El club va ser fundat l'any 1922 amb el nom de Kyoto Shiko Club. Era un dels pocs clubs de futbol del país dedicat estrictament al futbol i que no formava part d'una companyia. Però tampoc va arribar mai a la màxima categoria nacional en l'època del futbol amateur. Després de la creació de la Lliga de Futbol Professional del Japó en 1992, el club va competir en la Segona divisió de la Japan Football League, que en la pràctica era la tercera categoria del nou organigrama japonès. El primer any va obtindre l'ascens. Despés de rebre el patrocini d'empreses locals com Kyocera i Nintendo, en 1994 va esdevenir professional i va adoptar el nom Kyoto Purple Sanga. En 1995 va finalitzar la competició en segona posició, el que li va donar dret a ascendir a la Lliga professional per primer cop en la seva història. Durant els primers anys, es va mantenir en la part baixa de la classificació. A partir de l'any 2000 va alternar la seva participació entre la Primera i la Segona divisió. Entre les temporades 2000 i 2007 va viure tres descensos i tres ascensos. No obstant això, la temporada 2002 va ser la més reeixida del club, acabant 5è en la lliga i campió de la Copa de l'Emperador. Tot i això, la temporada següent va perdre sorprenent la categoria. El 2007 esdevingué, simplement, Kyoto Sanga i comença la seva darrera etapa en la Primera divisió. En 2010 va perdre novament la categoria (establint un rècord de quatre descensos) i des de llavors l'equip juga a la Segona divisió, lluny dels llocs d'ascens en les darreres temporades.
Japó
Brasil
Uruguai
Països Baixos
Alemanya