Clorofex

De Viquipèdia
Dreceres ràpides: navegació, cerca
Viquipèdia:Com entendre les taules taxonòmiquesCom entendre les taules taxonòmiques
Chloroflexi

Manca una imatge

Classificació científica
Regne: Eubacteria
Fílum: Chloroflexi
(Garrity and Holt 2001) Hugenholtz and Stackebrandt 2004
Classes

Classe Dehalococcoidetes

Classe Anaerolineae Yamada et al. 2006

Classe Caldilineae Yamada et al. 2006

Classe Ktedonobacteria Cavaletti et al. 2007 emend. Yabe et al. 2010

Classe Thermomicrobia Garrity and Holt 2002 emend. Hugenholtz and Stackebrandt 2004

Classe Chloroflexi Garrity and Holt 2001 emend. Gupta et al. 2012

Sinònims

Chlorobacteria

Els Chloroflexi o Chlorobacteria són un fílum de bacteris que conté membres que són termòfils aeròbis, els quals fan servir oxigen i creixen bé a altes temperatures, fotòtrofs anoxigènics que fan servir la llum per la fotosíntesi i halorespiradors anaerobis els quals fan servir compostos orgànics halogenats com a font d'energia.

Història[modifica | modifica el codi]

El 1987, Carl Woese va dividir els Eubacteria en 11 divisions basades en lARN ribosòmic 16S i agrupà els gèneres Chloroflexus, Herpetosiphon i Thermomicrobium dins els bacteris verds sense sofre i els seus relacionats ("Green non-sulfur bacteria and relatives"),[1][2] el qual va ser temporalment rebatejat com "Chloroflexi" en el volum 1 del Bergey's Manual of Systematic Bacteriology.[3] Malgrat tot des del 2001 s'han creat noves classes gràcies a les noves espècies descobertes. Tanmateix, avui el filum Chloroflexi es divideix en:[4]

  • Chloroflexi Gupta et al. 2012
  • Thermomicrobia Hugenholtz & Stackebrandt, 2004
  • "Dehalococcoidetes" Hugenholtz & Stackebrandt, 2004
  • Anaerolineae Yamada et al., 2006
  • Caldilineae Yamada et al., 2006
  • Ktedonobacteria Cavaletti et al., 2007 emend. Yabe et al., 2010

Filogènia[modifica | modifica el codi]

La taxonomia acceptada actualment es basa en la List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) [5] i el National Center for Biotechnology Information (NCBI)[6] i la filogènia es basa en 'The All-Species Living Tree' Project [7]




Kouleothrix aurantiaca



Candidatus Chlorothrix halophila[8]



  Dehalococcoidetes

Dehalogenimonas lykanthroporepellens


Dehalococcoides

D. ethenogenes[9]



D. mccartyi[10]





  Caldilinea

C. aerophila[11]



C. tarbellica[12]



  Anaerolineaceae

Thermanaerothrix daxensis[13]


  Anaerolinea

A. thermolimosa[14]



A. thermophila[11]






Bellilinea caldifistulae[15]



Levilinea saccharolytica[14]





Leptolinea tardivitalis[14]



Longilinea arvoryzae[15]








  Ktedonobacteria
  Thermogemmatispora

T. foliorum[16]



T. onikobensis[16]



  Ktedonobacteriales

Ktedonobacter racemifer corrig.[17]



Thermosporothrix hazakensis[18]





  Thermomicrobia

Thermobaculum terrenum[19]



Sphaerobacter thermophilus[20]



Thermomicrobium roseum[21]



  Chloroflexi
  Herpetosiphon

H. aurantiacus[22]



H. geysericola[23][24]



  Chloroflexales

Dehalobium chlorocoercia[25]


  Oscillochloris

O. chryseaGorlenko and Pivovarova 1989



O. trichoides (ex Szafer) Gorlenko and Korotkov 1989 emend. Keppen et al. 2000



  Chloroflexaceae

Chloronema giganteumDubinina and Gorlenko 1975



Heliothrix oregonensis[26]



Roseiflexus castenholzii[27]


  Chloroflexus

C. aggregans[28]



C. aurantiacus[29]









Notes:
♠ Soques trobades al National Center for Biotechnology Information (NCBI) però no llistades al List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LSPN).
♪ Procariotes que on els cultius no purament axènics s'han aïllat o no disponibles.

Etimologia[modifica | modifica el codi]

El nom "Chloroflexi" és un nominatiu plural neollatí de "Chloroflexus", el qual és el nom del primer gènere descrit.

