Peak calling: diferència entre les revisions
Inici article peak calling |
(Cap diferència)
|
Revisió del 18:30, 30 nov 2020
El peak calling (en català: pic de senyal) és un mètode computacional que permet identificar els llocs d'unió de proteïnes putatives[1]. En concret, aquest mètode permet identificar àrees del genoma enriquides amb lectures alineades per haver fet una seqüènciació per immunoprecipitació de cromatina (ChIP-seq, de Chromatin Immunoprecipitation sequencing) o d'ADN o DNA metilat (MeDIP-seq, de Methylated DNA Immunoprecipitation sequencing).
Pel que respecta la ChIP-seq, l'enriquiment es fa a aquells fragments de cromatina que tenen una interacció proteïna-DNA, les quals es basen en reticulacions mediades per formaldehid. Quan aquesta proteïna és un factor de transcripció (TF), l'àrea enriquida és un lloc d'unió del factor de transcripció (o TFBS, de l'anglès TF Binding Site).[2]
Pel que fa a la MeDIP-seq, l'enriquiment es fa a seqüències de DNA metilades.
- ↑ Wilbanks, Elizabeth G.; Facciotti, Marc T. «Evaluation of Algorithm Performance in ChIP-Seq Peak Detection» (en anglès). PLOS ONE, 5, 7, 07-08-2010, pàg. e11471. DOI: 10.1371/journal.pone.0011471. ISSN: 1932-6203. PMC: PMC2900203. PMID: 20628599.
- ↑ Stanton, Kelly P.; Jin, Jiaqi; Lederman, Roy R.; Weissman, Sherman M.; Kluger, Yuval «Ritornello: high fidelity control-free chromatin immunoprecipitation peak calling». Nucleic Acids Research, 45, 21, 01-12-2017, pàg. e173. DOI: 10.1093/nar/gkx799. ISSN: 1362-4962. PMC: 5716106. PMID: 28981893.