DNA barcoding: diferència entre les revisions

De la Viquipèdia, l'enciclopèdia lliure
Exploració interactiva de l'historial
← Edició anteriorEdició següent →
Contingut suprimit Contingut afegit
VisualWikitext
→‎Referències: Inici de traducció del document en anglés. Falta correcció
Cap resum de modificació
Línia 22: Línia 22:
El mètode [[ADN ambiental]] (eDNA) és un enfocament no invasiu per detectar i identificar espècies de restes cel·lulars o ADN extracel·lular presents en mostres ambientals (per exemple, aigua o sòl) mitjançant codificació de barres o metabarcoding. L’enfocament es basa en el fet que tots els organismes vius deixen ADN al medi ambient, i aquest ADN ambiental es pot detectar fins i tot en organismes amb una abundància molt baixa. Per tant, per al mostreig de camp, la part més crucial és utilitzar material i eines lliures d’ADN a cada lloc o mostra de mostreig per evitar la contaminació, si és probable que l’ADN dels organismes objectiu estigui present en quantitats baixes. D'altra banda, una mostra d'ADNc sempre inclou l'ADN de microorganismes vius de cèl·lules senceres, que solen estar presents en grans quantitats. Per tant, les mostres de microorganismes preses al medi natural també s’anomenen mostres d’ADNd, però la contaminació és menys problemàtica en aquest context a causa de la gran quantitat d’organismes objectiu. El mètode eDNA s’aplica a la majoria de tipus de mostres, com aigua, sediments, sòl, femta d’animals, contingut estomacal o sang provinent de sangoneres. <ref>{{Citation|last1=Jelger Herder|title=Environmental DNA - a review of the possible applications for the detection of (invasive) species.|date=2014|publisher=RAVON|doi=10.13140/rg.2.1.4002.1208|last2=A. Valentini|last3=E. Bellemain|last4=T. Dejean}}</ref>
El mètode [[ADN ambiental]] (eDNA) és un enfocament no invasiu per detectar i identificar espècies de restes cel·lulars o ADN extracel·lular presents en mostres ambientals (per exemple, aigua o sòl) mitjançant codificació de barres o metabarcoding. L’enfocament es basa en el fet que tots els organismes vius deixen ADN al medi ambient, i aquest ADN ambiental es pot detectar fins i tot en organismes amb una abundància molt baixa. Per tant, per al mostreig de camp, la part més crucial és utilitzar material i eines lliures d’ADN a cada lloc o mostra de mostreig per evitar la contaminació, si és probable que l’ADN dels organismes objectiu estigui present en quantitats baixes. D'altra banda, una mostra d'ADNc sempre inclou l'ADN de microorganismes vius de cèl·lules senceres, que solen estar presents en grans quantitats. Per tant, les mostres de microorganismes preses al medi natural també s’anomenen mostres d’ADNd, però la contaminació és menys problemàtica en aquest context a causa de la gran quantitat d’organismes objectiu. El mètode eDNA s’aplica a la majoria de tipus de mostres, com aigua, sediments, sòl, femta d’animals, contingut estomacal o sang provinent de sangoneres. <ref>{{Citation|last1=Jelger Herder|title=Environmental DNA - a review of the possible applications for the detection of (invasive) species.|date=2014|publisher=RAVON|doi=10.13140/rg.2.1.4002.1208|last2=A. Valentini|last3=E. Bellemain|last4=T. Dejean}}</ref>


=== Extracció, amplificació i secuenciació d'ADN ===
La codificació de barres d’ADN requereix que s’extreu l’ADN de la mostra. Existeixen diversos mètodes d’ [[extracció d’ADN]] diferents, i factors com el cost, el temps, el tipus de mostra i el rendiment afecten la selecció del mètode òptim.

Quan l'ADN de mostres organiques o eDNA s'amplifica mitjançant la [[reacció en cadena de la polimerasa]] (PCR), la reacció es pot veure afectada negativament per les molècules inhibidores que conté la mostra. <ref name=":8">{{Ref-publicació|cognom=Schrader|nom=C.|cognom2=Schielke|nom2=A.|cognom3=Ellerbroek|nom3=L.|cognom4=Johne|nom4=R.|data=2012|publicació=Journal of Applied Microbiology|volum=113|exemplar=5|pàgines=1014–1026|doi=10.1111/j.1365-2672.2012.05384.x|pmid=22747964|issn=1365-2672}}</ref> L’eliminació d’aquests inhibidors és crucial per garantir que l’ADN d’alta qualitat estigui disponible per analitzar-lo posteriorment.

[[Gene amplification|L’amplificació]] de l’ADN extret és un pas obligatori en la codificació de barres de l’ADN. Normalment, només se [[Seqüenciació|secuencia]] un petit fragment del material total de l'ADN (típicament entre 400 i 800 [[Parell de bases|parells de bases]] ) <ref name=":9">{{Ref-publicació|cognom=Savolainen|data=2005-10-29|pmc=1609222|pmid=16214739|doi=10.1098/rstb.2005.1730|pàgines=1805–1811|exemplar=1462|volum=360|publicació=Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences|nom5=Richard|nom=Vincent|cognom5=Lane|nom4=George K|cognom4=Roderick|nom3=Alfried P|cognom3=Vogler|nom2=Robyn S|cognom2=Cowan|issn=0962-8436}}</ref> per obtenir el codi de barres de l'ADN. L’amplificació del material eADN se sol centrar en mides de fragments més petits (<200 parells de bases), ja que és més probable que l’ADNm es fragmenti que el material d’ADN d’altres fonts. No obstant això, alguns estudis argumenten que no hi ha cap relació entre la mida de l'amplicó i la taxa de detecció de l'ADNe. <ref>{{Ref-publicació|cognom=Piggott|nom=Maxine P.|data=2016|publicació=Ecology and Evolution|volum=6|exemplar=9|pàgines=2739–2750|doi=10.1002/ece3.2083|issn=2045-7758|pmc=4798829|pmid=27066248}}</ref> <ref>{{Ref-publicació|cognom=Ma|nom5=Yuxiang|doi=10.1007/s12686-016-0597-9|pàgines=561–568|exemplar=4|volum=8|publicació=Conservation Genetics Resources|data=2016|cognom5=Wang|nom=Hongjuan|nom4=Jinsong|cognom4=Zheng|nom3=Stephen|cognom3=Lougheed|nom2=Kathryn|cognom2=Stewart|issn=1877-7252}}</ref>

Quan s'ha amplificat la regió de marcador de codi de barres d'ADN, el següent pas és seqüenciar la regió de marcador mitjançant mètodes de [[seqüenciació d'ADN]] . <ref>{{Ref-publicació|cognom=D’Amore|data=2016-01-14|pmc=4712552|issn=1471-2164|doi=10.1186/s12864-015-2194-9|pàgines=55|exemplar=1|volum=17|publicació=BMC Genomics|nom5=Richard|nom=Rosalinda|cognom5=Gregory|nom4=John G.|cognom4=Kenny|nom3=Melanie|cognom3=Schirmer|nom2=Umer Zeeshan|cognom2=Ijaz|pmid=26763898}}</ref> Hi ha disponibles moltes plataformes de seqüenciació diferents, i el desenvolupament tècnic està avançant ràpidament.

=== Selecció del ''marker'' ===
Els marcadors que s’utilitzen per a la codificació de barres d’ADN s’anomenen codis de barres. Per tal de caracteritzar amb èxit les espècies basades en codis de barres d’ADN, és crucial la selecció de regions informatives d’ADN. Un bon codi de barres d’ADN hauria de tenir una [[Variabilitat genètica|variabilitat]] intraespecífica alta i interespecífica elevada <ref name=":112">{{Ref-publicació|cognom=Hebert|publicació=Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences|pmc=1691236|issn=1471-2954|doi=10.1098/rspb.2002.2218|pàgines=313–321|exemplar=1512|volum=270|data=2003-02-07|nom=Paul D. N.|nom4=Jeremy R.|cognom4=deWaard|nom3=Shelley L.|cognom3=Ball|nom2=Alina|cognom2=Cywinska|pmid=12614582}}</ref> i posseir llocs de flanqueig [[Seqüència conservada|conservats]] per al desenvolupament de [[Encebador|primers]] [[Reacció en cadena de la polimerasa|PCR]] universals per a una àmplia aplicació [[Taxonomia|taxonòmica]] . L’objectiu és dissenyar primers que detectin i distingeixin la majoria o totes les espècies del grup d’organismes estudiats (alta resolució taxonòmica). La longitud de la seqüència de codis de barres hauria de ser prou curta com per utilitzar-la amb la font de mostreig actual, [[Extracció d’ADN|l'extracció d'ADN]], l' [[Reacció en cadena de la polimerasa|amplificació]] i [[Seqüenciació d'ADN|els]] mètodes de [[Seqüenciació d'ADN|seqüenciació]] . <ref>{{Ref-publicació|cognom=Kress|nom=W. J.|cognom2=Erickson|nom2=D. L.|data=2008-02-26|publicació=Proceedings of the National Academy of Sciences|volum=105|exemplar=8|pàgines=2761–2762|doi=10.1073/pnas.0800476105|issn=0027-8424|pmc=2268532|pmid=18287050|bibcode=2008PNAS..105.2761K}}</ref>

L’ideal seria que s’utilitzés una seqüència de [[Gen|gens]] per a tots els grups taxonòmics, des de [[virus]] fins a [[plantes]] i [[animals]] . Tot i això, encara no s’ha trobat cap regió gènica d’aquest tipus, de manera que s’utilitzen codis de barres diferents per a diferents grups d’organismes, <ref name=":2">{{Ref-publicació|cognom=Purty RS, Chatterjee S|publicació=Austin Journal of Biotechnology & Bioengineering|volum=3|exemplar=1|pàgines=1059}}</ref> o segons la qüestió de l’estudi.

Per als '''animals''', el codi de barres més utilitzat és el locus del [[Subunitat I de citocrom c oxidasa|citocrom C oxidasa I]] ( ''COI'' ) [[Mitocondri|mitocondrial]] . <ref name=":3">{{Ref-publicació|cognom=Hebert|nom=Paul D.N.|cognom2=Ratnasingham|nom2=Sujeevan|cognom3=de Waard|nom3=Jeremy R.|data=2003-08-07|publicació=Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences|volum=270|exemplar=suppl_1|pàgines=S96-9|doi=10.1098/rsbl.2003.0025|issn=1471-2954|pmc=1698023|pmid=12952648}}</ref> També s’utilitzen altres gens mitocondrials, com [[Citocrom b|Cytb]], [[ARN ribosòmic 12S|12S]] o [[ARN ribosòmic 18S|18S]] . [[ADN mitocondrial|Els gens mitocondrials]] es prefereixen als [[Gen nuclear|gens nuclears a]] causa de la seva manca d’ [[Intró|introns]], el seu mode d’ [[Herència genètica|herència]] [[ploïdia|haploide]] i la seva [[Recombinació genètica|recombinació]] limitada. <ref name=":3" /> <ref>{{Ref-publicació|cognom=Blaxter|nom=Mark L.|data=2004-04-29|publicació=Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences|volum=359|exemplar=1444|pàgines=669–679|doi=10.1098/rstb.2003.1447|issn=1471-2970|pmc=1693355|pmid=15253352}}</ref> A més, cada [[cèl·lula]] té diversos [[Mitocondri|mitocondris]] (fins a diversos milers) i cadascuna d’elles conté diverses molècules d’ [[Plasmidi|ADN circulars]] . Per tant, els mitocondris poden oferir una font abundant d’ADN fins i tot quan el teixit mostral és limitat.

