Tema de Viquipèdia:La taverna/Propostes

Gerardduenas (discussiócontribucions)

Actualment fem servir per identificar proteïnes la infotaula {{proteïna}}. A la wiki anglesa fan servir que agafa totes les dades de Wikidata. Trobo que estaria bé importar-la i implementar aquest mètode d'identificació de les proteïnes. Corregiu-me si ja existeix o si he interpretat qualsevol cosa malament... @Amadalvarez: Mestre de les infotaules, segur que tu ho saps ;)

Amadalvarez (discussiócontribucions)

@Gerardduenas Tens raó, la vaig descobrir l'altre dia, mentre buscava tutorials de wikidata, en un youtube d'un científic que explicava que pensava carregar tota la base de dades a Wikidata. I, si, finalment ho va fer. Crec que l'únic que cal fer és traduir els conceptes per part d'un coneixedor temàtic.

Si algú s'anima, li dono suport tècnic.

Gerardduenas (discussiócontribucions)

El que hem d'anar amb compte és de no confondre gen i proteïna. Trobo que a l'anglesa estan convertint molts articles de proteïnes a una barreja i no queda clar. Caldria adaptar la plantilla de proteïna perquè incorporés els paràmetres genètics d'aquella proteïna.

Amadalvarez (discussiócontribucions)

Ah, val. Això confirma que ens cal un expert temàtic, més que un perfil tècnic. Si apareix un voluntari, el tutelo.

Yuanga (discussiócontribucions)
Amadalvarez (discussiócontribucions)

No. Ja l'he copiat a plantilla:Infotaula gene. No és una plantilla "al uso", ja que invoca el Mòdul:Infotaula gene que no és fàcil d'entendre i és on s'han de fer les traduccions. El més fàcil és que, miris Calreticulina on l'he posat per provar. Veuràs els títols que surten. Imagino que molts no s'han de traduir perquè seran acrònims tècnics, però els que si s'hagin de canviar, pots fer un "buscar" en el codi del Mòdul i quan el trobis, vas i ho canvies (amb molta cura de no trencar res). Vigila que estiguis canviant el nom del literal i no un nom de variable. Per exemple, el que mostra com "Aliases" si ho busques trobaràs un munt. El que cal canviar és el que diu local label_aliases = en.wikipedia.org/wiki/Human_Genome_Organisation Aliases, o "Identifiers" és el que diu local title = "Identifiers"

Espero s'entengui.

Si tens dubtes, apunta les traduccions en una pàgina de treball i ja ho arreglarem. Merci,

Gerardduenas (discussiócontribucions)

Era més aviat una proposta, de com pensavem que s'havia de fer. Trobo que enwiki està confonent els articles de proteïnes amb articles de gens i no m'agradaria que passés el mateix aquí al traduir la plantilla. Trobo que és bona idea incorporar les dades de wikidata a la plantilla de proteïna a part de traduir la de gen per evitar que s'utilitzi la de gen en pàgines que són proteïnes substituint la proteïna.

Amadalvarez (discussiócontribucions)

@Gerardduenas Disculpa el meu [imperdonable] desconeixement. La plantilla anglesa què representa, gens o proteïnes ?. La confusió que esmentes és cosa de la plantilla o de com s'utilitza ?

Que hauríem de fer aquí per a que no passés el que dius ?

Gerardduenas (discussiócontribucions)

Cert, no m'he explicat 'gens' XD. Sembla que a la wiki anglesa estan substituint moltes plantilles de proteïnes per la Infobox gene. La qüestió és que un gen no és el mateix que una proteïna: un gen pot (o no) codificar per una proteïna, a més a més pot codificar per més d'una proteïna, i tabmé pot ser que una proteïna estigui codificada per més d'un gen. Com pots veure n'hi ha de tots colors. Jo crec que estaria molt bé incorporar en els articles de proteïnes la informació genètica de la proteïna però sense perdre de vista que estem parlant d'una proteïna i no d'un gen. Notifico @Xavier Dengra, Mbosch, Pepetps: perquè em sona que ens sabeu d'aquests temes.

