A l'extrem nord-oriental hi ha ciutat de Shimabara, que fou l'escenari de la rebel·lió Shimabara, un aixecament armat de camperols japonesos, principalment cristians, en el període Edo, entre 1637 i 1638. La revolta va reforçar la desconfiança vers els cristians i els estrangers pel shōgunIemitsu i va contribuir a la decisió d'ailla el Japó del món exterior el 1639. A partir d'aquell moment sols neerlandesos i xinesos van ser autoritzats a entrar al Japó a través de Nagasaki d'una manera molt limitada fins que el Japó es va tornar a obrir a l'exterior.[4]