En les '''plantes''', però, els gens mitocondrials no són adequats per a la codificació de barres de l’ADN perquè presenten [[Taxa de mutació|taxes de mutació baixes]] . <ref>{{Ref-publicació|cognom=Fazekas|publicació=PLOS ONE|issn=1932-6203|pmc=2475660|pmid=18665273|doi=10.1371/journal.pone.0002802|pàgines=e2802|exemplar=7|volum=3|data=2008-07-30|nom=Aron J.|nom5=Steven G.|cognom5=Newmaster|nom4=Sean W.|cognom4=Graham|nom3=Prasad R.|cognom3=Kesanakurti|nom2=Kevin S.|cognom2=Burgess|bibcode=2008PLoSO...3.2802F}}</ref> S'han trobat alguns gens candidats al genoma del [[cloroplast]], el més prometedor és el gen de la [[maturasa K]] ( ''matK'' ) per si mateix o en associació amb altres gens. Per a la identificació d'espècies també s'han utilitzat marcadors multi- [[locus]], com ara [[Espaciador intern transcrit|separadors de transcripció interna]] ribosòmica (ITS DNA) juntament amb ''matK'', ''[[RuBisCO|rbcL]]'', ''trnH'' o altres gens. <ref name=":22">{{Ref-publicació|cognom=Purty RS, Chatterjee S|publicació=Austin Journal of Biotechnology & Bioengineering|volum=3|exemplar=1|pàgines=1059}}</ref> S'ha aconseguit la millor discriminació entre espècies de plantes quan s'utilitzen dos o més codis de barres de cloroplast. <ref>{{Ref-publicació|cognom=Kress|nom=W. John|cognom2=Erickson|nom2=David L.|data=2007-06-06|publicació=PLOS ONE|volum=2|exemplar=6|pàgines=e508|doi=10.1371/journal.pone.0000508|issn=1932-6203|pmc=1876818|pmid=17551588|bibcode=2007PLoSO...2..508K}}</ref>

Per als '''[[bacteris]]''', la petita subunitat del gen de l'ARN ribosomal ( [[ARN ribosòmic 16S|16S]] ) es pot utilitzar per a diferents tàxons, ja que es conserva molt. <ref>{{Ref-publicació|cognom=Janda|nom=J. M.|cognom2=Abbott|nom2=S. L.|data=2007-09-01|publicació=Journal of Clinical Microbiology|volum=45|exemplar=9|pàgines=2761–2764|doi=10.1128/JCM.01228-07|issn=0095-1137|pmc=2045242|pmid=17626177}}</ref> Alguns estudis suggereixen que la ''[[Subunitat I de citocrom c oxidasa|COI]]'', <ref name=":4">{{Ref-publicació|cognom=Smith|publicació=PLOS ONE|pmid=22567162|pmc=3342236|issn=1932-6203|doi=10.1371/journal.pone.0036514|pàgines=e36514|exemplar=5|volum=7|data=2012-05-02|nom=M. Alex|nom5=Jose|cognom5=Fernandez-Triana|nom4=Eldon S.|cognom4=Eveleigh|nom3=Kate|cognom3=Crosby|nom2=Claudia|cognom2=Bertrand|bibcode=2012PLoSO...736514S}}</ref> [[xaperonina]] tipus II ( ''cpn60'' ) <ref name=":5">{{Ref-publicació|cognom=Links|volum=7|pmid=23189159|pmc=3506640|issn=1932-6203|doi=10.1371/journal.pone.0049755|pàgines=e49755|exemplar=11|publicació=PLOS ONE|nom=Matthew G.|data=2012-11-26|nom4=Janet E.|cognom4=Hill|nom3=Sean M.|cognom3=Hemmingsen|nom2=Tim J.|cognom2=Dumonceaux|bibcode=2012PLoSO...749755L}}</ref> o la subunitat β de l' [[ARN polimerasa]] ( ''rpoB'' ) <ref name=":6">{{Ref-publicació|cognom=Case|data=2007-01-01|pmc=1797146|issn=0099-2240|doi=10.1128/AEM.01177-06|pàgines=278–288|exemplar=1|volum=73|publicació=Applied and Environmental Microbiology|nom5=W. F.|nom=R. J.|cognom5=Doolittle|nom4=C.|cognom4=Holmstrom|nom3=I.|cognom3=Dahllof|nom2=Y.|cognom2=Boucher|pmid=17071787}}</ref> també podrien servir de codis de barres d'ADN bacterians.

Els '''[[Fongs|fongs de]]''' codis de barres són més difícils i és possible que sigui necessària més d’una combinació d’imprimació. <ref>{{Ref-publicació|cognom=Bellemain|data=2010|pmc=2909996|pmid=20618939|doi=10.1186/1471-2180-10-189|pàgines=189|exemplar=1|volum=10|publicació=BMC Microbiology|nom5=Pierre|nom=Eva|cognom5=Taberlet|nom4=Eric|cognom4=Coissac|nom3=Christian|cognom3=Brochmann|nom2=Tor|cognom2=Carlsen|issn=1471-2180}}</ref> El marcador ''[[Subunitat I de citocrom c oxidasa|COI]]'' té un bon rendiment en certs grups de fongs, <ref>{{Ref-publicació|cognom=Seifert|data=2007-03-06|pmc=1805696|issn=0027-8424|doi=10.1073/pnas.0611691104|pàgines=3901–3906|exemplar=10|volum=104|publicació=Proceedings of the National Academy of Sciences|nom5=C. A.|nom=K. A.|cognom5=Levesque|nom4=J.|cognom4=Houbraken|nom3=J. R.|cognom3=deWaard|nom2=R. A.|cognom2=Samson|pmid=17360450}}</ref> però no igual de bo en altres. <ref>{{Ref-publicació|cognom=Dentinger|nom=Bryn T. M.|cognom2=Didukh|nom2=Maryna Y.|cognom3=Moncalvo|nom3=Jean-Marc|data=2011-09-22|publicació=PLOS ONE|volum=6|exemplar=9|pàgines=e25081|doi=10.1371/journal.pone.0025081|issn=1932-6203|pmc=3178597|pmid=21966418|bibcode=2011PLoSO...625081D}}</ref> Per tant, s’estan utilitzant marcadors addicionals, com ara [[Espaciador intern transcrit|ITS]] rDNA i la [[ARN ribosòmic 28S|gran subunitat de l’RNA ribosomal nuclear]] (LSU). <ref name=":7">{{Ref-publicació|cognom=Khaund|nom=Polashree|cognom2=Joshi|nom2=S.R.|data=October 2014|publicació=Gene|volum=550|exemplar=1|pàgines=123–130|doi=10.1016/j.gene.2014.08.027|pmid=25130907}}</ref>

Dins del grup de '''[[Protists|protistes]]''', s’han proposat diversos codis de barres, com ara les regions D1 – D2 o D2 – D3 de [[ARN ribosòmic 28S|28S rDNA]], subregió V4 del gen [[ARN ribosòmic 18S|18S rRNA]], [[Espaciador intern transcrit|ITS]] rDNA i ''[[Subunitat I de citocrom c oxidasa|COI]]'' . A més, es poden utilitzar alguns codis de barres específics per a protistes [[Fotosíntesi|fotosintètics]], per exemple, la gran subunitat del gen [[RuBisCO|ribulosa-1,5-bisfosfat carboxilasa-oxigenasa]] ( ''rbcL'' ) i el gen [[ADN cloroplast|cloroplàstic]] [[ARN ribosòmic 23S|23S rRNA]] . <ref name=":23">{{Ref-publicació|cognom=Purty RS, Chatterjee S|publicació=Austin Journal of Biotechnology & Bioengineering|volum=3|exemplar=1|pàgines=1059}}</ref>

Marcadors que s’han utilitzat per codificar barres d’ADN en diferents grups d’organismes, modificats a partir de Purty i Chatterjee. <ref name=":24">{{Ref-publicació|cognom=Purty RS, Chatterjee S|publicació=Austin Journal of Biotechnology & Bioengineering|volum=3|exemplar=1|pàgines=1059}}</ref>
{| class="wikitable"
!Grup d’organismes
!Gen / locus marcador
|-
|Animals
|''COI'', <ref>{{Ref-publicació|cognom=Lobo|data=2013|pmc=3846737|issn=1472-6785|doi=10.1186/1472-6785-13-34|pàgines=34|exemplar=1|volum=13|publicació=BMC Ecology|nom5=Maria H|nom=Jorge|cognom5=Costa|nom4=Maria SG|cognom4=Ferreira|nom3=Marcos AL|cognom3=Teixeira|nom2=Pedro M|cognom2=Costa|pmid=24020880}}</ref> Cytb, <ref>{{Ref-publicació|cognom=Yacoub|nom=Haitham A.|cognom2=Fathi|nom2=Moataz M.|cognom3=Sadek|nom3=Mahmoud A.|data=2015-03-04|publicació=Mitochondrial DNA|volum=26|exemplar=2|pàgines=217–223|doi=10.3109/19401736.2013.825771|pmid=24020964|issn=1940-1736}}</ref> 12S, <ref>{{Ref-publicació|cognom=Siddappa|data=2013|pmc=3885226|issn=2090-2182|doi=10.1155/2013/783925|pàgines=783925|volum=2013|publicació=Molecular Biology International|nom5=Anil K.|nom=Chandra Mohan|cognom5=Sharma|nom4=Ramesh|cognom4=Doreswamy|nom3=Asit|cognom3=Das|nom2=Mohini|cognom2=Saini|pmid=24455258}}</ref> 16S <ref>{{Ref-publicació|cognom=Vences|data=2005-03-16|pmc=555853|issn=1742-9994|doi=10.1186/1742-9994-2-5|pàgines=5|exemplar=1|volum=2|publicació=Frontiers in Zoology|nom5=David R.|nom=Miguel|cognom5=Vieites|nom4=Ylenia|cognom4=Chiari|nom3=Arie|cognom3=van der Meijden|nom2=Meike|cognom2=Thomas|pmid=15771783}}</ref>
|-
|Les plantes
|''matK'', <ref>{{Ref-publicació|cognom=Chen|publicació=PLOS ONE|pmid=20062805|pmc=2799520|issn=1932-6203|doi=10.1371/journal.pone.0008613|pàgines=e8613|exemplar=1|volum=5|data=2010-01-07|nom=Shilin|nom5=Jingyuan|cognom5=Song|nom4=Chang|cognom4=Liu|nom3=Jianping|cognom3=Han|nom2=Hui|cognom2=Yao|bibcode=2010PLoSO...5.8613C}}</ref> ''rbcL'', <ref>{{Ref-publicació|cognom=Theodoridis|nom5=Stella|doi=10.1111/j.1755-0998.2012.03129.x|pàgines=620–633|exemplar=4|volum=12|publicació=Molecular Ecology Resources|data=July 2012|cognom5=Kokkini|nom=Spyros|nom4=Cuneyt|cognom4=Aki|nom3=Meltem|cognom3=Tezcan|nom2=Anastasia|cognom2=Stefanaki|pmid=22394710}}</ref> ''psbA-trnH'', <ref>{{Ref-publicació|cognom=Yang|data=January 2011|issn=0032-0943|pmid=20597045|doi=10.1055/s-0030-1250072|pàgines=87–91|exemplar=1|volum=77|publicació=Planta Medica|nom5=Yunheng|nom=Ying|cognom5=Ji|nom4=Fangming|cognom4=Zhang|nom3=Tao|cognom3=Liu|nom2=Yanhong|cognom2=Zhai|url=https://www.thieme-connect.com/products/ejournals/pdf/10.1055/s-0030-1250072.pdf}}</ref> ''ITS'' <ref>{{Ref-publicació|cognom=Gao|nom5=Yingjie|doi=10.1016/j.jep.2010.04.026|pàgines=116–121|exemplar=1|volum=130|publicació=Journal of Ethnopharmacology|data=July 2010|cognom5=Zhu|nom=Ting|nom4=Chang|cognom4=Liu|nom3=Jingyuan|cognom3=Song|nom2=Hui|cognom2=Yao|pmid=20435122}}</ref>
|-
|Bacteris
|''COI'', <ref name=":42">{{Ref-publicació|cognom=Smith|publicació=PLOS ONE|pmid=22567162|pmc=3342236|issn=1932-6203|doi=10.1371/journal.pone.0036514|pàgines=e36514|exemplar=5|volum=7|data=2012-05-02|nom=M. Alex|nom5=Jose|cognom5=Fernandez-Triana|nom4=Eldon S.|cognom4=Eveleigh|nom3=Kate|cognom3=Crosby|nom2=Claudia|cognom2=Bertrand|bibcode=2012PLoSO...736514S}}</ref> ''rpoB'', <ref name=":62">{{Ref-publicació|cognom=Case|data=2007-01-01|pmc=1797146|issn=0099-2240|doi=10.1128/AEM.01177-06|pàgines=278–288|exemplar=1|volum=73|publicació=Applied and Environmental Microbiology|nom5=W. F.|nom=R. J.|cognom5=Doolittle|nom4=C.|cognom4=Holmstrom|nom3=I.|cognom3=Dahllof|nom2=Y.|cognom2=Boucher|pmid=17071787}}</ref> 16S, <ref>{{Ref-publicació|cognom=Weisburg WG|cognom2=Barns SM|cognom3=Pelletier DA|cognom4=Lane DJ|publicació=Journal of Bacteriology|volum=173|exemplar=2|pàgines=697–703|doi=10.1128/jb.173.2.697-703.1991|pmid=1987160|pmc=207061|any=1991}}</ref> ''cpn60'', <ref name=":52">{{Ref-publicació|cognom=Links|volum=7|pmid=23189159|pmc=3506640|issn=1932-6203|doi=10.1371/journal.pone.0049755|pàgines=e49755|exemplar=11|publicació=PLOS ONE|nom=Matthew G.|data=2012-11-26|nom4=Janet E.|cognom4=Hill|nom3=Sean M.|cognom3=Hemmingsen|nom2=Tim J.|cognom2=Dumonceaux|bibcode=2012PLoSO...749755L}}</ref> ''tuf'', <ref>{{Ref-publicació|cognom=Makarova|publicació=PLOS ONE|pmid=23272216|pmc=3525539|issn=1932-6203|doi=10.1371/journal.pone.0052092|pàgines=e52092|exemplar=12|volum=7|data=2012-12-18|nom=Olga|nom5=Assunta|cognom5=Bertaccini|nom4=Geofrey|cognom4=Kawube|nom3=Samanta|cognom3=Paltrinieri|nom2=Nicoletta|cognom2=Contaldo|bibcode=2012PLoSO...752092M}}</ref> ''RIF'', <ref>{{Ref-publicació|cognom=Schneider|volum=6|pmid=21533033|pmc=3080875|issn=1932-6203|doi=10.1371/journal.pone.0018496|pàgines=e18496|exemplar=4|publicació=PLOS ONE|nom=Kevin L.|data=2011-04-21|nom4=Gernot G.|cognom4=Presting|nom3=Anne M.|cognom3=Alvarez|nom2=Glorimar|cognom2=Marrero|bibcode=2011PLoSO...618496S}}</ref> ''gnd'' <ref>{{Ref-publicació|cognom=Liu|nom=Lin|cognom2=Huang|nom2=Xiaolei|cognom3=Zhang|nom3=Ruiling|cognom4=Jiang|nom4=Liyun|cognom5=Qiao|nom5=Gexia|data=January 2013|publicació=Systematic Entomology|volum=38|exemplar=1|pàgines=81–92|doi=10.1111/j.1365-3113.2012.00647.x}}</ref>
|-
|Fongs
|''ITS'', <ref name="Schoch-eal-20122">{{Ref-publicació|cognom=Schoch|publicació=Proceedings of the National Academy of Sciences|pmid=22454494|pmc=3341068|issn=0027-8424|doi=10.1073/pnas.1117018109|pàgines=6241–6246|exemplar=16|volum=109|data=2012|nom=Conrad L.|nom5=John L.|cognom5=Spouge|nom4=Vincent|cognom4=Robert|nom3=Sabine|cognom3=Huhndorf|nom2=Keith A.|cognom2=Seifert|url=https://www.pnas.org/content/pnas/109/16/6241.full.pdf}}</ref> <ref>{{Ref-publicació|cognom=Gao|nom=Ruifang|cognom2=Zhang|nom2=Guiming|data=November 2013|publicació=Phytopathology|volum=103|exemplar=11|pàgines=1103–1107|doi=10.1094/PHYTO-12-12-0321-R|pmid=23718836|issn=0031-949X}}</ref> ''TEF1α'', <ref name="Stielow-eal-2015">{{Ref-publicació|cognom=Stielow|nom5=L.|pmid=26823635|doi=10.3767/003158515X689135|pàgines=242–263|volum=35|publicació=Persoonia|data=2015|cognom5=Irinyi|nom=J. B.|nom4=W.|cognom4=Meyer|nom3=K. A.|cognom3=Seifert|nom2=C. A.|cognom2=Lévesque|pmc=4713107}}</ref> <ref name="Meyer-eal-2018">{{Ref-publicació|cognom=Meyer|nom5=Dea|doi=10.1139/gen-2018-0083|pàgines=160–169|exemplar=3|volum=62|publicació=Genome|data=2018|cognom5=Garcia-Hermoso|nom=Wieland|nom4=Vincent|cognom4=Robert|nom3=Thuy Vi Hoang|cognom3=Minh|nom2=Laszlo|cognom2=Irinyi|pmid=30465691}}</ref> ''RPB1'' (LSU), ''RPB2'' (LSU), ''18S'' (SSU) <ref name=":72">{{Ref-publicació|cognom=Khaund|nom=Polashree|cognom2=Joshi|nom2=S.R.|data=October 2014|publicació=Gene|volum=550|exemplar=1|pàgines=123–130|doi=10.1016/j.gene.2014.08.027|pmid=25130907}}</ref>
|-
|Protistes
|''ITS'', <ref>{{Ref-publicació|cognom=Gile|nom=Gillian H.|cognom2=Stern|nom2=Rowena F.|cognom3=James|nom3=Erick R.|cognom4=Keeling|nom4=Patrick J.|data=August 2010|publicació=Journal of Phycology|volum=46|exemplar=4|pàgines=743–750|doi=10.1111/j.1529-8817.2010.00851.x}}</ref> ''COI'', <ref>{{Ref-publicació|cognom=Strüder-Kypke|nom=Michaela C.|cognom2=Lynn|nom2=Denis H.|data=2010-03-25|publicació=Systematics and Biodiversity|volum=8|exemplar=1|pàgines=131–148|doi=10.1080/14772000903507744|issn=1477-2000}}</ref> ''rbcL'', <ref name=":12">{{Ref-publicació|cognom=Hamsher|volum=8|pmid=24130665|pmc=3794052|issn=1932-6203|doi=10.1371/journal.pone.0073521|pàgines=e73521|exemplar=10|publicació=PLOS ONE|nom=Sarah E.|data=2013-10-09|nom4=Gary W.|cognom4=Saunders|nom3=Jennifer L.|cognom3=Martin|nom2=Murielle M.|cognom2=LeGresley|bibcode=2013PLoSO...873521H}}</ref> ''18S'', <ref>{{Ref-publicació|cognom=Kaczmarska|nom=Irena|cognom2=Ehrman|nom2=James Michael|cognom3=Moniz|nom3=Monica Barros Joyce|cognom4=Davidovich|nom4=Nikolai|data=September 2009|publicació=Phycologia|volum=48|exemplar=5|pàgines=391–403|doi=10.2216/08-74.1|issn=0031-8884}}</ref> ''28S'' <ref name=":12" />
|}

