El seu nom deriva del tàtar de Crimea per "fortalesa jueva" (çufut/çıfıt - jueu, qale/kale - fortalesa). Çufut Qale va ser un centre de la comunitat de caraïtes o karaïm de Crimea. A l'època medieval, la fortalesa es coneixia com a Qırq Yer (el Lloc dels Quaranta) o com a Sela' ha-Yehudim (la Pedra dels Jueus) pels mateixos caraïtes.