Jmol

De Viquipèdia
Salta a: navegació, cerca
Infotaula de programariJmol
J(S)mol logo 2013.svg
Jmol screenshot streptavidin.png
Escrit en Java
Plataforma Màquina Virtual Java
Format d'arxiu d'escriptura Protein Data Bank, Crystallographic Information File, MDL Molfile, Chemical Markup Language i SMILES
Tipus programari lliure
Llicència LGPL
Més informació
Lloc web Web oficial
Codi font Codi font
Modifica dades a Wikidata

Jmol és un visor tridimensional de models moleculars que permet realitzar manipulacions i càlculs a partir d’aquests models.

És definit pels seus creadors com un visor Java de codi obert per a estructures químiques en tres dimensions, amb prestacions per a compostos químics, cristalls, materials i biomolècules (http://jmol.sourceforge.net/index.es.html).

Jmol va ser creat per Dan Gezelter l’any 1999 com a part del projecte Open Science (http://www.openscience.org) i posteriorment ha estat desenvolupat per altres programadors com Bradley A. Smith i Egon Willighagen i integrat a partir de l’any 2002 dins del projecte The Chemistry development Kit (http://cdk.sf.net/).


Els principals arguments a favor de l'ús de Jmol són (Herráez, 2006): - És un programari de codi obert, sota una llicència GNU/GPL (http://www.gnu.org/licenses/lgpl.html). Aquest fet garanteix una constant revisió del programari (en el moment de redactar aquest article la darrera versió disponible és la 12.0 RC20).

  • Es pot descarregar de forma gratuïta des d’internet (http://jmol.sourceforge.net/index.es.html).
  • Està escrit en Java, per la qual cosa és compatible amb tots els sistemes operatius (http://www.java.com/es/).
  • És compatible amb tots els principals navegadors que suporten les màquines virtuals de Java (JVM).
  • Permet tres tipus d’ús diferents: com a programari independent, com a applet que es pot incrustar en una pàgina web i com a eina de desenvolupament.
  • Els requeriments de maquinari són moderats.
  • Es pot interaccionar amb els models incrustats en pàgines web via javascript (Herráez, 2007).

A aquesta llista es poden afegir els següents avantatges de treballar amb aquest programari:

  • El seu funcionament és força intuïtiu i resulta molt senzill aprendre el seu funcionament bàsic.
  • N’existeixen nombrosos manuals (Herráez, 2007), la major part d’ells disponibles gratuïtament a internet.
  • No cal instal·lació; es pot executar des d’un llapis de memòria.
  • Els models generats tenen una qualitat més que acceptable i poden ser exportats a formats gràfics com JPEG, GIF i POVRAY entre d’altres.
  • És compatible amb la major part de formats utilitzats en tots els àmbits de la química per a la codificació de molècules, entre ells MOL, XYZ i PDB.
  • Es troba traduït al català, gràcies a la feina d’una comunitat d’usuaris força activa.
  • Permet simular orbitals i vibracions així com crear animacions i realitzar mesures d’angles i distàncies d'enllaç químic.
A Wikimedia Commons hi ha contingut multimèdia relatiu a: Jmol Modifica l'enllaç a Wikidata