Yamanashi és una prefectura sense litoral que limita amb les prefectures de Tōkyō, Kanagawa, Saitama, Shizuoka, i Nagano. El mont Fuji se situa a la frontera sud amb Shizuoka. Les muntanyes impedeixen l'entrada d'aire humit, la qual cosa fa que amb només 1100 mm de precipitació anual, Yamanashi sigui la prefectura amb el nivell de precipitació més baix del Japó.
