Interactòmica

La Interactòmica la ciència que estudia l'interactoma, tot el conjunt d'interaccions entre molècules dins la cèl·lula. Dins de la proteòmica, es refereix a les interaccions proteïna-proteïna.

Mètodes per completar l'interactoma

Els mètodes experimentals que s'han dissenyat per a estudiar l'interactoma són 1) afinitat per purificació, serveix per identificar complexos de proteïnes i 2) doble híbrids de llevat (yeast two hybrid (Y2H), s'utilitza per identificar massivament interacciones entre proteïnes.

Existeix un gran esforç per a escriure un mapa de l'interactoma d'éssers eucariotes. S'han creat des del 2006 Llevat, mosca, nematodes i humà.

Bases de dades d'interactomes

• APID - Agile Protein Interaction DataAnalyzer Arxivat 2016-05-06 a Wayback Machine. APID és una eina bioinformàtica que integra i unifica les interaccions proteïna-proteïna més conegudes.
• Database of interacting protein (DIP) (Xenarios et al. 2000)
• GRID database
• MIPS database
• PSIMAP database: La primera base dades d'un interactoma de proteïnes amb informació estructural.
• Interactome3D: Servei web per a anotar estructuralment els interactomes.
• InterPare Arxivat 2014-12-17 a Wayback Machine. database: una base de dades d'un interfaseoma de proterïnes.
• Biomolecular Interaction Network Database (BIND) (Bader et al, 2003)
• Online Predicted Human Interaction Database (OPHID) (Brown and Jurisica, 2005)
• Human Protein Reference Database (HPRD) (Peri, S. et al, 2003)
• Himap(Human Interactome Map)
• HPID
• MINT
• PINdb
• IntAct - The Molecular Interaction Database

Vegeu també

• Intensity fading MALDI-TOF mass spectrometry

Enllaços externs

• PSIbase Database. A global interactome DB based on PSIMAP
• Interactome.org Arxivat 2008-08-20 a Wayback Machine.. A dedicated interactome web site.

Referències

• Bader GD, et al. (2003) BIND: The Biomolecular interaction Network Database. Nucleic Acids Res., 31, 248-50.
• Brown KR, Jurisica I. (2005) Online Predicted Human Interaction Database. Bioinformatics, 21(9): 2076-82.
• Xenarios I, Rice DW, Salwinski L, Baron MK, Marcotte EM, Eisenberg D. (2000) DIP: the database of interacting proteins. Nucleic Acids Res. 28: 289-91.
• Peri S., Navarro JD, Amanchy R, Kristiansen TZ, Jonnalagadda CK, et al. (2003) Development of human protein reference database as an initial platform for approaching systems biology in humans. Genome Res 13:2363-71.
• Park J, Lappe M, Teichmann SA. (2001) Mapping protein family interactions: intramolecular and intermolecular protein family interaction repertoires in the PDB and yeast. J Mol Biol. 2001 Mar 30;307(3):929-38.