Durant l'antic règim, el territori pertanyia al ducat de Braunschweig-Lüneburg que el 1815 va esdevenir el regne de Hannover. El 1866Prússia va annexionar el regne que va esdevenir una província dins de l'imperi prussià. L'administració prussiana va crear dues districtes: Harburg i Winsen, i dues ciutats sense districte: Harburg i Wilhelmsburg. El 1932 els dos districtes van fusionar i el 1937, després de la llei de l'àrea metropolitana d'Hamburg el districte va perdre la seva capital i els barris a l'entorn. Després de la segona guerra mundial, la seu administrativa va passar a Winsen, però el districte va mantenir el seu nom. Els estats Hamburg i Baixa Saxònia tenen doncs ambdós un districte amb el mateix nom.