Els orígens de Kharabalí es remunten a la seva fundació el 1789, quan un grup de pagesos que fugien de llur condició de serfs van reunir-se per fundar un poblat. Aquesta regió aleshores l'habitaven els calmucs i els kazakhs. Per assegurar el domini d'aquells territoris el govern tsarista de Rússia hi envià colons russos per tal de desplaçar els calmucs més enllà del Volga i els kazakhs a les zones desèrtiques.