Diferència entre revisions de la pàgina «K-mer»

Salta a la navegació Salta a la cerca
1 byte afegit ,  fa 3 anys
m
m (jerarquia d'encapçalaments)
* Els k-mers alleugen el problema de regions repetitives més petites. Això és perquè el k-mer contindrà un equilibri de regions repetitives i seqüències d'ADN adjuntes (donat que siguin d'una mida prou gran) que pot ajudar a resoldre la quantitat de repetició en aquella àrea particular.
 
== Aplicacions dels k-mers en elsles anàlisis bioinformàticsbioinformàtiques ==
La freqüència d'un conjunt de k-mers en el genoma d'una espècie, en una regió genòmica, o en una classe de seqüències, pot ser
utilitzat com a «signatura» de la seqüència subjacent. Comparar aquestes freqüències és computacionalment més fàcil que un [[Alineament de seqüències|alineament de seqüència]], i és un mètode important en l'anàlisi de seqüències sense alineaments. També pot utilitzar-se com a primer estadi d'anàlisi abans d'un alineament.
* Detecció de llocs de [[Recombinació genètica|recombinació]]
* Ús de la freqüència del k-mer respecte la profunditat del k-mer per calcular la mida de genoma
* Estimació del nivell de [[RNA-Seq|RNA-seq]]
 
== Pseudocodi ==
6.734

modificacions

Menú de navegació