T-Coffee

De Viquipèdia
Dreceres ràpides: navegació, cerca
T-Coffee
Desenvolupador(s) Cédric Notredame, Centre de Regulació Genòmica - Barcelona
Versió estable 8.99
Sistema operatiu UNIX, Linux, Mac, MS-Windows
Tipus Eina bioinformàtica
Llicència GPL / Domini públic
Lloc web http://www.tcoffee.org

T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) és una aplicació bioinformàtica utilitzada per a l'alineament múltiple de seqüències que utilitza un algorisme progressiu avaluat mitjançant la consistència emprant una llibreria d'alineaments.[1] Aquesta eina incorpora altres funcionalitats com són la combinació de múltiples alineaments generats per diferents aplicacions M-Coffee,[2] la utilització de plantilles per dur a terme un alineament més acurat, que poden ser l'estructura en format d'arxiu PDB d'una o més proteïnes de l'alineament 3D-Coffee/Expresso,[3][4] el pèrfil d'una seqüència generat mitjançant la combinació d'ella amb altres seqüències homòlogues PSI-Coffee o l'estructura secundària d'ARN no codificants R-Coffee.[5]

Referències[modifica | modifica el codi]

  1. Notredame C, Higgins DG, Heringa J. «T-Coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment». J Mol Biol., vol. 302, 1, 2000-09-08, pàg. 205–217. DOI: 10.1006/jmbi.2000.4042. PMID: 10964570.
  2. Wallace IM, O'Sullivan O, Higgins DG, Notredame C.. «M-Coffee: combining multiple sequence alignment methods with T-Coffee». Nucleic Acids Res., vol. 34, 6, 2006-03-23, pàg. 1692-1699. DOI: 10.1093/nar/gkl091. PMID: 17526519.
  3. O'Sullivan O, Suhre K, Abergel C, Higgins DG, Notredame C. «3DCoffee: combining protein sequences and structures within multiple sequence alignments». J Mol Biol., vol. 340, 2, 2004-07-02, pàg. 385-395. DOI: 10.1016/j.jmb.2004.04.058. PMID: 15201059.
  4. Armougom F, Moretti S, Poirot O, Audic S, Dumas P, Schaeli B, Keduas V, Notredame C.. «Expresso: automatic incorporation of structural information in multiple sequence alignments using 3D-Coffee». Nucleic Acids Res., vol. 34, Web Server issue, 2006-07-01, pàg. W604-W608. DOI: 10.1093/nar/gkl092. PMID: 16845081.
  5. Wilm A, Higgins DG, Notredame C. «R-Coffee: a method for multiple alignment of non-coding RNA». Nucleic Acids Res., vol. 36, 9, 2008-05, pàg. e52. DOI: 10.1093/nar/gkn174. PMID: 18420654.

Enllaços externs[modifica | modifica el codi]