En el 2003, el Wigan va ascendir a la Football League Championship per primera vegada, i en el 2005 van finalitzar segons en aquesta divisió, el que va permetre que l'equip ascendís a la FA Premier League per primera vegada en la seva història. A la temporada següent van sorprendre al futbol anglès a l'arribar a la final de la Football League Cup i en quedar entre els 10 primers de la Premier anglesa.