En l'univers fictici de Star Trek, la Secció 31 és una organització clandestina d'intel·ligència de la Federació de Planetes Units, no reconeguda pel mateix govern. Té per objectiu principal la protecció dels interessos de la Federació contra possibles amenaces internes o externes a aquesta. Els seus agents es caracteritzen per la seva metodologia poc ortodoxa i antiètiques, utilitzada per complir amb les seves missions.
La Secció 31 va tenir gran participació en la victòria de la coalició Federació-Imperi Klingon-Imperi Galàctic romulà en la guerra contra el Domini a causa de la introducció d'un virus al Gran Enllaç, la qual cosa va decidir en gran manera el resultat de la guerra.