== Llibreries de referencia i bioinformàtica. ==
Les biblioteques de referència s’utilitzen per a la identificació taxonòmica, també anomenada anotació, de seqüències obtingudes a partir de codis de barres o metabarcoding. Aquestes bases de dades contenen els codis de barres d’ADN assignats a tàxons identificats prèviament. La majoria de biblioteques de referència no cobreixen totes les espècies d’un grup d’organismes i es creen contínuament noves entrades. En el cas de macro i molts microorganismes (com les algues), aquestes biblioteques de referència requereixen documentació detallada (lloc i data del mostreig, persona que la va recollir, imatge, etc.) i identificació taxonòmica autoritzada de l’espècimen de val, així com presentació de seqüències en un format concret. El procés també requereix l’emmagatzematge d’exemplars de vals en col·leccions de museus i altres institucions col·laboradores. Tant la cobertura taxonòmicament completa com la qualitat del contingut són importants per a la precisió de la identificació. <ref>{{Ref-publicació|cognom=Weigand|nom5=Zoltán|pmid=31077928|doi=10.1101/576553|pàgines=499–524|volum=678|publicació=bioRxiv|data=2019-03-14|cognom5=Csabai|nom=Hannah|nom4=Filipe O.|cognom4=Costa|nom3=Fedor|cognom3=Čiampor|nom2=Arne J.|cognom2=Beermann|bibcode=2019ScTEn.678..499W}}</ref> Existeixen diverses bases de dades de referència en funció del grup d'organismes i del marcador genètic utilitzat. Hi ha bases de dades nacionals més petites (per exemple, FinBOL), i grans consorcis com l'International Barcode of Life Project (iBOL). <ref>{{Citation|last=Rdmpage|title=International Barcode of Life project (iBOL)|url=http://www.gbif.org/dataset/040c5662-da76-4782-a48e-cdea1892d14c|doi=10.15468/inygc6|accessdate=2019-05-14}}</ref>

'''[http://v4.boldsystems.org/index.php/Public_BINSearch?searchtype=records BOLD]'''

Llançat el 2007, el [[Sistema de dades de codi de barres de vida|sistema de dades de codis de barres de la vida]] (BOLD) <ref>{{Ref-publicació|cognom=Ratnasingham|nom=Sujeevan|cognom2=Hebert|nom2=Paul D. N.|data=2007-01-24|publicació=Molecular Ecology Notes|volum=7|exemplar=3|pàgines=355–364|doi=10.1111/j.1471-8286.2007.01678.x|pmc=1890991|pmid=18784790}}</ref> és una de les bases de dades més grans, que conté més de 450.000 BIN (números de índex de codis de barras) el 2019. És un dipòsit de lliure accés per al registre de mostres i seqüències per a estudis de codis de barres, i també és un banc de treball que ajuda a la gestió, garantia de qualitat i anàlisi de dades de codis de barres. La base de dades conté principalment registres BIN per a animals basats en el marcador genètic COI.

'''[https://unite.ut.ee/ UNITE]'''

La base de dades UNITE <ref>{{Ref-publicació|cognom=Nilsson|data=2019-01-08|pmc=6324048|issn=0305-1048|doi=10.1093/nar/gky1022|pàgines=D259–D264|exemplar=D1|volum=47|publicació=Nucleic Acids Research|nom5=Thomas S.|nom=Rolf Henrik|cognom5=Jeppesen|nom4=Johan|cognom4=Bengtsson-Palme|nom3=Andy F. S.|cognom3=Taylor|nom2=Karl-Henrik|cognom2=Larsson|pmid=30371820}}</ref> va llançar el 2003 i és una base de dades de referència per a la identificació molecular d'espècies fúngiques amb la regió de marcadors genètics de l'espai intern transcrit (ITS). Aquesta base de dades es basa en el concepte d’hipòtesis d’espècies: trieu el % en què voleu treballar i les seqüències s'ordenen en comparació amb les seqüències obtingudes a partir d'exemplars de vals identificats per experts.

'''[https://www6.inra.fr/carrtel-collection/Barcoding-database Diat.barcode]'''

La base de dades Diat.barcode <ref>{{Ref-publicació|cognom=Rimet|nom=Frederic|cognom2=Gusev|nom2=Evgenuy|cognom3=Kahlert|nom3=Maria|cognom4=Kelly|nom4=Martyn|cognom5=Kulikovskiy|nom5=Maxim|data=2019-02-14|doi=10.15454/TOMBYZ}}</ref> es va publicar per primera vegada amb el nom de R-syst :: diatom <ref>{{Ref-publicació|cognom=Rimet|data=2016|pmc=4795936|issn=1758-0463|doi=10.1093/database/baw016|pàgines=baw016|volum=2016|publicació=Database|nom5=Valentin|nom=Frédéric|cognom5=Vasselon|nom4=Lenaïg|cognom4=Kermarrec|nom3=François|cognom3=Keck|nom2=Philippe|cognom2=Chaumeil|pmid=26989149}}</ref> el 2016, començant per dades de dues fonts: la col·lecció de cultura Thonon (TCC) a l’estació hidrobiològica de l’Institut Nacional de Recerca Agrària de França. (INRA) i de la base de dades de nucleòtids NCBI (National Center for Biotechnology Information). El codi de barres Diat proporciona dades per a dos marcadors genètics, ''rbc'' L (ribulosa-1,5-bisfosfat carboxilasa / oxigenasa) i 18S (ARN ribosòmic 18S). La base de dades també inclou informació addicional sobre trets d'espècies, com ara característiques morfològiques (biovolum, dimensions de mida, etc.), formes de vida (mobilitat, tipus de colònia, etc.) o característiques ecològiques (sensibilitat a la contaminació, etc.) ).

=== Anàlisis bioinformàtic ===
Per obtenir dades ben estructurades, netes i interpretables, cal processar les dades de seqüenciació en brut mitjançant anàlisi bioinformàtica. El fitxer [[Format FASTQ|FASTQ]] amb les dades de seqüenciació conté dos tipus d’informació: les seqüències detectades a la mostra (fitxer [[Format FASTA|FASTA]] ) i un fitxer de qualitat amb puntuacions de qualitat (puntuacions [[Puntuació de qualitat Phred|PHRED]] ) associades a cada nucleòtid de cada seqüència d’ADN. Les puntuacions PHRED indiquen la probabilitat amb què s’ha puntuat correctament el nucleòtid associat.

==== Nivell de qualitat PHRED i el nivell de certesa associat ====
{| class="wikitable"
|10
|90%
|-
|20
|99%
|-
|30
|99,9%
|-
|40
|99,99%
|-
|50
|99,999%
|}
En general, la puntuació PHRED disminueix cap al final de cada seqüència d'ADN. Per tant, algunes canonades de bioinformàtica simplement tallen l'extrem de les seqüències en un llindar definit.

