Tot i que fou fundada el 1793, no va rebre el títol de ciutat fins al 1822. A més a més, la ciutat fou un gran centre comercial agrícola en Sibèria oriental. Vladímir Lenin visità la ciutat en diverses ocasions i hi va estar exiliat entre el 1897 i el 1900. L'assentament de Miniussinskoie (Минюсинское) va ser fundat el 1739 a la confluència del riu Minussa amb el Ienissei. L'origen del topònim prové de Min Ussa que significa "la meva riera" o "mil rius". L'ortografia del topònim fou canviada el 1810 a Minussínskoie.