Intensity fading MALDI-TOF mass spectrometry

De Viquipèdia
Salta a: navegació, cerca

El mètode Intensity fading MALDI-TOF mass spectrometry (IF MALDI-TOF MS o IF MALDI MS, entès en català com a Disminució de la intensitat per espectrometria de masses MALDI-TOF) és un sistema d'aproximació experimental d'interactòmica per a trobar interaccions no covalents en una dissolució entre proteïnes o complexos proteïcs, que com el seu nom indica, es basa en les funcionalitats del sistema d'espectrometria de masses per ionització làser, el MALDI-TOF.[1][2]

Publicat inicialment com a MALDI-MS el 1999,[2] després se li va conferir la variant de disminució de la intensitat per a aplicacions molt concretes i va ser publicat per altres a revistas científiques com la Nature.[1][3]

Funcionament i detecció del complex[modifica | modifica el codi]

L'anàlisi de la disminució dels pics d'un espectre de MALDI-TOF com el d'aquesta imatge és el que proporciona les bases de l'IF MALDI-TOF MS.

La finalitat de l'IF MALDI-TOF MS és la detecció d'interaccions biomoleculars en mescles complexes emprant una quantitat mínima de mostra —requisit essencial de la investigació en l'àmbit de la biologia molecular i biologia cel·lular. Un dels seus grans avantatges és que permet la visualització d'una gran varietat de proteïnes fins i tot si la mostra en què es troben està bruta o sense purificar.

Aquesta metodologia es basa en l'ús de les intensitats de ions que proporciona un espectre de MALDI per a detectar ràpidament la formació de complexos no immobilitzats de caràcter biomolecular (proteïna-proteïna, proteïna-pèptid, proteïna-molècula orgànica o proteïna-àcid nucleic) en què una proteïna és un dels lligands o partners. És doncs, un mètode de selecció d'alt rendiment (high-troughput) en la proteòmica funcional.[3][4]

El complex es detecta a través de la disminució o esvaïment de les intensitats dels ions moleculars dels partners directament en comparació amb l'espectre de masses MALDI de la barreja (molècules problema i molècules de control) després de l'addició de la molècula diana —aquella a la qual es volen trobar candidats d'interacció. S'observarà l'aparició d'una nova banda o la desaparició i reducció d'una ja existent. El potencial de l'enfocament s'examina en diversos exemples d'interaccions, tant a nivell qualitatiu com semiquantitatiu.[5]

Vegeu també[modifica | modifica el codi]

Referències[modifica | modifica el codi]

  1. 1,0 1,1 Yanes, Oscar; Villanueva, Josep; Querol, Enrique; Aviles, Francesc X «Detection of non-covalent protein interactions by 'intensity fading' MALDI-TOF mass spectrometry: applications to proteases and protease inhibitors» (en anglès). Nature Protocols. Nature Publishing Group, 2, 1, febrer 2007, pàg. 119-130. DOI: 10.1038/nprot.2006.487 [Consulta: 22 gener 2015].
  2. 2,0 2,1 Downard, Kevin M «Indirect Study of Non-Covalent Protein Complexes by MALDI Mass Spectrometry. Origins, Advantages and Applications of the "Intensity-Fading" Approach» (en anglès). Mass Spectrometry Reviews, 35, 5, 2015, pàg. 559–573. DOI: 10.1002/mas.21480.
  3. 3,0 3,1 Yanes, Oscar; Villanueva, Josep; Querol, Enrique; Serrano, Luis; Aviles, Francesc X «Identification of protein ligands in complex biological samples using intensity-fading MALDI-TOF mass spectrometry» (en anglès). Analytical Chemistry. ACS Publications, 75, 14, juliol 2003, pàg. 3385-3395 [Consulta: 22 gener 2015]. «PubMed»
  4. Yanes, Oscar; Aviles, Francesc X; Roepstorff, Peter; Jørgensen, Thomas J.D «Exploring the “intensity fading” phenomenon in the study of noncovalent interactions by MALDI-TOF mass spectrometry» (en anglès). Journal of American Society for Mass Spectrometry. Spriner US, 18, 2, febrer 2007, pàg. 359-367. DOI: 10.1038/nprot.2006.487. ISSN: 1879-1123 [Consulta: 22 gener 2015].
  5. Yanes, Oscar; Villanueva, Josep; Querol, Enrique; Serrano, Luis; Aviles, Francesc X «Intensity-fading MALDI-TOF-MS: novel screening for ligand binding and drug discovery» (en anglès). Drug Discovery Today:TARGETS. Elsevier LTD, 3, 2, Suplement, abril 2004, pàg. 23-30 [Consulta: 22 gener 2015].

Enllaços externs[modifica | modifica el codi]