Navahondilla va ser probablement poblada per primera vegada pels vetons, un poble el testimoniatge del qual més representatiu són els Toros de Guisando. La fundació de Navahondilla probablement es remunta a la reconquesta de la zona per part d'Alfons VI que es va culminar amb la presa de Cadalso de los Vidrios el 1082 i de Toledo el 1085 i després de la qual es va passar a repoblar la zona de la vall de l'Alberche i del Tiétar.
Navahondilla és nomenada per primera vegada en un document d'Alfons X el Savi datat el 5 de març de 1261. Des de la seva fundació va formar part de la província de Toledo sota les jurisdiccions d'Escalona i Cadalso fins que el 30 de novembre de 1833, per Reial Decret, va passar de llogaret toledana a municipi abulenc amb jurisdicció i ajuntament propi.
.svg)
