El FC Differdange 03 es va fundar el 2003 per la fusió de dos clubs de la ciutat de Differdange, el Football Association Red Boys Differdange i AS Differdange. En el moment de la fusió, Red Boys Differdange, és un gran club del país -amb 6 títols nacionals i 15 copes luxemburgueses, posseïdor del rècord de club en la matèria-, mentre que l'AS Differdange era a la tercera divisió. El Red Boys Differdange va ser als anys 1920 i 1930 un dels clubs líders del país junt amb el CA Spora Luxemburg: 5 títols de lliga, tres títols de vice-campió de Luxemburg més 8 copes de Luxemburg durant aquestes dues dècades.
El juny de 2012, després d'una molt mala temporada a Lliga luxemburguesa de futbol, l'entrenador és canviat, l'exempció de Paolo Amodio reporta l'experiència de Michel Leflochmoan que sap perfectament el funcionament de la Lliga luxemburguesa, sobretot amb elF91 Dudelange i el Jeunesse Esch que havia guanyat diversos campionats de Luxemburg.
El 5 de juliol de 2012, el FC Differdange 03 guanya amb 3-0 i 0-3 davant el NSI Runavik, per a la primera ronda de classificació per a la Lliga Europa de la UEFA. El pròxim rival del FC Differdange 03 va ser el club belga KAA Gent però van ser eliminats amb un 2-4.
(2019–2021) 
