Vés al contingut

EMBOSS

De la Viquipèdia, l'enciclopèdia lliure
EMBOSS

Tipusprogramari lliure Modifica el valor a Wikidata
Versió estable
6.6.0 (15 juliol 2013) Modifica el valor a Wikidata
LlicènciaGNU General Public License
GNU LGPL Modifica el valor a Wikidata
Característiques tècniques
Sistema operatiuUnix-like Modifica el valor a Wikidata
Equip
Creador/sEMBnet Modifica el valor a Wikidata
Més informació
Lloc webemboss.sourceforge.net Modifica el valor a Wikidata
Free Software DirectoryEmboss Modifica el valor a Wikidata

EMBOSS (acrònim procedent de l'anglès European Molecular Biology Open Programari Suite) és una eina bioinformàtica de codi obert creada per EMBnet (Xarxa Europea de Bioinformàtica), i que s'utilitza especialment en els àmbits de la biologia molecular i la genètica.[1] Es tracta d'un programari versàtil que rep dades en diversos formats i que els analitza de múltiples maneres. Conté una gran varietat d'eines centrades en l'anàlisi d'àcids nucleics i proteïnes. Si bé s'executa en la línia d'ordres, existeixen GUIs que faciliten la seva manipulació sota un entorn gràfic.

Els nucli del grup EMBOSS col·labora amb altres grups científics i acadèmics per desenvolupar noves aplicacions requerides per al desenvolupament bioinformàtic. EMBnet tenia aquest origen, basat en diversos nòduls a nivell mundial, la majoria dels quals són els serveis nacionals de bioinformàtica. Els seus inicis es remunta al setembre de 1998, quan es va celebrar el primer taller en què 30 persones d'EMBnet es van reunir a Hinxton per conéixer sobre el projecte i discutir el camí a seguir.[2]

El paquet EMBOSS conté una varietat d'aplicacions per a l'alineació de seqüències, la cerca ràpida en bases de dades o la identificació de motius proteïcs (incloent l'anàlisi de dominis), entre altres. Les biblioteques de què consta, AJAX i NUCLEUS, es troben publicades sota la llicència LGPL, mentre que totes les aplicacions ho estan sota la llicència pública general GNU.

Aplicacions disponibles d'EMBOSS

[modifica]
Grup Descripció
Acd Utilitats per a arxius Acd
Alignment consensus Obté seqüències consens
Alignment differences Troba diferències entre seqüències
Alignment dot plots Comparacions de seqüències tipus dot blot
Alignment global Alineament de seqüències global
Alignment local Alineament de seqüències local
Alignment multiple Alineament de seqüències múltiple
Display Mostra seqüències
Edit Edita seqüències
Enzyme kinetics Calcula paràmetres de cinètica enzimàtica
Feature tables Eines d'anotació
HMM Anàlisi de model ocult de Márkov
Information Ajuda general i informació
Menus Interfície de menús
Nucleic 2d structure Estructura secundària d'àcids nucleics
Nucleic codon usage Ús de codons
Nucleic composition Composició de nucleòtids d'un àcid nucleic
Nucleic CpG islands Detecció d'illes Cpg
Nucleic gene finding Predicció de gens
Nucleic motifs Cerca de motius en àcids nucleics
Nucleic mutation Mutació d'àcids nucleics
Nucleic primers Predicció d'encebadors
Nucleic profiles Generació de perfils d'àcids nucleics
Nucleic repeats Detecció de repeticions en àcids nucleics
Nucleic restriction Anàlisi de restricció
Nucleic RNA folding Anàlisi del plegament d'ARN
Nucleic transcription Predicció de promotors, terminadores i factors de transcripció
Nucleic translation Traducció de seqüències
Phylogeny consensus Mètodes de filogènia per consens
Phylogeny continuous characters Mètodes de filogènia per caràcter continu
Phylogeny discrete characters Mètodes de filogènia per caràcter discret
Phylogeny distance matrix Mètodes de filogènia per distància
Phylogeny gene frequencies Mètodes de filogènia per freqüència gènica
Phylogeny molecular sequence Anàlisi de seqüències i filogènia
Phylogeny tree drawing Dibuix d'arbres filogenètics
Protein 2d structure Estructura secundària de les proteïnes
Protein 3d structure Estructura terciària de les proteïnes
Protein composition Composició de seqüències proteiques
Protein motifs Cerca de motius proteics
Protein mutation Mutació de proteïnes
Protein profiles Cerca en perfils de proteïnes
Test Eines de prova, no per a ús general
Utils database creation Instal·lació de bases de dades
Utils database indexing Indexat de bases de dades
Utils misc Utilitats vàries

Referències

[modifica]
  1. Rice P, Longden I, Bleasby A «EMBOSS: The European Molecular Biology Open Software Suite». Trends in Genetics, 16, 6, 2000, pàg. 276–277.
  2. Rice P, Bleasby A «EMBOSS: The European Molecular Biology Open Software Suite». Biochemist e-volution, 1999.

Vegeu també

[modifica]

Enllaços externs

[modifica]
  • Lloc web d'EMBOSS (anglès)
  • Lloc web d'EMBnet (anglès)
  • EMBOSS explorer - entorn web per a EMBOSS (anglès)