Matriu mitocondrial

1) Membrana Interna
2) Membrana Externa
3) Crestes mitocondrials
4) Matriu
La matriu mitocondrial és l'espai aquós comprès dins la membrana mitocondrial interna. Conté menys molècules que el citosol, tot i que conté ions, metabòlits per oxidar, ADN circular bicatenari molt semblant al dels bacteris, ribosomes tipus 70S semblants als dels bacteris, anomenats mitorribosomes, que realitzen la síntesi d'algunes proteïnes mitocondrials i lògicament, ARN mitocondrial; és a dir, tenen els orgànuls que tindria una cèl·lula procariota de vida lliure. A la matriu mitocondrial tenen lloc diverses rutes metabòliques clau per a la vida, com és el cicle de Krebs i la beta-oxidació mitocondrial dels àcids grassos.