Referències[modifica | modifica el codi]

  1. Holland L.. «Woese,Carl in the forefront of bacterial evolution revolution». scientist, 4, 10, 22.
  2. Woese CR. «Bacterial evolution.». Microbiol Rev, 51, 2, 1987, pàg. 221-71. PMC: 373105. PMID: 2439888.
  3. Don J. Brenner; Noel R. Krieg; James T. Staley George M. Garrity. Introductory Essays. 2A. 2nd. New York: Springer, 26 juliol 2005, p. 304. British Library no. GBA561951. ISBN 978-0-387-24143-2. 
  4. LPSN bacterio.net. http://www.bacterio.net Data accés: 07.01.16
  5. J.P. Euzéby. «Chloroflexi». List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) [1]. [Consulta: 20 març 2014].
  6. Sayers. «Chloroflexi». National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database [2]. [Consulta: 20 març 2014].
  7. 'The All-Species Living Tree' Project.«16S rRNA-based LTP release 115 (full tree)». Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database [3]. [Consulta: 20 març 2014].
  8. Klappenbach, Joel A.; Pierson, Beverly K. «Phylogenetic and physiological characterization of a filamentous anoxygenic photoautotrophic bacterium ?Candidatus Chlorothrix halophila? gen. nov., sp. nov., recovered from hypersaline microbial mats». Archives of Microbiology, 181, 1, 2004, pàg. 17–25. DOI: 10.1007/s00203-003-0615-7. ISSN: 0302-8933.
  9. Maymo-Gatell, X. «Isolation of a Bacterium That Reductively Dechlorinates Tetrachloroethene to Ethene». Science, 276, 5318, 1997, pàg. 1568–1571. DOI: 10.1126/science.276.5318.1568. ISSN: 00368075.
  10. Loffler, F. E.; Yan, J.; Ritalahti, K. M.; Adrian, L.; Edwards, E. A. «Dehalococcoides mccartyi gen. nov., sp. nov., obligately organohalide-respiring anaerobic bacteria relevant to halogen cycling and bioremediation, belong to a novel bacterial class, Dehalococcoidia classis nov., order Dehalococcoidales ord. nov. and family Dehalococcoidaceae fam. nov., within the phylum Chloroflexi». INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 63, Pt 2, 2012, pàg. 625–635. DOI: 10.1099/ijs.0.034926-0. ISSN: 1466-5026.
  11. 11,0 11,1 Sekiguchi, Y. «Anaerolinea thermophila gen. nov., sp. nov. and Caldilinea aerophila gen. nov., sp. nov., novel filamentous thermophiles that represent a previously uncultured lineage of the domain Bacteria at the subphylum level». INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 53, 6, 2003, pàg. 1843–1851. DOI: 10.1099/ijs.0.02699-0. ISSN: 1466-5026.
  12. Grégoire P, Bohli M, Cayol JL, Joseph M, Guasco S, Dubourg K et al.. «Caldilinea tarbellica sp. nov., a filamentous, thermophilic, anaerobic bacterium isolated from a deep hot aquifer in the Aquitaine Basin.». Int J Syst Evol Microbiol, 61, Pt 6, 2011, pàg. 1436-41. DOI: 10.1099/ijs.0.025676-0. PMID: 20584812.
  13. doi:10.1016/j.syapm.2011.02.004
    Aquesta referència està incompleta. Cal copiar-la per completar-la.
  14. 14,0 14,1 14,2 doi:10.1099/ijs.0.64169-0
    Aquesta referència està incompleta. Cal copiar-la per completar-la.
  15. 15,0 15,1 doi:10.1099/ijs.0.65098-0
    Aquesta referència està incompleta. Cal copiar-la per completar-la.
  16. 16,0 16,1 doi:10.1099/ijs.0.024877-0
    Aquesta referència està incompleta. Cal copiar-la per completar-la.
  17. doi:10.1128/AEM.00132-06
    Aquesta referència està incompleta. Cal copiar-la per completar-la.
  18. doi:10.1099/ijs.0.018069-0
    Aquesta referència està incompleta. Cal copiar-la per completar-la.
  19. doi:10.1007/s00203-004-0647-7
    Aquesta referència està incompleta. Cal copiar-la per completar-la.
  20. doi:10.1016/S0723-2020(89)80023-2
    Aquesta referència està incompleta. Cal copiar-la per completar-la.
  21. doi:10.1099/00207713-23-1-28
    Aquesta referència està incompleta. Cal copiar-la per completar-la.
  22. Holt JG, Lewin RA. «Herpetosiphon aurantiacus gen. et sp. n., a new filamentous gliding organism.». J Bacteriol, 95, 6, 1968, pàg. 2407-8. PMC: PMC315177. PMID: 5669912.
  23. doi:10.1111/j.1749-6632.1936.tb56976.x
    Aquesta referència està incompleta. Cal copiar-la per completar-la.
  24. doi:10.1139/m70-087
    Aquesta referència està incompleta. Cal copiar-la per completar-la.
  25. doi:10.1128/AEM.68.2.807-812.2002
    Aquesta referència està incompleta. Cal copiar-la per completar-la.
  26. doi:10.1007/BF00447061
    Aquesta referència està incompleta. Cal copiar-la per completar-la.
  27. Hanada S, Takaichi S, Matsuura K, Nakamura K. «Roseiflexus castenholzii gen. nov., sp. nov., a thermophilic, filamentous, photosynthetic bacterium that lacks chlorosomes.». Int J Syst Evol Microbiol, 52, Pt 1, 2002, pàg. 187-93. DOI: 10.1099/00207713-52-1-187. PMID: 11837302.
  28. doi:10.1099/00207713-45-4-676
    Aquesta referència està incompleta. Cal copiar-la per completar-la.
  29. doi:10.1007/BF00446302
    Aquesta referència està incompleta. Cal copiar-la per completar-la.