Algunes tecnologies de seqüenciació, com ara MiSeq, utilitzen seqüenciacions de parell durant les quals la seqüenciació es realitza des de les dues direccions produint una millor qualitat. Les seqüències superposades s’alineaven en contigs i es fusionen. Normalment, diverses mostres s’agrupen en una sola tirada i cada mostra es caracteritza per un fragment d’ADN curt, l’etiqueta. En un pas de desmultiplexació, les seqüències s’ordenen mitjançant aquestes etiquetes per tornar a muntar les mostres separades. Abans d’anàlisis posteriors, s’eliminen les etiquetes i altres adaptadors de la seqüència de codis de barres del fragment d’ADN. Durant la retallada, s’eliminen les seqüències de mala qualitat (puntuacions PHRED baixes) o seqüències molt més curtes o més llargues que el codi de barres de l’ADN objectiu. El següent pas de desplicació és el procés en què totes les seqüències filtrades per la qualitat es col·lapsen en un conjunt de lectures úniques (unitats de seqüència individuals ISU) amb la informació de la seva abundància a les mostres. Després d'això, es detecten i s'eliminen quimeres (és a dir, seqüències compostes formades a partir de peces d'origen mixt). Finalment, les seqüències s’agrupen en OTU (Unitats Taxonòmiques Operatives), utilitzant una de les moltes estratègies d’agrupació. El programari bioinformàtic més utilitzat inclou Mothur, <ref>{{Ref-publicació|cognom=Schloss, Patrick D.|cognom2=Westcott, Sarah L.|cognom3=Ryabin, Thomas|cognom4=Hall, Justine R.|cognom5=Hartmann, Martin|publicació=Applied and Environmental Microbiology|any=2009|volum=75|exemplar=23|pàgines=7537–41|doi=10.1128/AEM.01541-09|pmid=19801464|pmc=2786419|oclc=780918718}}</ref> Uparse, <ref>{{Ref-publicació|cognom=Edgar|nom=Robert C|data=2013-08-18|publicació=Nature Methods|volum=10|exemplar=10|pàgines=996–998|doi=10.1038/nmeth.2604|pmid=23955772|issn=1548-7091}}</ref> Qiime, <ref>{{Ref-publicació|cognom=Caporaso|data=May 2010|pmc=3156573|issn=1548-7091|doi=10.1038/nmeth.f.303|pàgines=335–336|exemplar=5|volum=7|publicació=Nature Methods|nom5=Frederic D|nom=J Gregory|cognom5=Bushman|nom4=Kyle|cognom4=Bittinger|nom3=Jesse|cognom3=Stombaugh|nom2=Justin|cognom2=Kuczynski|pmid=20383131}}</ref> Galaxy, <ref>{{Ref-publicació|cognom=Afgan|data=2018-07-02|pmc=6030816|issn=0305-1048|doi=10.1093/nar/gky379|pàgines=W537–W544|exemplar=W1|volum=46|publicació=Nucleic Acids Research|nom5=Dave|nom=Enis|cognom5=Bouvier|nom4=Marius|cognom4=van den Beek|nom3=Bérénice|cognom3=Batut|nom2=Dannon|cognom2=Baker|pmid=29790989}}</ref> Obitools, <ref>{{Ref-publicació|cognom=Boyer|data=2015-05-26|pmid=25959493|doi=10.1111/1755-0998.12428|pàgines=176–182|exemplar=1|volum=16|publicació=Molecular Ecology Resources|nom5=Pierre|nom=Frédéric|cognom5=Taberlet|nom4=Yvan|cognom4=Le Bras|nom3=Aurélie|cognom3=Bonin|nom2=Céline|cognom2=Mercier|issn=1755-098X}}</ref> JAMP, <ref>{{Citation|url=https://github.com/VascoElbrecht/JAMP|accessdate=2019-05-14}}</ref> Barque, <ref>{{Citation|url=https://github.com/enormandeau/barque|accessdate=2020-01-21}}</ref> i DADA2. <ref>{{Ref-publicació|cognom=Callahan|data=July 2016|pmc=4927377|issn=1548-7091|doi=10.1038/nmeth.3869|pàgines=581–583|exemplar=7|volum=13|publicació=Nature Methods|nom5=Amy Jo A|nom=Benjamin J|cognom5=Johnson|nom4=Andrew W|cognom4=Han|nom3=Michael J|cognom3=Rosen|nom2=Paul J|cognom2=McMurdie|pmid=27214047}}</ref>

Comparar l’abundància de lectures, és a dir, seqüències, entre diferents mostres segueix sent un repte, ja que tant el nombre total de lectures d’una mostra com la quantitat relativa de lectures d’una espècie poden variar entre mostres, mètodes o altres variables. Per a la comparació, es pot reduir el nombre de lectures de cada mostra al nombre mínim de lectures de les mostres a comparar, un procés anomenat rarefacció. Una altra manera és utilitzar l’abundància relativa de lectures. <ref>{{Ref-publicació|publicació=PLOS Computational Biology|volum=10|exemplar=4|pàgines=e1003531|doi=10.1371/journal.pcbi.1003531|pmid=24699258|pmc=3974642|any=2014|cognom=McMurdie|nom=Paul J.|cognom2=Holmes|nom2=Susan|bibcode=2014PLSCB..10E3531M|arxiv=1310.0424}}</ref>

=== Identificació d'espècies i assignació taxonòmica ===
L’assignació taxonòmica de les OTU a les espècies s’aconsegueix fent coincidir seqüències amb biblioteques de referència. [[BLAST|L'eina bàsica de cerca d'alineació local (BLAST)]] s'utilitza habitualment per identificar regions de semblança entre seqüències comparant les lectures de seqüències de la mostra amb les seqüències de les bases de dades de referència. <ref>{{Ref-publicació|cognom=Valiente|nom=Gabriel|cognom2=Jansson|nom2=Jesper|cognom3=Clemente|nom3=Jose Carlos|cognom4=Alonso-Alemany|nom4=Daniel|data=2011-10-10|publicació=EMBnet.journal|volum=17|exemplar=2|pàgines=16–20|doi=10.14806/ej.17.2.237|issn=2226-6089}}</ref> Si la base de dades de referència conté seqüències de les espècies rellevants, les seqüències de mostra es poden identificar al nivell de les espècies. Si no es pot fer coincidir una seqüència amb una entrada de biblioteca de referència existent, es pot utilitzar el codi de barres d’ADN per crear una entrada nova.


En alguns casos, a causa de la incompletesa de les bases de dades de referència, la identificació només es pot aconseguir a nivells taxonòmics superiors, com ara l'assignació a una família o classe. En alguns grups d'organismes com els bacteris, sovint no és possible l'assignació taxonòmica al nivell de les espècies. En aquests casos, es pot assignar una mostra a una [[unitat taxonòmica operativa]] particular [[Unitat taxonòmica operativa|(OTU)]] .

== Aplicacions ==
Les aplicacions del codi de barres d’ADN inclouen identificació de noves [[Espècie|espècies]], avaluació de la seguretat dels aliments, identificació i avaluació d’espècies críptiques, detecció d’espècies exòtiques, identificació d’espècies en perill d’extinció i [[Espècie amenaçada|amenaçades]], <ref name=":10">{{Ref-publicació|cognom=Schnell|nom5=Lars R.D.|doi=10.1016/j.cub.2012.02.058|pàgines=R262–R263|exemplar=8|volum=22|publicació=Current Biology|data=April 2012|cognom5=Jensen|nom=Ida Bærholm|nom4=Morten|cognom4=Rasmussen|nom3=Nicholas|cognom3=Wilkinson|nom2=Philip Francis|cognom2=Thomsen|pmid=22537625}}</ref> vinculació de les etapes d’òvuls i larves a espècies adultes, garantia de drets de propietat intel·lectual per a recursos biològics, emmarcar plans globals de gestió d’estratègies de conservació i dilucidar nínxols d’alimentació. <ref>{{Ref-llibre|títol=DNA Barcoding in Marine Perspectives : Assessment and Conservation of Biodiversity.|cognom=Subrata.|nom=Trivedi|data=2016|editorial=Springer International Publishing|coautors=Ansari, Abid Ali., Ghosh, Sankar K., Rehman, Hasibur.|isbn=9783319418407|lloc=Cham|oclc=958384953}}</ref> Els marcadors de codis de barres d’ADN es poden aplicar per abordar qüestions bàsiques en sistemàtica, [[ecologia]], [[biologia evolutiva]] i [[Biologia de la conservació|conservació]], inclosos el muntatge comunitari, les xarxes d’ [[Interacció biològica|interacció d’espècies]], el descobriment taxonòmic i l’avaluació d’àrees prioritàries per a [[protecció mediambiental|la protecció del medi ambient]] .

=== Identificació d'espècies ===
Seqüències o marcadors d’ADN curts específics d’una regió estandarditzada del genoma poden proporcionar un codi de barres d’ADN per identificar espècies. <ref name=":1">{{Ref-publicació|cognom=Hebert|publicació=PLOS Biology|pmc=518999|issn=1545-7885|doi=10.1371/journal.pbio.0020312|pàgines=e312|exemplar=10|volum=2|data=October 2004|nom=Paul D. N.|nom4=Charles M.|cognom4=Francis|nom3=Tyler S.|cognom3=Zemlak|nom2=Mark Y.|cognom2=Stoeckle|pmid=15455034}}</ref> Els mètodes moleculars són especialment útils quan els mètodes tradicionals no són aplicables. La codificació de barres d'ADN té una gran aplicabilitat en la identificació de larves per a les quals hi ha generalment pocs caràcters diagnòstics disponibles, i en associació de diferents etapes de la vida (per exemple, larvals i adults) en molts animals. <ref>{{Ref-publicació|cognom=Costa|nom=Filipe O|cognom2=Carvalho|nom2=Gary R|data=December 2007|publicació=Genomics, Society and Policy|volum=3|exemplar=2|pàgines=29|doi=10.1186/1746-5354-3-2-29|issn=1746-5354|pmc=5425017}}</ref> En el seguiment del comerç il·legal s’utilitza la identificació d’espècies incloses en els [[CITES|apèndixs]] del Conveni del comerç internacional d’espècies en perill ( [[CITES]] ) mitjançant tècniques de codis de barres. <ref>{{Ref-publicació|cognom=Lahaye|data=2008-02-26|pmc=2268561|issn=0027-8424|doi=10.1073/pnas.0709936105|pàgines=2923–2928|exemplar=8|volum=105|publicació=Proceedings of the National Academy of Sciences|nom5=F.|nom=R.|cognom5=Pupulin|nom4=J.|cognom4=Warner|nom3=D.|cognom3=Bogarin|nom2=M.|cognom2=van der Bank|pmid=18258745}}</ref>

=== Detecció d'espècies invasives ===
Es poden detectar [[Espècie introduïda|espècies exòtiques]] mitjançant codis de barres. <ref name=":13">{{Ref-publicació|cognom=Xu|nom=Song-Zhi|cognom2=Li|nom2=Zhen-Yu|cognom3=Jin|nom3=Xiao-Hua|data=January 2018|publicació=Molecular Ecology Resources|volum=18|exemplar=1|pàgines=128–136|doi=10.1111/1755-0998.12715|pmid=28865184}}</ref> <ref>{{Ref-publicació|cognom=Liu|publicació=Scientific Reports|pmid=29192249|pmc=5709489|issn=2045-2322|doi=10.1038/s41598-017-16920-2|pàgines=16601|exemplar=1|volum=7|data=December 2017|nom=Junning|nom5=Ryan|cognom5=Chabarria|nom4=Luke|cognom4=Tornabene|nom3=Shuli|cognom3=Song|nom2=Jiamei|cognom2=Jiang|bibcode=2017NatSR...716601L}}</ref> El codi de barres pot ser adequat per a la detecció d'espècies, per exemple, en el control de fronteres, on la identificació morfològica ràpida i precisa sovint no és possible a causa de les similituds entre diferents espècies, la manca de característiques diagnòstiques suficients <ref name=":13" /> i / o la manca d'experiència taxonòmica. La codificació de barres i el metabarcoding també es poden utilitzar per a la detecció d’ [[Ecosistema|ecosistemes]] d’espècies invasores i per distingir entre una espècie invasora i una espècie autòctona, morfològicament similar. <ref>{{Ref-publicació|cognom=Nagoshi|nom=Rodney N.|cognom2=Brambila|nom2=Julieta|cognom3=Meagher|nom3=Robert L.|data=November 2011|publicació=Journal of Insect Science|volum=11|exemplar=154|pàgines=154|doi=10.1673/031.011.15401|issn=1536-2442|pmc=3391933|pmid=22239735}}</ref>

