Segons la tradició Zizurkil és una de les poblacions més antigues de Guipúscoa. Es tractaria doncs d'un antiquíssim llogaret de pastors que exercia el seu domini sobre una part important i extensa del territori guipuscoà. No obstant això no hi ha proves reals que aquesta tradició sigui certa. El primer esment escrita d'aquesta localitat data de 1312 quan s'aveïna a la vila de Tolosa. En 1512 els zizurkildarres van participar en la Batalla de Belate, on les tropes guipuscoanes van arrabassar a les navarreses 12 peces d'artilleria. Aquests 12 canons figuren des de llavors en el seu escut. En 1615 va comprar la seva condició de vila a la Corona desvinculant-se de la tutela de Tolosa.
A les eleccions al Parlament Basc de 2005 la llista més votada va ser la coalició nacionalista PNB-EA amb el 39,3% dels vots, seguit d'EHAK amb el 29% i el PSE-EE amb el 14,3%. En les passades eleccions municipals 2007, cinc van ser els partits que van presentar candidatura al municipi; EAJ-PNB, PSE-EE, EA, EB-ARALAR i PP. Aquests van ser els resultats:
Eusko Alderdi Jeltzalea - Partit Nacionalista Basc : 323 vots (5 escons)
D'aquesta manera, va resultar guanyadora la candidatura d'EAJ-PNB, que va fer que María Ángeles Lazkano Larrañaga fos alcaldessa de la localitat, a l'assolir el seu partit 5 escons, 3 més que les dues següents forces més votades, PSE-EE i EA. EB-ARALAR va assolir un únic escó, mentre que PP va assolir altre escó en l'ajuntament. Destacar el vot nul, que va superar a qualsevol candidatura, a l'obtenir 486 vots, que l'esquerra abertzale EAE-ANV (il·legalitzada en el municipi) reclama com seus.
