193 equips de 53 federacions participaren en la Lliga Europa UEFA 2009–10. Els països es distribueixen segons el seu coeficient UEFA.
El campió de la Copa de la UEFA 2008-2009, el Xakhtar Donetsk, tenia garantit el seu lloc a la fase de grups encara que no s'haguera classificat en la seva lliga.
Però com el Shakhtar es va classificar per a la Lliga de Campions, el repartiment original de places s'ha de canviar per compensar el buit deixat pel campió a la fase de grups. Encara no està clar si la UEFA farà que es classifique un equip més de la fase prèvia o reemplaçarà al Shaktar per l'equip guanyador de la copa de la federació amb més coeficient.
Aquest és l'esquema de classificació en cas que el lloc del Shaktar sigui reemplaçat pel guanyador de copa de la federació amb més coeficient:
Les federacions de la 1 a la 6 classifiquen tres equips.
Les federacions de la 7 la temporada 9 classifiquen quatre equips.
Les federacions de la 10 a la 53 classifiquen tres equips, excepte Liechtenstein, Andorra i San Marino (que classifiquen només un equip)
Els 14 equips que han quedat en segona posició en les seves lligues de les federacions 37 a 51 (excepte Liechtenstein).
Els 29 equips que han quedat en tercera posició en les seves lligues de les federacions 22 a 51 (excepte Liechtenstein).
Els 3 equips guanyadors de la iniciativa UEFA Fair Play.
Segona ronda classificatòria (80 equips)
Els 23 guayadors de la primera ronda classificatòria.
Els 24 guanyadors de copa de les federacions 30 a 53.
Els 18 equips que han quedat en segona posició en les seves lligues de les federacions 19 a 36.
Els 6 equips que han quedat en tercera posició en les seves lligues de les federacions 16 a 21.
Els 6 equips que han quedat en quarta posició en les seves lligues de les federacions 10 a 15.
Els 3 equips que han quedat en cinquena posició en les seves lligues de les federacions 7 a 9.
Tercera ronda classificatòria (70 equips)
Els 40 guanyadors de la segona ronda classificatòria.
Els 12 guayadors de copa de les federacions 18 a 29.
Els 3 equips que han quedat en segona posició en les seves lligues de les federacions 16 a 18.
Els 6 equips que han quedat en tercera posició en les seves lligues de les federacions 10 a 15.
Els 3 equips que han quedat en quarta posició en les seves lligues de les federacions 7 a 9.
Els 3 equips que han quedat en cinquena posició en les seves lligues de les federacions 4 a 6 (incloent els guanyadors de la Copa de la Lliga francesa).
Els 3 equips que han quedat en la sisena posició en les seves lligues de les federacions 1 a 3.
Ronda eliminatòria (76 equips)
Els 35 guanyadors de la tercera ronda classificatòria.
Els 17 guanyadors de copa de les federacions 1 a 17.
Els 3 equips que han quedat en tercera posició en les seves lligues de les federacions 7 a 9.
Els 3 equips que han quedat en quarta posició en les seves lligues de les federacions 4 a 6.
Els 3 equips que han quedat en cinquena posició en les seves lligues de les federacions 1 a 3.
El 29 d'octubre del 2009, el Comitè de Disciplina de la UEFA va decidir que el Dinamo Zagreb hauria de jugar la resta dels seus partits com a local a porta tancada. A més li van treure els 3 punts guanyats contra el FC Timişoara. Tot això a causa dels fets succeïts durant el partit entre l'equip croat i el rumanès. La UEFA no va escoltar l'apel·lació del Dinamo fins després del primer partit a porta tancada contra l'Ajax. Al final UEFA va tornar els 3 punts i li va imposar una multa de 75.000 € i la prohibició de jugar competicions europees durant 3 anys.