=== Delimitant espècies críptiques ===
La codificació de barres d’ADN permet la identificació i el reconeixement d’ [[Complex d'espècies|espècies críptiques]] . <ref>{{Ref-publicació|cognom=Thongtam na Ayudhaya|nom=Pradipunt|cognom2=Muangmai|nom2=Narongrit|cognom3=Banjongsat|nom3=Nuwadee|cognom4=Singchat|nom4=Worapong|cognom5=Janekitkarn|nom5=Sommai|data=June 2017|publicació=Agriculture and Natural Resources|volum=51|exemplar=3|pàgines=198–205|doi=10.1016/j.anres.2017.07.001}}</ref> Els resultats de les anàlisis de codis de barres d’ADN depenen, però, de l’elecció de mètodes analítics, de manera que el procés de delimitació d’espècies críptiques mitjançant codis de barres d’ADN pot ser tan subjectiu com qualsevol altra forma de [[taxonomia]] . Hebert et al. (2004) van concloure que la papallona ''Astraptes fulgerator'' al nord-oest de Costa Rica consta en realitat de 10 espècies diferents. <ref>{{Ref-publicació|cognom=Hebert|publicació=Proceedings of the National Academy of Sciences|pmid=15465915|pmc=522015|issn=0027-8424|doi=10.1073/pnas.0406166101|pàgines=14812–14817|exemplar=41|volum=101|data=2004-10-12|nom=P. D. N.|nom5=W.|cognom5=Hallwachs|nom4=D. H.|cognom4=Janzen|nom3=J. M.|cognom3=Burns|nom2=E. H.|cognom2=Penton|bibcode=2004PNAS..10114812H}}</ref> Aquests resultats, però, van ser desafiats posteriorment per Brower (2006), que va assenyalar nombrosos defectes greus en l'anàlisi i va concloure que les dades originals no podien donar suport més que la possibilitat de tres a set [[Tàxon|tàxons]] críptics en lloc de deu espècies críptiques. <ref>{{Ref-publicació|cognom=Brower|nom=Andrew V.Z.|data=June 2006|publicació=Systematics and Biodiversity|volum=4|exemplar=2|pàgines=127–132|doi=10.1017/S147720000500191X|issn=1477-2000}}</ref> Smith et al. (2007) van utilitzar codis de barres d’ADN de citocrom ''c'' oxidasa I per a la identificació d’espècies de les 20 ''morfospècies'' de ''mosques'' parasitoses de ''Belvosia'' ( [[Dípters|Diptera]] : [[Taquínids|Tachinidae]] ) criades d’erugues ( [[Lepidòpters|Lepidoptera]] ) a l’Àrea de Conservació Guanacaste (ACG), al nord-oest de Costa Rica. Aquests autors van descobrir que la codificació de barres fa augmentar el nombre d’espècies fins a 32, revelant que cadascuna de les tres espècies [[Parasitoide|parasitoides]], considerades anteriorment com a generalistes, en realitat són matrius d’espècies críptiques molt específiques de l’hoste. <ref>{{Ref-publicació|cognom=Smith|data=2006-03-07|pmc=1383497|issn=0027-8424|doi=10.1073/pnas.0511318103|pàgines=3657–3662|exemplar=10|volum=103|publicació=Proceedings of the National Academy of Sciences|nom5=P. D. N.|nom=M. A.|cognom5=Hebert|nom4=W.|cognom4=Hallwachs|nom3=D. H.|cognom3=Janzen|nom2=N. E.|cognom2=Woodley|pmid=16505365}}</ref> Per a 15 morfospècies de [[poliquets]] del [[bentos]] [[Regió antàrtica|antàrtic]] profund estudiats mitjançant codificació de barres d’ADN, es va trobar diversitat críptica en el 50% dels casos. A més, es van detectar 10 morfospècies ignorades anteriorment, cosa que va augmentar la [[Riquesa d’espècies|riquesa]] total d' [[Riquesa d’espècies|espècies]] de la mostra en un 233%


== Referències ==
== Referències ==

Revisió del 22:21, 18 des 2020

ADN barcoding és un mètode d'identificació d'espècies que utilitza una secció curta d'ADN d'un gen específic o gens. La premissa d'ADN barcoding és que, per comparació amb una biblioteca de referència de tals seccions d'ADN (també va cridar "seqüències"), una seqüència individual pot soler singularment identificar un organisme a espècie, de la mateixa manera que un escàner de supermercat utilitza les ratlles negres familiars de l'UPC barcode per identificar un element en el seu estoc contra la seva base de dades de referència.[1] Aquests "barcodes" és de vegades utilitzat en un esforç per identificar espècie desconeguda, parts d'un organisme, o senzillament per catalogar mentre molts taxa com possible, o per comparar amb taxonomia tradicional en un esforç per determinar fronteres d'espècie.

Regions de gen diferent solen identificar el diferent organismal agrupa utilitzar barcoding. El més generalment utilitzat barcode regió per animals i alguns protists és una porció del cytochrome c oxidase jo (COI o COX1) gen, trobat en ADN mitocondrial. Altres gens adequats per ADN barcoding és l'espaiador transcrit intern (EL SEU) rRNA sovint utilitzat per fongs i RuBisCO va utilitzar per plantes.[2][3] Els microorganismes són detectats utilitzant regions de gen diferent. El 16S rRNA el gen per exemple és àmpliament utilitzat dins identificació de prokaryotes, mentre que el 18S rRNA el gen és majoritàriament utilitzat per detectar microbià eukaryotes. Aquestes regions de gen són escollides perquè tenen menys intraespecífic (dins d'espècies) variació que interespecífic (entre espècies) variació, el qual és sabut com el "Barcoding Buit".[4]

Algunes aplicacions d'ADN barcoding inclou: identificant fulles de planta fins i tot quan les flors o les fruites no són disponibles; identificant el pol·len recollit en els cossos de pollinating animals; identificant larves d'insecte que poden tenir menys caràcters de diagnòstic que adults; o investigant la dieta d'un animal basat en el seu contingut d'estómac, saliva o femta.[5] Quan barcoding sol identificar organismes d'una mostra que conté ADN de més d'un organisme, l'ADN de terme metabarcoding és utilitzat, p. ex.[6][7] ADN metabarcoding de diatom comunitats en rius i corrents, el qual sol avalua qualitat d'aigua.[8]

Història

Les tècniques de codificació de barres d’ADN es van desenvolupar a partir del primer treball de seqüenciació d’ADN en comunitats microbianes mitjançant el gen 5S rRNA . [9] El 2003 es van proposar mètodes específics i terminologia de la codificació de barres d’ADN moderna com a mètode estandarditzat per identificar espècies, així com assignar seqüències desconegudes a tàxons superiors com ordres i filus, en un document de Paul DN Hebert et al. de la Universitat de Guelph, Ontario, Canadà . [10] Hebert i els seus col·legues van demostrar la utilitat del gen citocrom c oxidasa I (COI), utilitzat per primera vegada per Folmer et al. el 1994, utilitzant els primers ADN publicats com a eina per a anàlisis filogenètiques als nivells de les espècies [10] com a eina discriminatòria adequada entre els invertebrats metazoics. [11] La "regió de Folmer" del gen COI s'utilitza habitualment per distingir entre tàxons en funció dels seus patrons de variació a nivell d'ADN. La facilitat relativa de recuperar la seqüència i la variabilitat barrejada amb la conservació entre espècies són alguns dels beneficis del COI. Anomenant els perfils "codis de barres", Hebert et al. preveia el desenvolupament d'una base de dades COI que pogués servir de base per a un "sistema global de bioidentificació".

Metodologia

Mostreig i preservació

La codificació de barres es pot fer a partir de teixits d'un exemplar objectiu, d'una barreja d'organismes (mostra massiva) o d'ADN present en mostres ambientals (per exemple, aigua o sòl). Els mètodes de mostreig, conservació o anàlisi difereixen entre els diferents tipus de mostra.

Teixit i mostres

Per codificar una mostra de teixit de l’espècimen objectiu, és probable que sigui suficient un petit tros de pell, una bàscula, una pota o una antena (segons la mida de l’espècimen). Per evitar la contaminació, és necessari esterilitzar les eines usades entre mostres. Es recomana recollir dues mostres d'un exemplar, una per arxivar i una altra per al procés de codificació de barres. La preservació de les mostres és crucial per superar el problema de la degradació de l'ADN.

Mostres massives

Una mostra massiva és un tipus de mostra ambiental que conté diversos organismes del grup taxonòmic estudiat. La diferència entre mostres massives (en el sentit que s’utilitza aquí) i altres mostres ambientals és que la mostra massiva sol proporcionar una gran quantitat d’ADN de bona qualitat. [12] Alguns exemples de mostres massives inclouen mostres aquàtiques de macroinvertebrats recollides per kick-net o mostres d’insectes recollides amb una trampa de malestar. Les mostres d’aigua filtrades o fraccionades per mida que contenen organismes sencers com els eucariotes unicel·lulars també es defineixen de vegades com a mostres massives. Aquestes mostres es poden recollir mitjançant les mateixes tècniques que s’utilitzen per obtenir mostres tradicionals per a la identificació basada en la morfologia.

eDNA samples

El mètode ADN ambiental (eDNA) és un enfocament no invasiu per detectar i identificar espècies de restes cel·lulars o ADN extracel·lular presents en mostres ambientals (per exemple, aigua o sòl) mitjançant codificació de barres o metabarcoding. L’enfocament es basa en el fet que tots els organismes vius deixen ADN al medi ambient, i aquest ADN ambiental es pot detectar fins i tot en organismes amb una abundància molt baixa. Per tant, per al mostreig de camp, la part més crucial és utilitzar material i eines lliures d’ADN a cada lloc o mostra de mostreig per evitar la contaminació, si és probable que l’ADN dels organismes objectiu estigui present en quantitats baixes. D'altra banda, una mostra d'ADNc sempre inclou l'ADN de microorganismes vius de cèl·lules senceres, que solen estar presents en grans quantitats. Per tant, les mostres de microorganismes preses al medi natural també s’anomenen mostres d’ADNd, però la contaminació és menys problemàtica en aquest context a causa de la gran quantitat d’organismes objectiu. El mètode eDNA s’aplica a la majoria de tipus de mostres, com aigua, sediments, sòl, femta d’animals, contingut estomacal o sang provinent de sangoneres. [13]

Extracció, amplificació i secuenciació d'ADN

La codificació de barres d’ADN requereix que s’extreu l’ADN de la mostra. Existeixen diversos mètodes d’ extracció d’ADN diferents, i factors com el cost, el temps, el tipus de mostra i el rendiment afecten la selecció del mètode òptim.

Quan l'ADN de mostres organiques o eDNA s'amplifica mitjançant la reacció en cadena de la polimerasa (PCR), la reacció es pot veure afectada negativament per les molècules inhibidores que conté la mostra. [14] L’eliminació d’aquests inhibidors és crucial per garantir que l’ADN d’alta qualitat estigui disponible per analitzar-lo posteriorment.

L’amplificació de l’ADN extret és un pas obligatori en la codificació de barres de l’ADN. Normalment, només se secuencia un petit fragment del material total de l'ADN (típicament entre 400 i 800 parells de bases ) [15] per obtenir el codi de barres de l'ADN. L’amplificació del material eADN se sol centrar en mides de fragments més petits (<200 parells de bases), ja que és més probable que l’ADNm es fragmenti que el material d’ADN d’altres fonts. No obstant això, alguns estudis argumenten que no hi ha cap relació entre la mida de l'amplicó i la taxa de detecció de l'ADNe. [16] [17]

Quan s'ha amplificat la regió de marcador de codi de barres d'ADN, el següent pas és seqüenciar la regió de marcador mitjançant mètodes de seqüenciació d'ADN . [18] Hi ha disponibles moltes plataformes de seqüenciació diferents, i el desenvolupament tècnic està avançant ràpidament.

Selecció del marker

Els marcadors que s’utilitzen per a la codificació de barres d’ADN s’anomenen codis de barres. Per tal de caracteritzar amb èxit les espècies basades en codis de barres d’ADN, és crucial la selecció de regions informatives d’ADN. Un bon codi de barres d’ADN hauria de tenir una variabilitat intraespecífica alta i interespecífica elevada [19] i posseir llocs de flanqueig conservats per al desenvolupament de primers PCR universals per a una àmplia aplicació taxonòmica . L’objectiu és dissenyar primers que detectin i distingeixin la majoria o totes les espècies del grup d’organismes estudiats (alta resolució taxonòmica). La longitud de la seqüència de codis de barres hauria de ser prou curta com per utilitzar-la amb la font de mostreig actual, l'extracció d'ADN, l' amplificació i els mètodes de seqüenciació . [20]

L’ideal seria que s’utilitzés una seqüència de gens per a tots els grups taxonòmics, des de virus fins a plantes i animals . Tot i això, encara no s’ha trobat cap regió gènica d’aquest tipus, de manera que s’utilitzen codis de barres diferents per a diferents grups d’organismes, [21] o segons la qüestió de l’estudi.

Per als animals, el codi de barres més utilitzat és el locus del citocrom C oxidasa I ( COI ) mitocondrial . [22] També s’utilitzen altres gens mitocondrials, com Cytb, 12S o 18S . Els gens mitocondrials es prefereixen als gens nuclears a causa de la seva manca d’ introns, el seu mode d’ herència haploide i la seva recombinació limitada. [22] [23] A més, cada cèl·lula té diversos mitocondris (fins a diversos milers) i cadascuna d’elles conté diverses molècules d’ ADN circulars . Per tant, els mitocondris poden oferir una font abundant d’ADN fins i tot quan el teixit mostral és limitat.

En les plantes, però, els gens mitocondrials no són adequats per a la codificació de barres de l’ADN perquè presenten taxes de mutació baixes . [24] S'han trobat alguns gens candidats al genoma del cloroplast, el més prometedor és el gen de la maturasa K ( matK ) per si mateix o en associació amb altres gens. Per a la identificació d'espècies també s'han utilitzat marcadors multi- locus, com ara separadors de transcripció interna ribosòmica (ITS DNA) juntament amb matK, rbcL, trnH o altres gens. [25] S'ha aconseguit la millor discriminació entre espècies de plantes quan s'utilitzen dos o més codis de barres de cloroplast. [26]

Per als bacteris, la petita subunitat del gen de l'ARN ribosomal ( 16S ) es pot utilitzar per a diferents tàxons, ja que es conserva molt. [27] Alguns estudis suggereixen que la COI, [28] xaperonina tipus II ( cpn60 ) [29] o la subunitat β de l' ARN polimerasa ( rpoB ) [30] també podrien servir de codis de barres d'ADN bacterians.

