Jalview: diferència entre les revisions
Creada per traducció de la pàgina «Jalview» |
(Cap diferència)
|
Revisió del 21:58, 27 feb 2015
Jalview és una aplicació de programari bioinformàtic que s'utilitza per a visualitzar i editar alineaments múltiples de seqüències. Està escrit en llenguatge de programació Java. El programa fou escrit en un inici per Michele Clamp mentre treballava en un grup de recerca dirigit per Geoff Barton a l'EBI.[1] Jalview 2, una versió reprogramada i reestructurada dissenyada per Andrew Waterhouse i Jim Procter en un projecte de nou amb Geoff Barton a la Universitat de Dundee (Regne Unit), fou publicada el 2005, el desenvolupament continu del qual és recolzat pel BBSRC.[2]
És utilitzat àmpliament per una varietat de servidors de web (com per exemple el servidor ClustalW de l'EBi i el base de dades de dominis proteics Pfam) però es troba disponible com a propòsit general d'editor d'alineaments.
Jalview, a més a més de la visualització i edició de seqüències,disposa d'una gamma molt extensa de funcions en què s'inclouen arbres filogenètics i la representació d'estructures moleculars (molts d'aquests recursos empresn serveis web externs per a importar les dades).
Referències
- ↑ Clamp M, Cuff J, Searle SM, Barton GJ «The Jalview Java alignment editor». Bioinformatics, vol. 20, 3, February 2004, pàg. 426–7. DOI: 10.1093/bioinformatics/btg430. PMID: 14960472.
- ↑ Waterhouse AM, Procter JB, Martin DM, Clamp M, Barton GJ «Jalview Version 2--a multiple sequence alignment editor and analysis workbench». Bioinformatics, vol. 25, 9, May 2009, pàg. 1189–91. DOI: 10.1093/bioinformatics/btp033. PMC: 2672624. PMID: 19151095.