Des de la seva joventut fou un apassionat fervent de l'estudi; cursà i acabà en la seva ciutat nadiua la carrera d'arquitecte, que no va arribar a exercir, per dedicar tots els seves energies als estudis històrics i arqueològics i als seus ideals polítics. Aquest eren republicans més extremistes, que el portaren a ingressar en la francmaçoneria el 1862, distingint-se després per l'actuació constant en les lògies barcelonines. Als 16 anys ja era president d'una societat de joves, secreta i revolucionària, i als 19 s'allistà com a voluntari per la guerra d'Àfrica.
Gaudí de diverses pensions per fer investigacions històriques en arxius de l'estranger, el 1872 i 1873. De 1874 a 1877 dirigí la Revista Histórico-Latina, i del 1880 al 1887 la Revista de Ciencias Históricas. El 1879 fou comissari reial d'Espanya en l'Exposició Universal de Viena. També va ser acadèmic corresponent de la de la Història i de les Reials de Bones Lletres de Barcelona i Sevilla. A Barcelona prestà valuosos serveis com a vocal de la Junta de Museus de Catalunya i com fundador del Museu de Reproduccions. Assolí diversos premis en els Jocs Florals de Barcelona i va escriure moltes obres seves en català. Poc abans de morir va participar en les campanyes a favor dels aliats de la Primera Guerra Mundial.
Va morir a Barcelona en la nit del 25 al 26 de setembre de 1915.[2]
Foren innombrables els cursos i conferències que va donar en centres culturals i acadèmics arreu d'Espanya. La seva tasca és admirable pel copiosa i assenyada, malgrat que en les seves obres històriques la passió sectària ofusqués de vegades la veritat i la desnaturalitzi.
El seu llibre més transcendental és Els Quatrecentistes Catalans (Barcelona, 1912); història criticodescriptiva de l'escola pictòrica de Catalunya del segle xv, la qual existència i valor positiu demostra gràficament i documental, encara que la crítica posterior (mossèn Josep Gudiol i Cunill, Josep Maria Folch i Torres, Vicente Lampérez, Bonaventura Bassegoda i Amigó hagi assenyalat algunes inexactituds, deficiències i omissions en l'obra de Sanpere.
Els seus Origenes i fuentes de la nacionalidad catalana (Barcelona, 1879), on dona conèixer les primeres dades vers la judicatura a Catalunya de la mà de Bonhom, jutge que donà a conèixer el Liber judicatum popularis, i que són un arsenal de dades per a corroborar la seva tesi; El fin de la nación catalana (Barcelona, 1902) és un tractat monogràfic del setge i defensa de Barcelona el 1714, i que serveix de base a tot estudi superior, i La Rodalia de Corbera, Barcelona, 1897 és un treball de pacient reconstitució de setges, edificis, institucions i barriades desaparegudes entre les que Felip V manà ensorrar per a construir el barri de la Ciutadella de Barcelona.