Els fongs de codis de barres són més difícils i és possible que sigui necessària més d’una combinació d’imprimació. [31] El marcador COI té un bon rendiment en certs grups de fongs, [32] però no igual de bo en altres. [33] Per tant, s’estan utilitzant marcadors addicionals, com ara ITS rDNA i la gran subunitat de l’RNA ribosomal nuclear (LSU). [34]

Dins del grup de protistes, s’han proposat diversos codis de barres, com ara les regions D1 – D2 o D2 – D3 de 28S rDNA, subregió V4 del gen 18S rRNA, ITS rDNA i COI . A més, es poden utilitzar alguns codis de barres específics per a protistes fotosintètics, per exemple, la gran subunitat del gen ribulosa-1,5-bisfosfat carboxilasa-oxigenasa ( rbcL ) i el gen cloroplàstic 23S rRNA . [35]

Marcadors que s’han utilitzat per codificar barres d’ADN en diferents grups d’organismes, modificats a partir de Purty i Chatterjee. [36]

Grup d’organismes Gen / locus marcador
Animals COI, [37] Cytb, [38] 12S, [39] 16S [40]
Les plantes matK, [41] rbcL, [42] psbA-trnH, [43] ITS [44]
Bacteris COI, [45] rpoB, [46] 16S, [47] cpn60, [48] tuf, [49] RIF, [50] gnd [51]
Fongs ITS, [52] [53] TEF1α, [54] [55] RPB1 (LSU), RPB2 (LSU), 18S (SSU) [56]
Protistes ITS, [57] COI, [58] rbcL, [59] 18S, [60] 28S [59]

Llibreries de referencia i bioinformàtica.

Les biblioteques de referència s’utilitzen per a la identificació taxonòmica, també anomenada anotació, de seqüències obtingudes a partir de codis de barres o metabarcoding. Aquestes bases de dades contenen els codis de barres d’ADN assignats a tàxons identificats prèviament. La majoria de biblioteques de referència no cobreixen totes les espècies d’un grup d’organismes i es creen contínuament noves entrades. En el cas de macro i molts microorganismes (com les algues), aquestes biblioteques de referència requereixen documentació detallada (lloc i data del mostreig, persona que la va recollir, imatge, etc.) i identificació taxonòmica autoritzada de l’espècimen de val, així com presentació de seqüències en un format concret. El procés també requereix l’emmagatzematge d’exemplars de vals en col·leccions de museus i altres institucions col·laboradores. Tant la cobertura taxonòmicament completa com la qualitat del contingut són importants per a la precisió de la identificació. [61] Existeixen diverses bases de dades de referència en funció del grup d'organismes i del marcador genètic utilitzat. Hi ha bases de dades nacionals més petites (per exemple, FinBOL), i grans consorcis com l'International Barcode of Life Project (iBOL). [62]

BOLD

Llançat el 2007, el sistema de dades de codis de barres de la vida (BOLD) [63] és una de les bases de dades més grans, que conté més de 450.000 BIN (números de índex de codis de barras) el 2019. És un dipòsit de lliure accés per al registre de mostres i seqüències per a estudis de codis de barres, i també és un banc de treball que ajuda a la gestió, garantia de qualitat i anàlisi de dades de codis de barres. La base de dades conté principalment registres BIN per a animals basats en el marcador genètic COI.

UNITE

La base de dades UNITE [64] va llançar el 2003 i és una base de dades de referència per a la identificació molecular d'espècies fúngiques amb la regió de marcadors genètics de l'espai intern transcrit (ITS). Aquesta base de dades es basa en el concepte d’hipòtesis d’espècies: trieu el % en què voleu treballar i les seqüències s'ordenen en comparació amb les seqüències obtingudes a partir d'exemplars de vals identificats per experts.

Diat.barcode

La base de dades Diat.barcode [65] es va publicar per primera vegada amb el nom de R-syst :: diatom [66] el 2016, començant per dades de dues fonts: la col·lecció de cultura Thonon (TCC) a l’estació hidrobiològica de l’Institut Nacional de Recerca Agrària de França. (INRA) i de la base de dades de nucleòtids NCBI (National Center for Biotechnology Information). El codi de barres Diat proporciona dades per a dos marcadors genètics, rbc L (ribulosa-1,5-bisfosfat carboxilasa / oxigenasa) i 18S (ARN ribosòmic 18S). La base de dades també inclou informació addicional sobre trets d'espècies, com ara característiques morfològiques (biovolum, dimensions de mida, etc.), formes de vida (mobilitat, tipus de colònia, etc.) o característiques ecològiques (sensibilitat a la contaminació, etc.) ).

Anàlisis bioinformàtic

Per obtenir dades ben estructurades, netes i interpretables, cal processar les dades de seqüenciació en brut mitjançant anàlisi bioinformàtica. El fitxer FASTQ amb les dades de seqüenciació conté dos tipus d’informació: les seqüències detectades a la mostra (fitxer FASTA ) i un fitxer de qualitat amb puntuacions de qualitat (puntuacions PHRED ) associades a cada nucleòtid de cada seqüència d’ADN. Les puntuacions PHRED indiquen la probabilitat amb què s’ha puntuat correctament el nucleòtid associat.

Nivell de qualitat PHRED i el nivell de certesa associat

10 90%
20 99%
30 99,9%
40 99,99%
50 99,999%

En general, la puntuació PHRED disminueix cap al final de cada seqüència d'ADN. Per tant, algunes canonades de bioinformàtica simplement tallen l'extrem de les seqüències en un llindar definit.

Algunes tecnologies de seqüenciació, com ara MiSeq, utilitzen seqüenciacions de parell durant les quals la seqüenciació es realitza des de les dues direccions produint una millor qualitat. Les seqüències superposades s’alineaven en contigs i es fusionen. Normalment, diverses mostres s’agrupen en una sola tirada i cada mostra es caracteritza per un fragment d’ADN curt, l’etiqueta. En un pas de desmultiplexació, les seqüències s’ordenen mitjançant aquestes etiquetes per tornar a muntar les mostres separades. Abans d’anàlisis posteriors, s’eliminen les etiquetes i altres adaptadors de la seqüència de codis de barres del fragment d’ADN. Durant la retallada, s’eliminen les seqüències de mala qualitat (puntuacions PHRED baixes) o seqüències molt més curtes o més llargues que el codi de barres de l’ADN objectiu. El següent pas de desplicació és el procés en què totes les seqüències filtrades per la qualitat es col·lapsen en un conjunt de lectures úniques (unitats de seqüència individuals ISU) amb la informació de la seva abundància a les mostres. Després d'això, es detecten i s'eliminen quimeres (és a dir, seqüències compostes formades a partir de peces d'origen mixt). Finalment, les seqüències s’agrupen en OTU (Unitats Taxonòmiques Operatives), utilitzant una de les moltes estratègies d’agrupació. El programari bioinformàtic més utilitzat inclou Mothur, [67] Uparse, [68] Qiime, [69] Galaxy, [70] Obitools, [71] JAMP, [72] Barque, [73] i DADA2. [74]

Comparar l’abundància de lectures, és a dir, seqüències, entre diferents mostres segueix sent un repte, ja que tant el nombre total de lectures d’una mostra com la quantitat relativa de lectures d’una espècie poden variar entre mostres, mètodes o altres variables. Per a la comparació, es pot reduir el nombre de lectures de cada mostra al nombre mínim de lectures de les mostres a comparar, un procés anomenat rarefacció. Una altra manera és utilitzar l’abundància relativa de lectures. [75]

Identificació d'espècies i assignació taxonòmica

L’assignació taxonòmica de les OTU a les espècies s’aconsegueix fent coincidir seqüències amb biblioteques de referència. L'eina bàsica de cerca d'alineació local (BLAST) s'utilitza habitualment per identificar regions de semblança entre seqüències comparant les lectures de seqüències de la mostra amb les seqüències de les bases de dades de referència. [76] Si la base de dades de referència conté seqüències de les espècies rellevants, les seqüències de mostra es poden identificar al nivell de les espècies. Si no es pot fer coincidir una seqüència amb una entrada de biblioteca de referència existent, es pot utilitzar el codi de barres d’ADN per crear una entrada nova.


En alguns casos, a causa de la incompletesa de les bases de dades de referència, la identificació només es pot aconseguir a nivells taxonòmics superiors, com ara l'assignació a una família o classe. En alguns grups d'organismes com els bacteris, sovint no és possible l'assignació taxonòmica al nivell de les espècies. En aquests casos, es pot assignar una mostra a una unitat taxonòmica operativa particular (OTU) .

Aplicacions

Les aplicacions del codi de barres d’ADN inclouen identificació de noves espècies, avaluació de la seguretat dels aliments, identificació i avaluació d’espècies críptiques, detecció d’espècies exòtiques, identificació d’espècies en perill d’extinció i amenaçades, [77] vinculació de les etapes d’òvuls i larves a espècies adultes, garantia de drets de propietat intel·lectual per a recursos biològics, emmarcar plans globals de gestió d’estratègies de conservació i dilucidar nínxols d’alimentació. [78] Els marcadors de codis de barres d’ADN es poden aplicar per abordar qüestions bàsiques en sistemàtica, ecologia, biologia evolutiva i conservació, inclosos el muntatge comunitari, les xarxes d’ interacció d’espècies, el descobriment taxonòmic i l’avaluació d’àrees prioritàries per a la protecció del medi ambient .

Identificació d'espècies

Seqüències o marcadors d’ADN curts específics d’una regió estandarditzada del genoma poden proporcionar un codi de barres d’ADN per identificar espècies. [79] Els mètodes moleculars són especialment útils quan els mètodes tradicionals no són aplicables. La codificació de barres d'ADN té una gran aplicabilitat en la identificació de larves per a les quals hi ha generalment pocs caràcters diagnòstics disponibles, i en associació de diferents etapes de la vida (per exemple, larvals i adults) en molts animals. [80] En el seguiment del comerç il·legal s’utilitza la identificació d’espècies incloses en els apèndixs del Conveni del comerç internacional d’espècies en perill ( CITES ) mitjançant tècniques de codis de barres. [81]

Detecció d'espècies invasives

Es poden detectar espècies exòtiques mitjançant codis de barres. [82] [83] El codi de barres pot ser adequat per a la detecció d'espècies, per exemple, en el control de fronteres, on la identificació morfològica ràpida i precisa sovint no és possible a causa de les similituds entre diferents espècies, la manca de característiques diagnòstiques suficients [82] i / o la manca d'experiència taxonòmica. La codificació de barres i el metabarcoding també es poden utilitzar per a la detecció d’ ecosistemes d’espècies invasores i per distingir entre una espècie invasora i una espècie autòctona, morfològicament similar. [84]

Delimitant espècies críptiques

La codificació de barres d’ADN permet la identificació i el reconeixement d’ espècies críptiques . [85] Els resultats de les anàlisis de codis de barres d’ADN depenen, però, de l’elecció de mètodes analítics, de manera que el procés de delimitació d’espècies críptiques mitjançant codis de barres d’ADN pot ser tan subjectiu com qualsevol altra forma de taxonomia . Hebert et al. (2004) van concloure que la papallona Astraptes fulgerator al nord-oest de Costa Rica consta en realitat de 10 espècies diferents. [86] Aquests resultats, però, van ser desafiats posteriorment per Brower (2006), que va assenyalar nombrosos defectes greus en l'anàlisi i va concloure que les dades originals no podien donar suport més que la possibilitat de tres a set tàxons críptics en lloc de deu espècies críptiques. [87] Smith et al. (2007) van utilitzar codis de barres d’ADN de citocrom c oxidasa I per a la identificació d’espècies de les 20 morfospècies de mosques parasitoses de Belvosia ( Diptera : Tachinidae ) criades d’erugues ( Lepidoptera ) a l’Àrea de Conservació Guanacaste (ACG), al nord-oest de Costa Rica. Aquests autors van descobrir que la codificació de barres fa augmentar el nombre d’espècies fins a 32, revelant que cadascuna de les tres espècies parasitoides, considerades anteriorment com a generalistes, en realitat són matrius d’espècies críptiques molt específiques de l’hoste. [88] Per a 15 morfospècies de poliquets del bentos antàrtic profund estudiats mitjançant codificació de barres d’ADN, es va trobar diversitat críptica en el 50% dels casos. A més, es van detectar 10 morfospècies ignorades anteriorment, cosa que va augmentar la riquesa total d' espècies de la mostra en un 233%

