La subprefectura, tot i que depenent de Tòquio i, per tant, pertanyent nominalment a la regió de Kanto, es troba molt més al sud i lluny del Tòquio metropolità.[2] Les illes i formacions rocoses compreses dins de la subprefectura corresponen al grup Ogasawara, a les illes Volcano i a altres illes aïllades, formant part d'un únic municipi: Ogasawara.
Des de març de 1876 les illes Ogasawara són reconegudes pel govern de l'imperi del Japó i depenen directament del ministeri d'afers interns. El 8 d'octubre de 1880 passan a formar part de l'actualment desapareguda prefectura de Tòquio. El 28 d'octubre del mateix any la prefectura obre una oficina del govern a l'illa de Chichi. Més tard, l'any 1926 es funda formalment la subprefectura d'Ogasawara. Des del 1946 fins al 1968 les illes són ocupades pels nord-americans i el 1952 suprimeixen la subprefectura. El 26 de juny de 1968 les illes tornen sota sobirania japonesa i es restitueix la subprefectura.
