ↑ 35,0 35,1 35,2 Error de citació: Etiqueta <ref> no vàlida; no s'ha proporcionat text per les refs nomenades pango-lineages
  36. ↑ «Nextstrain». nextstrain.org. Nextstrain.
  37. ↑ 37,0 37,1 37,2 37,3 Error de citació: Etiqueta <ref> no vàlida; no s'ha proporcionat text per les refs nomenades cdc-variants
  38. ↑ Error de citació: Etiqueta <ref> no vàlida; no s'ha proporcionat text per les refs nomenades phe-voc
  39. ↑ Chand et al., 2020, p. 6, Potential impact of spike variant N501Y.
  40. ↑ Volz, Erik; Mishra, Swapnil; Chand, Meera; Barrett, Jeffrey; Johnson, Robert; Geidelberg, Lily; et al. (2021-01-04). Transmission of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: Insights from linking epidemiological and genetic data (Preprint). doi:10.1101/2020.12.30.20249034. hdl:10044/1/85239. Retrieved 2021-03-22 – via medRxiv.
  41. ↑ Challen, Robert; Brooks-Pollock, Ellen; Read, Jonathan; Dyson, Louise; Tsaneva-Atanasova, Krasimira; Danon, Leon «Risk of mortality in patients infected with SARS-CoV-2 variant of concern 202012/1: matched cohort study». The BMJ, vol. 372, 10-03-2021. DOI: 10.1136/bmj.n579. ISSN: 1756-1833. PMC: 7941603. PMID: 33687922. n579.
  42. ↑ 42,0 42,1 42,2 42,3 42,4 Risk related to the spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA - first update (Risk assessment). European Centre for Disease Prevention and Control. 2021-02-02.
  43. ↑ «Lineage B.1.1.207». cov-lineages.org. Pango team. [Consulta: 11 març 2021]. Graphic shows B.1.1.207 detected in Peru, Germany, Singapore, Hong Kong, Vietnam, Costa Rica, South Korea, Canada, Australia, Japan, France, Italy, Ecuador, Mexico, UK and the USA.
  44. ↑ 44,0 44,1 44,2 S, Sruthi «Notable Variants And Mutation Of SARS-CoV-2». BioTecNika, 10-02-2021.
  45. ↑ «Lineage B.1.429». cov-lineages.org. Pango team. [Consulta: 19 març 2021]. Graphic shows B.1.429 detected in the USA, Mexico, Canada, the UK, France, Denmark, Australia, Taiwan, Japan, South Korea, Australia, New Zealand, Guadeloupe, and Aruba.
  46. ↑ 46,0 46,1 Error de citació: Etiqueta <ref> no vàlida; no s'ha proporcionat text per les refs nomenades aci-variants
  47. ↑ «Southern California COVID-19 Strain Rapidly Expands Global Reach». Cedars-Sinai Newsroom [[[Los Angeles]]], 11-02-2021.
  48. ↑ Wadman, Meredith «California coronavirus strain may be more infectious - and lethal». Science News, 23-02-2021.
  49. ↑ «SARS-CoV-2 mink-associated variant strain - Denmark». WHO Disease Outbreak News, 06-11-2020.
  50. ↑ «SARS-CoV-2 mink-associated variant strain – Denmark». World Health Organization, 06-11-2020. [Consulta: 16 gener 2021].
  51. ↑ «De fleste restriktioner lempes i Nordjylland» (en danish). Ministry of Health (Denmark), 19-11-2020. «Sekventeringen af de positive prøver viser samtidig, at der ikke er påvist yderligere tilfælde af minkvariant med cluster 5 siden den 15. september, hvorfor Statens Serums Institut vurderer, at denne variant med stor sandsynlighed er døet ud.»
  52. ↑ «P.1». cov-lineages.org. Pango team. [Consulta: 22 març 2021].
  53. ↑ Coutinho, Renato; Marquitti, Flavia; Ferreira, Leonardo; Borges, Marcelo; Silva, Rafael; Canton, Otavio; Portella, Tatiana; Lyra, Silas; Franco, Caroline «Model-based estimation of transmissibility and reinfection of SARS-CoV-2 P.1 variant». , 09-03-2021. DOI: 10.1101/2021.03.03.21252706.
  54. ↑ 54,0 54,1 Error de citació: Etiqueta <ref> no vàlida; no s'ha proporcionat text per les refs nomenades cadde-p1

Enllaços externs

Obtingut de «https://ca.wikipedia.org/w/index.php?title=Variants_del_SARS-CoV-2&oldid=26814949»