SATB2

edit

Homeocaixa SATB2

Representació a PDB basada en 1wi3.
Estructures disponibles PDB Cerca a Ortholog: PDBe, RCSB Llista de codis d'identif. PDB 1WI3, 1WIZ, 2CSF
Identificadors
Símbols	SATB2 ; FLJ21474; FLJ32076; KIAA1034; MGC119474; MGC119477
Identif. externs	OMIM: 608148 MGI: 2679336 HomoloGene: 32249 GeneCards: SATB2 Gene
Ontologia genètica Funció molecular • chromatin binding • sequence-specific DNA binding transcription factor activity • sequence-specific DNA binding Component cel·lular • histone deacetylase complex • nucleus • transcription factor complex • nucleolus • cytoplasm • nuclear matrix Procés biològic • negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter • neuron migration • osteoblast development • chromatin remodeling • transcription, DNA-dependent • embryonic pattern specification • positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter • embryonic skeletal system morphogenesis • cartilage development • palate development • cellular response to organic substance Fonts: Amigo / QuickGO
Ortòlegs
Espècies	Humans	Ratolins
Entrez	23314	212712
Ensembl	ENSG00000119042	ENSMUSG00000038331
UniProt	Q9UPW6	Q8VI24
RefSeq (ARNm)	NM_001172509	NM_139146
RefSeq (proteïna)	NP_001165980	NP_631885
Localitz. (UCSC)	Chr 2: 200.13 – 200.34 Mb	Chr 1: 56.79 – 56.98 Mb
Cerca al PubMed	[1]	[2]

SATB2 (de l'anglès Special AT-rich sequence-binding protein-2, proteïna d'unió a seqüències especials riques en AT 2) és una proteïna que en humans està codificada pel gen SATB2. SATB2 és una proteïna d'unió a ADN que s'uneix específicament a llocs d'ancoratge de la matriu nuclear i que està implicada en la regulació transcripcional i la remodelació de cromatina. SATB2 ha estat relacionat amb el llavi leporí en individus amb la síndrome de microdeleció de 2q32q33.

Funció

El llavi leporí és un dels defectes de naixement més comuns, amb una prevalença d'1 cada 800 naixements vius. Tot i que hi ha al voltant de 300 síndromes de malformació que poden incloure llavi leporí, les formes no associades a síndromes representen un 70% de casos de llavi leporí, amb paladar fes o sense, i aproximadament un 50% dels casos amb només paladar fes. Els casos de llavi leporí no associats a síndromes són considerats complexos o multifactorials, en tant que hi contribueixen factors tant ambientals com genètics. La recerca actual suggereix que diversos gens controlen el risc de patir aquesta malformació, risc que pot augmentar per factors ambientals com el tabaquisme durant l'embaràs.
Els estudis de reseqüenciació que s'han realitzat per identificar mutacions específiques suggereixen diversos gens com a responsables del risc de llavi leporí, i s'ha observat un alt grau d'heterogeneïtat al·lèlica en moltes variants i mutacions en gens candidats. Tot i que la majoria d'aquestes mutacions són extremadament rares i sovint mostren penetrança incompleta (fet que vol dir que, per exemple, un progenitor no afectat pot transmetre la mutació), de manera combinada podrien ser responsables de fins a un 5% dels casos de llavi leporí no associat a síndromes.

S'ha observat que mutacions al gen SATB2 poden causar llavi leporí aïllat. SATB2 probablement influeix també en el desenvolupament cerebral, segons mostren estudis amb ratolins on s'observa que SATB2 és necessari per al correcte establiment de connexions neuronals corticals al corpus callosum, tot i el corpus callosum aparentment normal observat en ratolins knockout heterozigots.

Estructura

SATB2 és una proteïna humana de 733 aminoàcids i 82,5 kDa que conté un homeodomini. La proteïna conté dues regions d'homeodomini degenerades conegudes com a domini CUT (aminoàcids 352–437 i 482–560) i un homeodomini clàssic (aminoàcids acid 614–677). Hi ha un alt grau de conservació de seqüència, i només s'han predit 3 substitucions aminoacídiques al llarg dels 733 residus (les diferències entre la proteïna humana i la de ratolí són I481V, A590T i I730T).

