PDBsum
PDBSum és una base de dades que proporciona una visió general en tres dimensions del contingut de cada estructura macromolecular dipositada a la Protein Data Bank.[1][2][3][4] La versió original de la base de dades va ser desenvolupada al 1995 per Roman Laskowski i col·laboradors a la University College de Londres.[5] Posteriorment l'han anat actualitzant i mantenint de forma col·laborativa amb Janet Thornton a l'European Bioinformatics Institute (EBI).
Cada estructura macromolecular a la base de dades de PDBsum inclou una imatge de la seva estructura (vista principal, vista inferior i vista dreta), els components moleculars que conté el complex, un diagrama de la reacció enzimàtica si escau, ontologia genètica i assignacions funcionals de la proteïna, una seqüència unidireccional marcada per assignacions de dominis Pfam i InterPro, una descripció dels enllaços moleculars amb un gràfic que mostra les interaccions entre proteïna i estructura secundària, diagrames esquemàtics d'interaccions proteïna-proteïna, una anàlisi de clivelles contingudes a l'estructura, i enllaços a bases de dades externes.[6] S'utilitzen els software de gràfics moleculars de RasMol i Jmol per la visualització en 3D de les molècules i les seves interaccions.[5]
Des del llançament del Projecte 1000 Genomes l'octubre de 2012, tots els totes les variants d'aminoàcids individuals identificades pel projecte s'han inclòs a les seqüències de proteïnes corresponents al Protein Data Bank. Aquestes variants també es mostren dins de PDBsum, amb referències creuades a l'identificador UniProt corresponent.[6]
PDBsum també conté una gran quantitat d'estructures proteiques que poden ser d'interès en el disseny de nous fàrmacs, i té una branca a part coneguda com a DrugPort que se centra en aquests models i està connectada amb la base de dades de DrugBank.[6][7]
Referències[modifica]
- ↑ «PDBsum: a Web-based database of summaries and analyses of all PDB structures». Trends in Biochemical Sciences, 22, 12, Dec 1997, pàg. 488–90. DOI: 10.1016/S0968-0004(97)01140-7. PMID: 9433130.
- ↑ «PDBsum: summaries and analyses of PDB structures». Nucleic Acids Research, 29, 1, Jan 2001, pàg. 221–2. DOI: 10.1093/nar/29.1.221. PMC: 29784. PMID: 11125097.
- ↑ «PDBsum more: new summaries and analyses of the known 3D structures of proteins and nucleic acids». Nucleic Acids Research, 33, Database issue, Jan 2005, pàg. D266-8. DOI: 10.1093/nar/gki001. PMC: 539955. PMID: 15608193.
- ↑ «PDBsum new things». Nucleic Acids Research, 37, Database issue, Jan 2009, pàg. D355-9. DOI: 10.1093/nar/gkn860. PMC: 2686501. PMID: 18996896.
- ↑ 5,0 5,1 «PDBsum documentation: About PDBsum». European Molecular Biology Laboratory – The European Bioinformatics Institute. [Consulta: 9 setembre 2014].
- ↑ 6,0 6,1 6,2 «PDBsum additions». Nucleic Acids Research, 42, Database issue, Jan 2014, pàg. D292-6. DOI: 10.1093/nar/gkt940. PMC: 3965036. PMID: 24153109.
- ↑ «DrugBank 3.0: a comprehensive resource for 'omics' research on drugs». Nucleic Acids Research, 39, Database issue, Jan 2011, pàg. D1035-41. DOI: 10.1093/nar/gkq1126. PMC: 3013709. PMID: 21059682.