Seqüència motiu

De Viquipèdia
Dreceres ràpides: navegació, cerca
Per a altres significats vegeu «Seqüència».

Una seqüència motiu, en anglès: sequence motif, en genètica és un patró de seqüència de nucleòtids o aminoàcids que està molt estesa o que es conjectura que té significació biològica. Per a les proteïnes, una seqüència motiu es distingeix d'un motiu estructural, un motiu format per una disposició en tres dimensions d'aminoàcids, que poden no ser adjacents.

Un exemple és la N-glicosilació:

Asn, seguida per qualsevol excepte Pro, seguida ja sia per Ser o Thr, seguida per qualsevol excepte Pro

on les abreujatures en tres lletres són designacions convencionals d'aminoàcids.



Enllaços externs[modifica | modifica el codi]

Mètodes de trobar motius[modifica | modifica el codi]

Aplicaions[modifica | modifica el codi]

  • BLOCK-maker — finds conserved blocks in a group of two or more unaligned protein sequences
  • ELM — functional site prediction of short linear motifs
  • FIRE — finds DNA and RNA motifs from expression data using the mutual information
  • Gibbs Motif Sampler — discovers overrepresented conserved motifs in an aligned set of orthologous sequences
  • GIMSAN — motif-finder with biologically realistic and reliable statistical significance analysis
  • Improbizer — searches for motifs in DNA or RNA sequences that occur with improbable frequency
  • MEME Suite — discover motifs (highly conserved regions) in groups of related DNA or protein sequences
  • Minimotif Miner — public interface to the minimotif miner database which correlates short sequence amino acids to their biological function
  • ModuleMaster — allows to search for motifs by pre-defined or custom PWMs
  • MotifVoter — variance based ensemble method for discovery of binding sites
  • PhyloGibbs — discovers overrepresented conserved motifs in an aligned set of orthologous sequences
  • PLACE — database of plant cis-acting regulatory DNA elements
  • SCOPE — an ensemble of programs aimed at identifying novel cis-regulatory elements from groups of upstream sequences
  • TEIRESIS — search for short sequence motifs in Proteins
  • WebMotifs — use different programs to search for DNA-sequence motifs, and to easily combine and evaluate the results

Visualització de motius[modifica | modifica el codi]

  • MochiView — a genome browser supporting import of motif libraries and containing tools for motif discovery, visualization, and analysis