Té uns 400 km de llargada. Quan desemboca al Llac Victòria hi aporta 6.400 milions de metres cúbics d'aigua per any (cosa que representa el 28% de la descàrrega anual del llac). El Kagera el formen la confluència dels rius Rurubu i Nyabarongo a prop del punt més al nord del llac Tanganyika.