Referències

  1. ↑ «What is DNA Barcoding?». iBOL. [Consulta: 26 març 2019].
  2. ↑ Schoch, Conrad L.; Seifert, Keith A.; Huhndorf, Sabine; Robert, Vincent; Spouge, John L. Proceedings of the National Academy of Sciences, 109, 16, 2012, pàg. 6241–6246. DOI: 10.1073/pnas.1117018109. ISSN: 0027-8424. PMC: 3341068. PMID: 22454494.
  3. ↑ CBOL Plant Working Group; Hollingsworth, P. M.; Forrest, L. L.; Spouge, J. L.; Hajibabaei, M. Proceedings of the National Academy of Sciences, 106, 31, 04-08-2009, pàg. 12794–12797. Bibcode: 2009PNAS..10612794H. DOI: 10.1073/pnas.0905845106. ISSN: 0027-8424. PMC: 2722355. PMID: 19666622.
  4. ↑ Paulay, Gustav; Meyer, Christopher P. PLOS Biology, 3, 12, 29-11-2005, pàg. e422. DOI: 10.1371/journal.pbio.0030422. ISSN: 1545-7885. PMC: 1287506. PMID: 16336051.
  5. ↑ Soininen, Eeva M; Valentini, Alice; Coissac, Eric; Miquel, Christian; Gielly, Ludovic Frontiers in Zoology, 6, 1, 2009, pàg. 16. DOI: 10.1186/1742-9994-6-16. ISSN: 1742-9994. PMC: 2736939. PMID: 19695081.
  6. ↑ Creer, Simon; Deiner, Kristy; Frey, Serita; Porazinska, Dorota; Taberlet, Pierre Methods in Ecology and Evolution, 7, 9, 2016, pàg. 1008–1018. DOI: 10.1111/2041-210X.12574.
  7. ↑ Advances in Ecological Research, 58, January 2018, pàg. 63–99. DOI: 10.1016/bs.aecr.2018.01.001.
  8. ↑ Vasselon, Valentin; Rimet, Frédéric; Tapolczai, Kálmán; Bouchez, Agnès Ecological Indicators, 82, 2017, pàg. 1–12. DOI: 10.1016/j.ecolind.2017.06.024. ISSN: 1470-160X.
  9. ↑ Woese, Carl R.; Kandler, Otto; Wheelis, Mark L. Proceedings of the National Academy of Sciences, 87, 12, 1990, pàg. 4576–4579. Bibcode: 1990PNAS...87.4576W. DOI: 10.1073/pnas.87.12.4576. OCLC: 678728346. PMC: 54159. PMID: 2112744.
  10. ↑ 10,0 10,1 Hebert, Paul D. N.; Cywinska, Alina; Ball, Shelley L.; deWaard, Jeremy R. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 270, 1512, 07-02-2003, pàg. 313–321. DOI: 10.1098/rspb.2002.2218. ISSN: 1471-2954. PMC: 1691236. PMID: 12614582.
  11. ↑ Folmer, O.; Black, M.; Hoeh, W.; Lutz, R.; Vrijenhoek, R. Molecular Marine Biology and Biotechnology, 3, 5, October 1994, pàg. 294–299. ISSN: 1053-6426. PMID: 7881515.
  12. ↑ Pierre, Taberlet; Bonin, Aurelie, 1979-. Environmental DNA : for biodiversity research and monitoring, 2018-02-02. ISBN 9780191079993. OCLC 1021883023. 
  13. ↑ Jelger Herder; A. Valentini & E. Bellemain et al. (2014), Environmental DNA - a review of the possible applications for the detection of (invasive) species., RAVON, DOI 10.13140/rg.2.1.4002.1208
  14. ↑ Schrader, C.; Schielke, A.; Ellerbroek, L.; Johne, R. Journal of Applied Microbiology, 113, 5, 2012, pàg. 1014–1026. DOI: 10.1111/j.1365-2672.2012.05384.x. ISSN: 1365-2672. PMID: 22747964.
  15. ↑ Savolainen, Vincent; Cowan, Robyn S; Vogler, Alfried P; Roderick, George K; Lane, Richard Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 360, 1462, 29-10-2005, pàg. 1805–1811. DOI: 10.1098/rstb.2005.1730. ISSN: 0962-8436. PMC: 1609222. PMID: 16214739.
  16. ↑ Piggott, Maxine P. Ecology and Evolution, 6, 9, 2016, pàg. 2739–2750. DOI: 10.1002/ece3.2083. ISSN: 2045-7758. PMC: 4798829. PMID: 27066248.
  17. ↑ Ma, Hongjuan; Stewart, Kathryn; Lougheed, Stephen; Zheng, Jinsong; Wang, Yuxiang Conservation Genetics Resources, 8, 4, 2016, pàg. 561–568. DOI: 10.1007/s12686-016-0597-9. ISSN: 1877-7252.
  18. ↑ D’Amore, Rosalinda; Ijaz, Umer Zeeshan; Schirmer, Melanie; Kenny, John G.; Gregory, Richard BMC Genomics, 17, 1, 14-01-2016, pàg. 55. DOI: 10.1186/s12864-015-2194-9. ISSN: 1471-2164. PMC: 4712552. PMID: 26763898.
  19. ↑ Hebert, Paul D. N.; Cywinska, Alina; Ball, Shelley L.; deWaard, Jeremy R. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 270, 1512, 07-02-2003, pàg. 313–321. DOI: 10.1098/rspb.2002.2218. ISSN: 1471-2954. PMC: 1691236. PMID: 12614582.
  20. ↑ Kress, W. J.; Erickson, D. L. Proceedings of the National Academy of Sciences, 105, 8, 26-02-2008, pàg. 2761–2762. Bibcode: 2008PNAS..105.2761K. DOI: 10.1073/pnas.0800476105. ISSN: 0027-8424. PMC: 2268532. PMID: 18287050.
  21. ↑ Purty RS, Chatterjee S Austin Journal of Biotechnology & Bioengineering, 3, 1, pàg. 1059.
  22. ↑ 22,0 22,1 Hebert, Paul D.N.; Ratnasingham, Sujeevan; de Waard, Jeremy R. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 270, suppl_1, 07-08-2003, pàg. S96-9. DOI: 10.1098/rsbl.2003.0025. ISSN: 1471-2954. PMC: 1698023. PMID: 12952648.
  23. ↑ Blaxter, Mark L. Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 359, 1444, 29-04-2004, pàg. 669–679. DOI: 10.1098/rstb.2003.1447. ISSN: 1471-2970. PMC: 1693355. PMID: 15253352.
  24. ↑ Fazekas, Aron J.; Burgess, Kevin S.; Kesanakurti, Prasad R.; Graham, Sean W.; Newmaster, Steven G. PLOS ONE, 3, 7, 30-07-2008, pàg. e2802. Bibcode: 2008PLoSO...3.2802F. DOI: 10.1371/journal.pone.0002802. ISSN: 1932-6203. PMC: 2475660. PMID: 18665273.
  25. ↑ Purty RS, Chatterjee S Austin Journal of Biotechnology & Bioengineering, 3, 1, pàg. 1059.
  26. ↑ Kress, W. John; Erickson, David L. PLOS ONE, 2, 6, 06-06-2007, pàg. e508. Bibcode: 2007PLoSO...2..508K. DOI: 10.1371/journal.pone.0000508. ISSN: 1932-6203. PMC: 1876818. PMID: 17551588.
  27. ↑ Janda, J. M.; Abbott, S. L. Journal of Clinical Microbiology, 45, 9, 01-09-2007, pàg. 2761–2764. DOI: 10.1128/JCM.01228-07. ISSN: 0095-1137. PMC: 2045242. PMID: 17626177.
  28. ↑ Smith, M. Alex; Bertrand, Claudia; Crosby, Kate; Eveleigh, Eldon S.; Fernandez-Triana, Jose PLOS ONE, 7, 5, 02-05-2012, pàg. e36514. Bibcode: 2012PLoSO...736514S. DOI: 10.1371/journal.pone.0036514. ISSN: 1932-6203. PMC: 3342236. PMID: 22567162.
  29. ↑ Links, Matthew G.; Dumonceaux, Tim J.; Hemmingsen, Sean M.; Hill, Janet E. PLOS ONE, 7, 11, 26-11-2012, pàg. e49755. Bibcode: 2012PLoSO...749755L. DOI: 10.1371/journal.pone.0049755. ISSN: 1932-6203. PMC: 3506640. PMID: 23189159.
  30. ↑ Case, R. J.; Boucher, Y.; Dahllof, I.; Holmstrom, C.; Doolittle, W. F. Applied and Environmental Microbiology, 73, 1, 01-01-2007, pàg. 278–288. DOI: 10.1128/AEM.01177-06. ISSN: 0099-2240. PMC: 1797146. PMID: 17071787.
  31. ↑ Bellemain, Eva; Carlsen, Tor; Brochmann, Christian; Coissac, Eric; Taberlet, Pierre BMC Microbiology, 10, 1, 2010, pàg. 189. DOI: 10.1186/1471-2180-10-189. ISSN: 1471-2180. PMC: 2909996. PMID: 20618939.
  32. ↑ Seifert, K. A.; Samson, R. A.; deWaard, J. R.; Houbraken, J.; Levesque, C. A. Proceedings of the National Academy of Sciences, 104, 10, 06-03-2007, pàg. 3901–3906. DOI: 10.1073/pnas.0611691104. ISSN: 0027-8424. PMC: 1805696. PMID: 17360450.
  33. ↑ Dentinger, Bryn T. M.; Didukh, Maryna Y.; Moncalvo, Jean-Marc PLOS ONE, 6, 9, 22-09-2011, pàg. e25081. Bibcode: 2011PLoSO...625081D. DOI: 10.1371/journal.pone.0025081. ISSN: 1932-6203. PMC: 3178597. PMID: 21966418.
  34. ↑ Khaund, Polashree; Joshi, S.R. Gene, 550, 1, October 2014, pàg. 123–130. DOI: 10.1016/j.gene.2014.08.027. PMID: 25130907.
  35. ↑ Purty RS, Chatterjee S Austin Journal of Biotechnology & Bioengineering, 3, 1, pàg. 1059.
  36. ↑ Purty RS, Chatterjee S Austin Journal of Biotechnology & Bioengineering, 3, 1, pàg. 1059.
  37. ↑ Lobo, Jorge; Costa, Pedro M; Teixeira, Marcos AL; Ferreira, Maria SG; Costa, Maria H BMC Ecology, 13, 1, 2013, pàg. 34. DOI: 10.1186/1472-6785-13-34. ISSN: 1472-6785. PMC: 3846737. PMID: 24020880.
  38. ↑ Yacoub, Haitham A.; Fathi, Moataz M.; Sadek, Mahmoud A. Mitochondrial DNA, 26, 2, 04-03-2015, pàg. 217–223. DOI: 10.3109/19401736.2013.825771. ISSN: 1940-1736. PMID: 24020964.
  39. ↑ Siddappa, Chandra Mohan; Saini, Mohini; Das, Asit; Doreswamy, Ramesh; Sharma, Anil K. Molecular Biology International, 2013, 2013, pàg. 783925. DOI: 10.1155/2013/783925. ISSN: 2090-2182. PMC: 3885226. PMID: 24455258.
  40. ↑ Vences, Miguel; Thomas, Meike; van der Meijden, Arie; Chiari, Ylenia; Vieites, David R. Frontiers in Zoology, 2, 1, 16-03-2005, pàg. 5. DOI: 10.1186/1742-9994-2-5. ISSN: 1742-9994. PMC: 555853. PMID: 15771783.
  41. ↑ Chen, Shilin; Yao, Hui; Han, Jianping; Liu, Chang; Song, Jingyuan PLOS ONE, 5, 1, 07-01-2010, pàg. e8613. Bibcode: 2010PLoSO...5.8613C. DOI: 10.1371/journal.pone.0008613. ISSN: 1932-6203. PMC: 2799520. PMID: 20062805.
  42. ↑ Theodoridis, Spyros; Stefanaki, Anastasia; Tezcan, Meltem; Aki, Cuneyt; Kokkini, Stella Molecular Ecology Resources, 12, 4, July 2012, pàg. 620–633. DOI: 10.1111/j.1755-0998.2012.03129.x. PMID: 22394710.
  43. ↑ Yang, Ying; Zhai, Yanhong; Liu, Tao; Zhang, Fangming; Ji, Yunheng Planta Medica, 77, 1, January 2011, pàg. 87–91. DOI: 10.1055/s-0030-1250072. ISSN: 0032-0943. PMID: 20597045.
  44. ↑ Gao, Ting; Yao, Hui; Song, Jingyuan; Liu, Chang; Zhu, Yingjie Journal of Ethnopharmacology, 130, 1, July 2010, pàg. 116–121. DOI: 10.1016/j.jep.2010.04.026. PMID: 20435122.
  45. ↑ Smith, M. Alex; Bertrand, Claudia; Crosby, Kate; Eveleigh, Eldon S.; Fernandez-Triana, Jose PLOS ONE, 7, 5, 02-05-2012, pàg. e36514. Bibcode: 2012PLoSO...736514S. DOI: 10.1371/journal.pone.0036514. ISSN: 1932-6203. PMC: 3342236. PMID: 22567162.
