Pauta oberta de lectura
De Viquipèdia
Una pauta oberta de lectura, també coneguda per l'acrònim ORF (de l'expressió anglesa open reading frame) és una seqüència de nucleòtids que potencialment pot codificar una proteïna ja que està compresa entre una seqüència d'inici (codó d'inici) i una seqüència de terminació (codó d'aturada o codó de stop) i té una llargada considerable. El començament i el final d'una pauta oberta de lectura no són equivalents als extrems de l'ARNm, però sovint estan inclosos en la seqüència d'aquest ARNm.
Les pautes obertes de lectura se solen identificar mentre s'examina el genoma per a la localització de nous gens. Un buscardor de pautes obertes de lectura utilitza algoritmes que es basen en la localització de codons d'inici en totes les pautes de lectura possibles de la seqüencia estudiada. En realitat, l'existència d'una pauta oberta de lectura, especialment quan es tracta d'una de seqüència llarga, és un bon indicador de la presència d'un gen als voltants d'aquesta seqüència. En aquest cas, la pauta oberta de lectura és part de la seqüència que serà traduïda pels ribosomes. Tot i això, per atzar també es poden localitzar pautes obertes de lectura fora dels gens, però no solen ser gaire llargues i s'acaben al cap de pocs codons.
Un cop un gen ha estat seqüenciat és important determinar la pauta oberta de lectura correcta. Teòricament, en els organismes amb ADN de doble cadena, les seqüencies d'ADN poden llegir-se en sis pautes de lectura , tres endavant i tres endarrera. En el cas dels procariotes la cerca i identificació de pautes de lectura es pot fer directament sobre el genoma. En canvi, en els eucariotes cal tenir en compte que en l'anàlisi del genoma ens podem trobar introns que interrompin la pauta oberta de lectura i, per tant, caldrà fixar-nos amb l'ARNm. La seqüència més llarga sense cap codó d'aturada normalment determina la pauta oberta de lectura corresponent al gen estudiat.
[edita] Enllaços externs
- Translation and Open Reading Frames - Pàgina web amb una bona explicació de què són les pautes obertes de lectura.
- NCBI ORF finder - Eina interactiva del web per a la predicció i l'anàlisi de pautes obertes de lectura.
- ORF finder - Eina interactiva del web per a la predicció i l'anàlisi de pautes obertes de lectura.
