NAMD
| Tipus | dinàmica molecular |
|---|---|
| Versió estable | 2.10 (11 desembre 2014) 3.0.1 (14 octubre 2024) 
|
| Característiques tècniques | |
| Sistema operatiu | Multiplataforma |
| Escrit en | C++ |
| Equip | |
| Desenvolupador(s) | [[1]] |
Fonts de codi | |
| Més informació | |
| Lloc web | ks.uiuc.edu… |
| Guia d'usuari | Guia d'usuari |
|
| |
Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD, anteriorment Not Another Molecular Dynamics Program) és un programari informàtic per a la simulació de la dinàmica molecular, escrit utilitzant el model de programació paral·lel Charm++ (que no s'ha de confondre amb CHARMM). Destaca per la seva eficiència paral·lela i s'utilitza sovint per simular grans sistemes (milions d'àtoms). S'ha desenvolupat amb la col·laboració del Grup de Biofísica Teòrica i Computacional (TCB) i el Laboratori de Programació Paral·lela (PPL) de la Universitat d'Illinois Urbana–Champaign.[1]
Va ser introduït el 1995 per Nelson et al. com a codi de dinàmica molecular paral·lel que permet la simulació interactiva mitjançant l'enllaç al codi de visualització VMD. Des de llavors, NAMD ha madurat, afegint moltes funcions i escalant més enllà dels 500.000 nuclis de processador.[2]
NAMD té una interfície per als paquets de química quàntica ORCA i MOPAC, així com una interfície amb guió per a molts altres paquets quàntics.[3] Juntament amb Visual Molecular Dynamics (VMD) i QwikMD,[4] la interfície de NAMD proporciona accés a simulacions híbrides QM/MM en una suite integrada, completa, personalitzable i fàcil d'utilitzar.[5]
NAMD està disponible com a programari gratuït per a ús no comercial per part de particulars, institucions acadèmiques i corporacions per a usos empresarials interns.
Referències
[modifica]- ↑ «NAMD - Scalable Molecular Dynamics» (en anglès). [Consulta: 16 març 2025].
- ↑ «NAMD: Scalable Molecular Dynamics» (en anglès). Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB). University of Illinois Urbana-Champaign. [Consulta: 1r agost 2016].
- ↑ «Hybrid QM/MM NAMD» (en anglès). Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB). University of Illinois Urbana-Champaign. [Consulta: 26 març 2018].
- ↑ Ribeiro, João V.; Bernardi, Rafael C.; Rudack, Till; Stone, John E.; Phillips, James C. Scientific Reports, 6, 2016, pàg. 26536. Bibcode: 2016NatSR...626536R. DOI: 10.1038/srep26536. PMC: 4877583. PMID: 27216779.
- ↑ Melo, Marcelo C R.; Bernardi, Rafael C.; Rudack, Till; Scheurer, Maximilian; Riplinger, Christoph Nature Methods, 15, 5, 2018, pàg. 351–354. DOI: 10.1038/nmeth.4638. PMC: 6095686. PMID: 29578535.