L'equip filial pot jugar en la mateixa competició que el primer equip però sempre s'han de mantenir com a mínim en una categoria inferior. D'aquesta manera no poden optar a pujar a la Primera Divisió com tampoc jugar la Copa de la Reina.
El Barcelona Femení B va haver de baixar de la Primera Nacional Femenina durant la temporada 2007-2008 degut al descens del primer equip, però l'any següent el Barcelona Femení va aconseguir pujar de nou a la Superlliga Femenina i el filial va tornar a pujar a la segona categoria estatal. Al 2016 es proclamen campiones del grup III de la Segona Divisió per primer cop en la història del club.[1] El 2019 aconsegueixen una tercera posició que les classifica per accedir a la nova categoria creada per a la temporada següent: la Primera Divisió B.[2] El 2020-21 aconsegueixen mantenir-se per a la temporada següent en la segona màxima categoria del futbol femení que pateix una reestructuració de cara a una futura professionalització.
