A l'emplaçament de la ciutat actual hi havia abans de la fundació un poble anomenat Ust-Barga, conegut des del 1735 per l'existència d'una petita foneria de ferro.
A la dècada de 1950 la gerència d'energia nuclear de la Unió Soviètica decidí establir al territori de Krasnoiarsk una instal·lació per a l'obtenció d'urani enriquit per a armes nuclears. Per aquest motiu el 1956, en un breu període, fou construïda una nova ciutat que romandria en secret sota el nom de Krasnoiarsk-45.
La planta d'enriquiment d'urani rebé el nom de fàbrica electroquímica i entrà en funcionament el 1962. La ciutat es reanomenà Zelenogorsk el 1994.