Biopython: diferència entre les revisions
Contingut suprimit Contingut afegit
Pàgina nova, traducció de en-wiki |
Cap resum de modificació |
||
| Línia 1: | Línia 1: | ||
{{Infotaula de programari |
{{Infotaula de programari |
||
|autor=Brad Chapman<br>Jeff Chang |
|||
}} |
|||
El projecte '''Biopython''' és una col·lecció de [[Programari de codi obert|codi obert]] d'eines [[Python]] no comercials per a la [[biologia computacional]] i la [[bioinformàtica]], creada per una associació internacional de desenvolupadors.<ref name="Chapman2000">{{ref-publicació |cognom=Chapman |nom=Brad |títol=Biopython: Python tools for computational biology |publicació=ACM SIGBIO Newsletter |data=agost 2000 |pàgines=15–19 |volum=20 |exemplar=2 |doi=10.1145/360262.360268 |coautors=Chang, Jeffrey}}</ref><ref>{{ref-publicació |cognom=Cock |nom=P. J. A. |títol=Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics |publicació=Bioinformatics |data=1 juny 2009 |pàgines=1422–1423 |volum=25 |exemplar=11 |doi=10.1093/bioinformatics/btp163 |pmid=19304878 |coautors=Antao, T.; Chang, J. T.; Chapman, B. A.; Cox, C. J.; Dalke, A.; Friedberg, I.; Hamelryck, T.; Kauff, F.; Wilczynski, B.; de Hoon, M. J. L.}}</ref> Conté classes per representar seqüències biològiques i anotacions de seqüències, i és capaç de llegir i escriure en una varietat de formats de fitxer. També permet un mitjà programàtic d'accés a bases de dades en línia d'informació biològica, com les de [[National Center for Biotechnology Information|NCBI]]. Els mòduls separats amplien les capacitats de Biopython a l'alineació de seqüències, estructura de proteïnes, genètica de poblacions, filogenètica, motius de seqüències i [[aprenentatge automàtic]]. Biopython és un dels nombrosos projectes Bio* dissenyats per reduir la duplicació de codi en biologia computacional.<ref>{{ref-publicació |cognom=Mangalam |nom=H. |títol=The Bio* toolkits—a brief overview |publicació=Briefings in Bioinformatics |data=1 gener 2002 |pàgines=296–302 |volum=3 |exemplar=3 |doi=10.1093/bib/3.3.296 |pmid=12230038}}</ref> |
El projecte '''Biopython''' és una col·lecció de [[Programari de codi obert|codi obert]] d'eines [[Python]] no comercials per a la [[biologia computacional]] i la [[bioinformàtica]], creada per una associació internacional de desenvolupadors.<ref name="Chapman2000">{{ref-publicació |cognom=Chapman |nom=Brad |títol=Biopython: Python tools for computational biology |publicació=ACM SIGBIO Newsletter |data=agost 2000 |pàgines=15–19 |volum=20 |exemplar=2 |doi=10.1145/360262.360268 |coautors=Chang, Jeffrey}}</ref><ref>{{ref-publicació |cognom=Cock |nom=P. J. A. |títol=Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics |publicació=Bioinformatics |data=1 juny 2009 |pàgines=1422–1423 |volum=25 |exemplar=11 |doi=10.1093/bioinformatics/btp163 |pmid=19304878 |coautors=Antao, T.; Chang, J. T.; Chapman, B. A.; Cox, C. J.; Dalke, A.; Friedberg, I.; Hamelryck, T.; Kauff, F.; Wilczynski, B.; de Hoon, M. J. L.}}</ref> Conté classes per representar seqüències biològiques i anotacions de seqüències, i és capaç de llegir i escriure en una varietat de formats de fitxer. També permet un mitjà programàtic d'accés a bases de dades en línia d'informació biològica, com les de [[National Center for Biotechnology Information|NCBI]]. Els mòduls separats amplien les capacitats de Biopython a l'alineació de seqüències, estructura de proteïnes, genètica de poblacions, filogenètica, motius de seqüències i [[aprenentatge automàtic]]. Biopython és un dels nombrosos projectes Bio* dissenyats per reduir la duplicació de codi en biologia computacional.<ref>{{ref-publicació |cognom=Mangalam |nom=H. |títol=The Bio* toolkits—a brief overview |publicació=Briefings in Bioinformatics |data=1 gener 2002 |pàgines=296–302 |volum=3 |exemplar=3 |doi=10.1093/bib/3.3.296 |pmid=12230038}}</ref> |
||
== Història == |
|||