Importància clínica

SATB2 es va observar disruptat en dos casos no relacionats de translocacions cromosòmiques de novo associades a llavi leporí i Seqüència de Pierre Robin.
El paper de SATB2 en el desenvolupament de les dents i la mandíbula es recolza en la identificació d'una mutació de novo al gen SATB2 en homes amb retard mental profund i anormalitats en dents i mandíbula i també en una translocació que interromp el gen SATB2 en un individu amb seqüència Robin. A més, models de ratolí han demostrat que l'haploinsuficiència del gen condueix a defectes cràneofacials que s'assemblen als causats per la deleció 2q32q33 en humans. A més a més, la pèrdua funcional completa de SATB2 amplifica aquests defectes.

Bibliografia

• Dobreva G, Dambacher J, Grosschedl R «SUMO modification of a novel MAR-binding protein, SATB2, modulates immunoglobulin mu gene expression.». Genes Dev., 17, 24, 2003, pàg. 3048–61. DOI: 10.1101/gad.1153003. PMC: 305257. PMID: 14701874.
• Dobreva G, Chahrour M, Dautzenberg M, et al. «SATB2 is a multifunctional determinant of craniofacial patterning and osteoblast differentiation.». Cell, 125, 5, 2006, pàg. 971-86. DOI: 10.1016/j.cell.2006.05.012. PMID: 16751105.
• Alcamo EA, Chirivella L, Dautzenberg M, et al. «Satb2 regulates callosal projection neuron identity in the developing cerebral cortex.». Neuron, 57, 3, 2008, pàg. 364-77. DOI: 10.1016/j.neuron.2007.12.012. PMID: 18255030.
• Beaty TH, Hetmanski JB, Fallin MD, et al. «Analysis of candidate genes on chromosome 2 in oral cleft case-parent trios from three populations.». Hum. Genet., 120, 4, 2006, pàg. 501–18. DOI: 10.1007/s00439-006-0235-9. PMID: 16953426.
• Machado RD, Pauciulo MW, Fretwell N, et al. «A physical and transcript map based upon refinement of the critical interval for PPH1, a gene for familial primary pulmonary hypertension. The International PPH Consortium.». Genomics, 68, 2, 2000, pàg. 220–8. DOI: 10.1006/geno.2000.6291. PMID: 10964520.
• Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. «The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC).». Genome Res., 14, 10B, 2004, pàg. 2121–7. DOI: 10.1101/gr.2596504. PMC: 528928. PMID: 15489334.
• Jugessur A, Shi M, Gjessing HK, et al. «Maternal genes and facial clefts in offspring: a comprehensive search for genetic associations in two population-based cleft studies from Scandinavia.». PLoS ONE, 5, 7, 2010, pàg. e11493. DOI: 10.1371/journal.pone.0011493. PMC: 2901336. PMID: 20634891.
• Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. «Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs.». Nat. Genet., 36, 1, 2004, pàg. 40–5. DOI: 10.1038/ng1285. PMID: 14702039.
• Carter TC, Molloy AM, Pangilinan F, et al. «Testing reported associations of genetic risk factors for oral clefts in a large Irish study population.». Birth Defects Res. Part A Clin. Mol. Teratol., 88, 2, 2010, pàg. 84–93. DOI: 10.1002/bdra.20639. PMID: 19937600.
• Rosenfeld JA, Ballif BC, Lucas A, et al. «Small deletions of SATB2 cause some of the clinical features of the 2q33.1 microdeletion syndrome.». PLoS ONE, 4, 8, 2009, pàg. e6568. DOI: 10.1371/journal.pone.0006568. PMID: 19668335.
• Vieira AR, Avila JR, Daack-Hirsch S, et al. «Medical sequencing of candidate genes for nonsyndromic cleft lip and palate.». PLoS Genet., 1, 6, 2005, pàg. e64. DOI: 10.1371/journal.pgen.0010064. PMID: 16327884.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. «Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences.». Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 99, 26, 2002, pàg. 16899–903. DOI: 10.1073/pnas.242603899. PMC: 139241. PMID: 12477932.