Nascut el 2332 en Nova Orleans, Benjamin és el fill de Joseph Sisko, el xef i propietari del restaurant "Cuina de Sisko criolla" ("Sisko" per a abreviar). La seva mare va ser una dona anomenada Sarah. No obstant això, Sarah va ser realment posseïda per un dels Profetes bajorans (la forma de vida que existeix en l'interior del forat de cuc), que manipula el seu matrimoni amb Joseph i tenir el seu fill Benjamin. Sarah i Joseph van ser feliçment casats fins que Sarah va desaparèixer dos dies després del primer aniversari de Ben, quan un Profeta va posseir el seu cos. Va morir en un accident diversos anys més tard.
