El club nasqué l'any 1999, després de la fusió dels dos clubs de la ciutat, Yokohama Flügels i Yokohama Marinos la temporada anterior. Molts seguidors dels Flügels es mostraren contraris a la fusió i decidiren crear un nou club anomenat Yokohama Fulie Sports Club. El nou club adoptà el model del FC Barcelona on els socis són els propietaris del club, i el Fulie Sports Club creà el Yokohama FC com a equip professional esportiu propietat i dirigit pels seus seguidors.