Amadalvarez (discussiócontribucions)

Ja, però la infotaula és només una colla de dades. Són o no vàlides per l'article que representen ?. A més en aquest cas el 100% ho treu de WD. Per tant vol dir que la "mala pràctica" no és només com posen la plantilla sinó que la font potser està mal carregada amb dades que no li corresponen. Potser que els experts mirin primer wl WD d'una proteïna i un gen a veure si estan exactament (i potser incorrectament) igual.

Gerardduenas (discussiócontribucions)

Totes les dades són correctes i fan referència al gen que codifica per aquella proteïna. El que passa és que el títol de la infotaula és del gen i la infotaula només fa referència al gen, en canvi es presenta com a infotaula de l'article (que és una proteïna, no un gen).

Amadalvarez (discussiócontribucions)

Doncs no és problema de la infotaula si no d'on la posen.

Entenc que ha d'haver una diferent per les proteïnes, no?

Xavier Dengra (discussiócontribucions)

És un bon tema per abordar, ara que encara tenim un bon marge per establir pautes. Com diu en @Gerardduenas, les proteïnes i els gens han de tenir infotaules separades sigui quina sigui l'exactitud de Wikidata, ja que tenen diferències que no poden estar contenides en una plantilla unificada.

En llenguatge planer, hi ha gens que no codifiquen per cap proteïna, mentre que algunes proteïnes són codificades per fragments d'un sol gen o fins i tot per fragments de diversos gens contigus.

M'ho poso com a deures a un mes vista i que n'@Amadalvarez em vagi supervisant l'aprenentatge infoboxer. @Toniher, tu què en penses?

Toniher (discussiócontribucions)

Doncs no és un debat trivial. A Wikidata, com passa en els llocs web especialistes, es diferencia clarament proteïnes i gens (vegi's BRCA1) https://www.wikidata.org/wiki/Q227339 https://www.wikidata.org/wiki/Q17487737 Però enciclopèdicament (a la Viquipèdia) no crec que tingui sentit que sigui així i hagi d'haver-hi com a norma una pàgina per a gen i proteïna separats. De fet, té sentit que una mateixa pàgina enciclopèdica reculli referències al gen, a la proteïna (i sovint no només humans).

Diria que ara hi ha la limitació tècnica que 1 article VP -> 1 article Wikidata. Mentre això no es resolgui, entenc que el més convenient és fer com ho fa a l'anglesa i partir del gen a Wikidata (d'on ja s'enllaça la proteïna o altre producte si s'escau). Cal anar amb compte amb entrades com Tripsina, p. ex., que no fan referència a una proteïna concreta (sinó a un grup d'elles) i on veig que fins i tot no està molt formalitzat a nivell de Wikidata encara https://www.wikidata.org/wiki/Q127450 (aquí encara l'EC) però en altres casos no tant https://www.wikidata.org/wiki/Q426367

En fi, hi ha més casuística de la que sembla. En tot cas, tot allò que a l'anglesa ja està tirant de gen, ho faria igual. Aquesta gent porta molt de temps treballant-hi https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_Wiki

Mariusmm (discussiócontribucions)
Xavier Dengra (discussiócontribucions)

Els enzims són proteics, per tant com a mínim aquestes dues s'haurien de fusionar permetent que {{proteïna}} tingui paràmetres concrets en cas de funcions enzimàtiques. Per altra banda, gen i proteïna no tenen res a veure i haurien de romandre en infotaules diferents, o fer-ne una que fos gen/proteïna que tingués dues parts diferenciadíssimes o paràmetres per mostrar-la únicament per gens, per gens que codifiquen proteïnes, o per proteïnes que estan codificades per part d'un gen o per múltiples gens.

Com va dir en Toniher, el problema rau en Wikidata però crec que es poden deixar els paràmetres majoritàriament amb entrada manual.

Mariusmm (discussiócontribucions)

Hola, perdoneu el temps de resposta!

Així què hauriem de fer? prepara una plantilla {{Proteïna}} que serveixi per enzims i proteines i una plantilla {{Gen}} pels articles de gens, és això?

Teniu cap exemple a enwiki o on sigui d'articles que comentes?

Merci!

Resposta a «Infotaula gen»