El desenvolupament de Biopython va començar el 1999 i es va llançar per primera vegada el juliol de 2000. Es va desenvolupar durant un període de temps similar i amb objectius anàlegs a altres projectes que van afegir capacitats bioinformàtiques als seus respectius llenguatges de programació, inclosos BioPerl, BioRuby i BioJava. Els primers desenvolupadors del projecte van incloure Jeff Chang, Andrew Dalke i Brad Chapman, encara que més de 100 persones hi han fet contribucions fins ara.[7] El 2007, es va establir un projecte similar de Python, PyCogent.<ref>{{ref-publicació |cognom=Knight |nom=Rob |títol=PyCogent: a toolkit for making sense from sequence |publicació=Genome Biology |data=2007 |pàgines=R171 |volum=8 |exemplar=8 |doi=10.1186/gb-2007-8-8-r171 |pmid=17708774 |coautors=Maxwell, Peter; Birmingham, Amanda; Carnes, Jason; Caporaso, J Gregory; Easton, Brett C; Eaton, Michael; Hamady, Micah; Lindsay, Helen; Liu, Zongzhi; Lozupone, Catherine; McDonald, Daniel; Robeson, Michael; Sammut, Raymond; Smit, Sandra; Wakefield, Matthew J; Widmann, Jeremy; Wikman, Shandy; Wilson, Stephanie; Ying, Hua; Huttley, Gavin A}}</ref> |
|||
L'abast inicial de Biopython implicava accedir, indexar i processar fitxers de seqüències biològiques. Tot i que aquest és encara un focus important, durant els anys següents, els mòduls afegits han ampliat la seva funcionalitat per cobrir àrees addicionals de biologia. |
|||
A partir de la versió 1.77, Biopython ja no és compatible amb Python 2. |
|||
== Referències == |
== Referències == |
||
Revisió del 19:38, 5 feb 2022
  | |
| Tipus | biblioteca informàtica |
|---|---|
| Versió inicial | 7 desembre 1999 |
| Versió estable | 1.81 (12 febrer 2023) 183 (10 gener 2024)
|
| Característiques tècniques | |
| Escrit en | Python |
| Equip | |
| Creador/s | Brad Chapman Jeff Chang |
| Més informació | |
| Lloc web | biopython.org |
| Guia d'usuari | Guia d'usuari |
|
| |
El projecte Biopython és una col·lecció de codi obert d'eines Python no comercials per a la biologia computacional i la bioinformàtica, creada per una associació internacional de desenvolupadors.[1][2] Conté classes per representar seqüències biològiques i anotacions de seqüències, i és capaç de llegir i escriure en una varietat de formats de fitxer. També permet un mitjà programàtic d'accés a bases de dades en línia d'informació biològica, com les de NCBI. Els mòduls separats amplien les capacitats de Biopython a l'alineació de seqüències, estructura de proteïnes, genètica de poblacions, filogenètica, motius de seqüències i aprenentatge automàtic. Biopython és un dels nombrosos projectes Bio* dissenyats per reduir la duplicació de codi en biologia computacional.[3]
Història
El desenvolupament de Biopython va començar el 1999 i es va llançar per primera vegada el juliol de 2000. Es va desenvolupar durant un període de temps similar i amb objectius anàlegs a altres projectes que van afegir capacitats bioinformàtiques als seus respectius llenguatges de programació, inclosos BioPerl, BioRuby i BioJava. Els primers desenvolupadors del projecte van incloure Jeff Chang, Andrew Dalke i Brad Chapman, encara que més de 100 persones hi han fet contribucions fins ara.[7] El 2007, es va establir un projecte similar de Python, PyCogent.[4]
L'abast inicial de Biopython implicava accedir, indexar i processar fitxers de seqüències biològiques. Tot i que aquest és encara un focus important, durant els anys següents, els mòduls afegits han ampliat la seva funcionalitat per cobrir àrees addicionals de biologia.
A partir de la versió 1.77, Biopython ja no és compatible amb Python 2.
Referències
- ↑ Chapman, Brad; Chang, Jeffrey «Biopython: Python tools for computational biology». ACM SIGBIO Newsletter, 20, 2, agost 2000, pàg. 15–19. DOI: 10.1145/360262.360268.
- ↑ Cock, P. J. A.; Antao, T.; Chang, J. T.; Chapman, B. A.; Cox, C. J.; Dalke, A.; Friedberg, I.; Hamelryck, T.; Kauff, F.; Wilczynski, B.; de Hoon, M. J. L. «Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics». Bioinformatics, 25, 11, 01-06-2009, pàg. 1422–1423. DOI: 10.1093/bioinformatics/btp163. PMID: 19304878.
- ↑ Mangalam, H. «The Bio* toolkits—a brief overview». Briefings in Bioinformatics, 3, 3, 01-01-2002, pàg. 296–302. DOI: 10.1093/bib/3.3.296. PMID: 12230038.
- ↑ Knight, Rob; Maxwell, Peter; Birmingham, Amanda; Carnes, Jason; Caporaso, J Gregory; Easton, Brett C; Eaton, Michael; Hamady, Micah; Lindsay, Helen; Liu, Zongzhi; Lozupone, Catherine; McDonald, Daniel; Robeson, Michael; Sammut, Raymond; Smit, Sandra; Wakefield, Matthew J; Widmann, Jeremy; Wikman, Shandy; Wilson, Stephanie; Ying, Hua; Huttley, Gavin A «PyCogent: a toolkit for making sense from sequence». Genome Biology, 8, 8, 2007, pàg. R171. DOI: 10.1186/gb-2007-8-8-r171. PMID: 17708774.