  46. ↑ Case, R. J.; Boucher, Y.; Dahllof, I.; Holmstrom, C.; Doolittle, W. F. Applied and Environmental Microbiology, 73, 1, 01-01-2007, pàg. 278–288. DOI: 10.1128/AEM.01177-06. ISSN: 0099-2240. PMC: 1797146. PMID: 17071787.
  47. ↑ Weisburg WG; Barns SM; Pelletier DA; Lane DJ Journal of Bacteriology, 173, 2, 1991, pàg. 697–703. DOI: 10.1128/jb.173.2.697-703.1991. PMC: 207061. PMID: 1987160.
  48. ↑ Links, Matthew G.; Dumonceaux, Tim J.; Hemmingsen, Sean M.; Hill, Janet E. PLOS ONE, 7, 11, 26-11-2012, pàg. e49755. Bibcode: 2012PLoSO...749755L. DOI: 10.1371/journal.pone.0049755. ISSN: 1932-6203. PMC: 3506640. PMID: 23189159.
  49. ↑ Makarova, Olga; Contaldo, Nicoletta; Paltrinieri, Samanta; Kawube, Geofrey; Bertaccini, Assunta PLOS ONE, 7, 12, 18-12-2012, pàg. e52092. Bibcode: 2012PLoSO...752092M. DOI: 10.1371/journal.pone.0052092. ISSN: 1932-6203. PMC: 3525539. PMID: 23272216.
  50. ↑ Schneider, Kevin L.; Marrero, Glorimar; Alvarez, Anne M.; Presting, Gernot G. PLOS ONE, 6, 4, 21-04-2011, pàg. e18496. Bibcode: 2011PLoSO...618496S. DOI: 10.1371/journal.pone.0018496. ISSN: 1932-6203. PMC: 3080875. PMID: 21533033.
  51. ↑ Liu, Lin; Huang, Xiaolei; Zhang, Ruiling; Jiang, Liyun; Qiao, Gexia Systematic Entomology, 38, 1, January 2013, pàg. 81–92. DOI: 10.1111/j.1365-3113.2012.00647.x.
  52. ↑ Schoch, Conrad L.; Seifert, Keith A.; Huhndorf, Sabine; Robert, Vincent; Spouge, John L. Proceedings of the National Academy of Sciences, 109, 16, 2012, pàg. 6241–6246. DOI: 10.1073/pnas.1117018109. ISSN: 0027-8424. PMC: 3341068. PMID: 22454494.
  53. ↑ Gao, Ruifang; Zhang, Guiming Phytopathology, 103, 11, November 2013, pàg. 1103–1107. DOI: 10.1094/PHYTO-12-12-0321-R. ISSN: 0031-949X. PMID: 23718836.
  54. ↑ Stielow, J. B.; Lévesque, C. A.; Seifert, K. A.; Meyer, W.; Irinyi, L. Persoonia, 35, 2015, pàg. 242–263. DOI: 10.3767/003158515X689135. PMC: 4713107. PMID: 26823635.
  55. ↑ Meyer, Wieland; Irinyi, Laszlo; Minh, Thuy Vi Hoang; Robert, Vincent; Garcia-Hermoso, Dea Genome, 62, 3, 2018, pàg. 160–169. DOI: 10.1139/gen-2018-0083. PMID: 30465691.
  56. ↑ Khaund, Polashree; Joshi, S.R. Gene, 550, 1, October 2014, pàg. 123–130. DOI: 10.1016/j.gene.2014.08.027. PMID: 25130907.
  57. ↑ Gile, Gillian H.; Stern, Rowena F.; James, Erick R.; Keeling, Patrick J. Journal of Phycology, 46, 4, August 2010, pàg. 743–750. DOI: 10.1111/j.1529-8817.2010.00851.x.
  58. ↑ Strüder-Kypke, Michaela C.; Lynn, Denis H. Systematics and Biodiversity, 8, 1, 25-03-2010, pàg. 131–148. DOI: 10.1080/14772000903507744. ISSN: 1477-2000.
  59. ↑ 59,0 59,1 Hamsher, Sarah E.; LeGresley, Murielle M.; Martin, Jennifer L.; Saunders, Gary W. PLOS ONE, 8, 10, 09-10-2013, pàg. e73521. Bibcode: 2013PLoSO...873521H. DOI: 10.1371/journal.pone.0073521. ISSN: 1932-6203. PMC: 3794052. PMID: 24130665.
  60. ↑ Kaczmarska, Irena; Ehrman, James Michael; Moniz, Monica Barros Joyce; Davidovich, Nikolai Phycologia, 48, 5, September 2009, pàg. 391–403. DOI: 10.2216/08-74.1. ISSN: 0031-8884.
  61. ↑ Weigand, Hannah; Beermann, Arne J.; Čiampor, Fedor; Costa, Filipe O.; Csabai, Zoltán bioRxiv, 678, 14-03-2019, pàg. 499–524. Bibcode: 2019ScTEn.678..499W. DOI: 10.1101/576553. PMID: 31077928.
  62. ↑ Rdmpage, International Barcode of Life project (iBOL), doi:10.15468/inygc6, <http://www.gbif.org/dataset/040c5662-da76-4782-a48e-cdea1892d14c>. Consulta: 14 maig 2019
  63. ↑ Ratnasingham, Sujeevan; Hebert, Paul D. N. Molecular Ecology Notes, 7, 3, 24-01-2007, pàg. 355–364. DOI: 10.1111/j.1471-8286.2007.01678.x. PMC: 1890991. PMID: 18784790.
  64. ↑ Nilsson, Rolf Henrik; Larsson, Karl-Henrik; Taylor, Andy F. S.; Bengtsson-Palme, Johan; Jeppesen, Thomas S. Nucleic Acids Research, 47, D1, 08-01-2019, pàg. D259–D264. DOI: 10.1093/nar/gky1022. ISSN: 0305-1048. PMC: 6324048. PMID: 30371820.
  65. ↑ Rimet, Frederic; Gusev, Evgenuy; Kahlert, Maria; Kelly, Martyn; Kulikovskiy, Maxim Falta indicar la publicació, 14-02-2019. DOI: 10.15454/TOMBYZ.
  66. ↑ Rimet, Frédéric; Chaumeil, Philippe; Keck, François; Kermarrec, Lenaïg; Vasselon, Valentin Database, 2016, 2016, pàg. baw016. DOI: 10.1093/database/baw016. ISSN: 1758-0463. PMC: 4795936. PMID: 26989149.
  67. ↑ Schloss, Patrick D.; Westcott, Sarah L.; Ryabin, Thomas; Hall, Justine R.; Hartmann, Martin Applied and Environmental Microbiology, 75, 23, 2009, pàg. 7537–41. DOI: 10.1128/AEM.01541-09. OCLC: 780918718. PMC: 2786419. PMID: 19801464.
  68. ↑ Edgar, Robert C Nature Methods, 10, 10, 18-08-2013, pàg. 996–998. DOI: 10.1038/nmeth.2604. ISSN: 1548-7091. PMID: 23955772.
  69. ↑ Caporaso, J Gregory; Kuczynski, Justin; Stombaugh, Jesse; Bittinger, Kyle; Bushman, Frederic D Nature Methods, 7, 5, May 2010, pàg. 335–336. DOI: 10.1038/nmeth.f.303. ISSN: 1548-7091. PMC: 3156573. PMID: 20383131.
  70. ↑ Afgan, Enis; Baker, Dannon; Batut, Bérénice; van den Beek, Marius; Bouvier, Dave Nucleic Acids Research, 46, W1, 02-07-2018, pàg. W537–W544. DOI: 10.1093/nar/gky379. ISSN: 0305-1048. PMC: 6030816. PMID: 29790989.
  71. ↑ Boyer, Frédéric; Mercier, Céline; Bonin, Aurélie; Le Bras, Yvan; Taberlet, Pierre Molecular Ecology Resources, 16, 1, 26-05-2015, pàg. 176–182. DOI: 10.1111/1755-0998.12428. ISSN: 1755-098X. PMID: 25959493.
  72. ↑ , <https://github.com/VascoElbrecht/JAMP>. Consulta: 14 maig 2019
  73. ↑ , <https://github.com/enormandeau/barque>. Consulta: 21 gener 2020
  74. ↑ Callahan, Benjamin J; McMurdie, Paul J; Rosen, Michael J; Han, Andrew W; Johnson, Amy Jo A Nature Methods, 13, 7, July 2016, pàg. 581–583. DOI: 10.1038/nmeth.3869. ISSN: 1548-7091. PMC: 4927377. PMID: 27214047.
  75. ↑ McMurdie, Paul J.; Holmes, Susan PLOS Computational Biology, 10, 4, 2014, pàg. e1003531. arXiv: 1310.0424. Bibcode: 2014PLSCB..10E3531M. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1003531. PMC: 3974642. PMID: 24699258.
  76. ↑ Valiente, Gabriel; Jansson, Jesper; Clemente, Jose Carlos; Alonso-Alemany, Daniel EMBnet.journal, 17, 2, 10-10-2011, pàg. 16–20. DOI: 10.14806/ej.17.2.237. ISSN: 2226-6089.
  77. ↑ Schnell, Ida Bærholm; Thomsen, Philip Francis; Wilkinson, Nicholas; Rasmussen, Morten; Jensen, Lars R.D. Current Biology, 22, 8, April 2012, pàg. R262–R263. DOI: 10.1016/j.cub.2012.02.058. PMID: 22537625.
  78. ↑ Subrata., Trivedi; Ansari, Abid Ali., Ghosh, Sankar K., Rehman, Hasibur.. DNA Barcoding in Marine Perspectives : Assessment and Conservation of Biodiversity.. Cham: Springer International Publishing, 2016. ISBN 9783319418407. OCLC 958384953. 
  79. ↑ Hebert, Paul D. N.; Stoeckle, Mark Y.; Zemlak, Tyler S.; Francis, Charles M. PLOS Biology, 2, 10, October 2004, pàg. e312. DOI: 10.1371/journal.pbio.0020312. ISSN: 1545-7885. PMC: 518999. PMID: 15455034.
  80. ↑ Costa, Filipe O; Carvalho, Gary R Genomics, Society and Policy, 3, 2, December 2007, pàg. 29. DOI: 10.1186/1746-5354-3-2-29. ISSN: 1746-5354. PMC: 5425017.
  81. ↑ Lahaye, R.; van der Bank, M.; Bogarin, D.; Warner, J.; Pupulin, F. Proceedings of the National Academy of Sciences, 105, 8, 26-02-2008, pàg. 2923–2928. DOI: 10.1073/pnas.0709936105. ISSN: 0027-8424. PMC: 2268561. PMID: 18258745.
  82. ↑ 82,0 82,1 Xu, Song-Zhi; Li, Zhen-Yu; Jin, Xiao-Hua Molecular Ecology Resources, 18, 1, January 2018, pàg. 128–136. DOI: 10.1111/1755-0998.12715. PMID: 28865184.
  83. ↑ Liu, Junning; Jiang, Jiamei; Song, Shuli; Tornabene, Luke; Chabarria, Ryan Scientific Reports, 7, 1, December 2017, pàg. 16601. Bibcode: 2017NatSR...716601L. DOI: 10.1038/s41598-017-16920-2. ISSN: 2045-2322. PMC: 5709489. PMID: 29192249.
  84. ↑ Nagoshi, Rodney N.; Brambila, Julieta; Meagher, Robert L. Journal of Insect Science, 11, 154, November 2011, pàg. 154. DOI: 10.1673/031.011.15401. ISSN: 1536-2442. PMC: 3391933. PMID: 22239735.
  85. ↑ Thongtam na Ayudhaya, Pradipunt; Muangmai, Narongrit; Banjongsat, Nuwadee; Singchat, Worapong; Janekitkarn, Sommai Agriculture and Natural Resources, 51, 3, June 2017, pàg. 198–205. DOI: 10.1016/j.anres.2017.07.001.
  86. ↑ Hebert, P. D. N.; Penton, E. H.; Burns, J. M.; Janzen, D. H.; Hallwachs, W. Proceedings of the National Academy of Sciences, 101, 41, 12-10-2004, pàg. 14812–14817. Bibcode: 2004PNAS..10114812H. DOI: 10.1073/pnas.0406166101. ISSN: 0027-8424. PMC: 522015. PMID: 15465915.
  87. ↑ Brower, Andrew V.Z. Systematics and Biodiversity, 4, 2, June 2006, pàg. 127–132. DOI: 10.1017/S147720000500191X. ISSN: 1477-2000.
  88. ↑ Smith, M. A.; Woodley, N. E.; Janzen, D. H.; Hallwachs, W.; Hebert, P. D. N. Proceedings of the National Academy of Sciences, 103, 10, 07-03-2006, pàg. 3657–3662. DOI: 10.1073/pnas.0511318103. ISSN: 0027-8424. PMC: 1383497. PMID: 16505365.

Enllaços externs

Obtingut de «https://ca.wikipedia.org/w/index.php?title=DNA_barcoding&oldid=25730635»