Com a municipi més meridional de Hokkaido, aquest va ser el primer territori en contacte amb els japonesos. A principis del període Edo, el 1603 es va fundar a Matsumae, també anomenada en el passat amb el nom de Fukuyama, el domini de Matsumae, territori feudal dirigit per la família del mateix nom. Matsumae és l'únic lloc del Japó on hi ha un castell japonès, mostra de la llarga història de la vila. Matsumae pot considerar-se, inclús abans que Hakodate, la primera capital del Hokkaido japonés (aleshores Ezo).
