Variants del SARS-CoV-2

De Viquipèdia
(S'ha redirigit des de: Variant 501.V2)
Salta a la navegació Salta a la cerca

El coronavirus 2 de la síndrome respiratòria aguda greu (SARS-CoV-2), el virus que causa la malaltia respiratòria causada per SARS-CoV-2 (COVID-19), té diverses variants notables que es creu o s'ha cregut que tenen una importància especial a causa del seu potencial per augmentar la transmissibilitat, augmentar la virulència i reduir l'eficàcia de les vacunes.[1][2]

Es creu que la seqüència WIV04/2019, pertanyent al clade S de GISAID / llinatge A PANGOLIN / clade 19B de Nextstrain, és la seqüència original que infectà els humans, coneguda com a "seqüència zero", i es coneix àmpliament com a tal i s'utilitza com a seqüència de referència.[3]

Sumari[modifica]

Hi ha molts llinatges de SARS-CoV-2.[4] La taula següent presenta informació i el nivell de risc per a variants amb un risc elevat o possiblement elevat actualment[5][6][7][8] o en el passat. S'assumeixen uns intervals de confiança o de credibilitat del 95%, tret que s'indiqui el contrari.

Primera detecció Genètica i identificació Evidència de canvis clínics[A]
Ubicació Data Distribució Etiqueta de l'OMS Llinatge PANGOLIN[4] Clade Nextstrain[9][5] Variant

PHE[B]

Altres noms Mutacions notables Transmissibilitat Virulència Antigenicitat
 Regne Unit Feb 2020[4] Global Alfa B.1.1.7 20I/501Y.V1 VOC-20DEC-01[C] N501Y, 69–70del, P681H[10][11] 74 % més alt[12] 64 % (32104 %) més letal[13] Sense evidència de canvi[14]
 Nigèria Ago 2020[15] Internacional B.1.1.207 P681H[10] Sense evidència de canvi[16] Sense evidència de canvi[16] Sota imvestigació
 Estats Units Jun 2020[17] Internacional Epsilon B.1.429, B.1.427[8] 20C/S:452R CAL.20C[18] I4205V, D1183Y, S13I, W152C, L452R 20 % més alt[5] Sota investigació Reducció moderada a greu de la neutralització[19]
 Dinamarca Set 2020[20] Probablement extingit[21] No registrat Cluster 5, ΔFVI-spike[22] Y453F, 69–70deltaHV[22] Disminució moderada de la sensibilitat als anticossos neutralitzants[23]
 Sud-àfrica Oct 2020[10] Internacional Beta B.1.351 20H/501Y.V2 VOC-20DEC-02 501Y.V2[14] N501Y, K417N, E484K[10] 50 % (20113 %) més alt[14] Sense evidència de canvi[16] Reducció significativa de la neutralització per anticossos[24][25]
 Índia Oct 2020[26] Global Delta B.1.617 VUI-21APR-01[27] E484Q, L452R, P681R[28] Sota investigació Sota investigació Lleugera reducció de la neutralització efectiva[29]
 Japó
 Brasil
Des 2020[30] Internacional Gamma P.1 20J/501Y.V3 VOC-21JAN-02 B.1.1.28.1[31][8] N501Y, E484K, K417T[10] 152 % (127178 %) més alt[32][D][millorar font] 45 % (50% ICr, 1080 %) més letal[33][E] Reducció global de la neutralització efectiva[14]
 Regne Unit
 Nigèria
Des 2020[34] Internacional Eta B.1.525 20C[F] VUI-21FEB-03[G] E484K, F888L[35] Sota investigació Sota investigació Possiblement es redueix la neutralització[5]
  1. "—" denota que no es va poder trobar cap font fiable que cités.
  2. El format de denominació es va actualitzar el març de 2021, canviant l'any de 4 a 2 dígits i el mes de 2 dígits a una abreviatura de 3 lletres. Per exemple, VOC-202101-02 convertit a VOC-21JAN-02.[6]
  3. B.1.1.7 amb E484K es designa per separat VOC-21FEB-02
  4. Un altre estudi preliminar[33] ha estimat que P.1 pot ser un 140-220% més transmissible, amb un interval de credibilitat amb una baixa probabilitat del 50%.
  5. L'interval de credibilitat reportat té una baixa probabilitat de només el 50%, de manera que la letalitat estimada només es pot entendre com a possible, no segura ni probable.
  6. Inclou B.1.525 i B.1.526.[5]
  7. Antigament UK1188.

Nomenclatura[modifica]

Taula de nomenclatures corresponents SARS-CoV-2[36]
Llinatges PANGO (cf. (Nomenclatura proposada, Nature)) Notes als llinatges PANGO (cf. (Alm et al.)) Clades (Nextstrain), 2021[37] Clades (GISAID) Variants destacades
A.1–A.6 19B S conté la "seqüència zero"[3]
B.3–B.7, B.9, B.10, B.13–B.16 19A L
O[a]
B.2 V
B.1 B.1.5–B.1.72 20A G Llinatge B.1 en el sistema de nomenclatura de llinatges PANGO
B.1.9, B.1.13, B.1.22, B.1.26, B.1.37 GH
B.1.3–B.1.66 20C Inclou CAL.20C[38]
20G Predominant generalment als EUA, Gener/21[38]
20H Inclou 501.V2 àlies (20C/501Y.V2 o) 20H/501Y.V2 o B.1.351 lineage
B.1.1 20B GR Inclou B.1.1.207
20D Inclou P.1 i P.2[39]
20F
20I Inclou VOC-202012/01 àlies 20B/501Y.V1 llinatge B.1.1.7, i B.1.1.207
B.1.177 20E (EU1)[37] GV[a] Derivat de 20A[37]

No s'ha establert cap nomenclatura coherent per al SARS-CoV-2.[41] Col·loquialment, inclosos els governs i les organitzacions de notícies, sovint es fa referència a les variants pel país on es van identificar per primera vegada.[42][43][44] Finalment, l 'Organització Mundial de la Salut (OMS) va anunciar el 31 de maig de 2021 una notació amb lletres gregues per a evitar qualsevol referència geogràfica i així evitar-ne l'ús polític.[45][46]

Tot i que hi ha molts milers de variants de SARS-CoV-2,[47] els tipus de virus es poden incloure en agrupacions més grans, com ara llinatges o clades. S'han proposat tres nomenclatures principals:[41]

Criteris de notabilitat[modifica]

Els virus generalment adquireixen mutacions amb el pas del temps, donant lloc a noves variants. Quan sembla que una nova variant creix en una població, es pot etiquetar com a "variant emergent".

Algunes de les possibles conseqüències de les variants emergents són les següents:[10][53]

  • Augment de la transmissibilitat
  • Augment de la morbiditat
  • Augment de la mortalitat
  • Capacitat per eludir la detecció mitjançant proves diagnòstiques
  • Disminució de la susceptibilitat als fàrmacs antivirals (si i quan aquests medicaments estan disponibles)
  • Disminució de la susceptibilitat als anticossos neutralitzants, ja sigui terapèutics (per exemple, plasma convalescent o anticossos monoclonals) o en experiments de laboratori
  • Capacitat per eludir la immunitat natural (per exemple, causar reinfeccions)
  • Capacitat per infectar individus vacunats
  • Augment del risc de patir afeccions particulars com la síndrome inflamatòria multisistema o la COVID persistent.
  • Increment de l'afinitat per grups clínics o demogràfics concrets, com ara nens o individus immunodeprimits.

Les variants que semblen complir un o més d'aquests criteris es poden etiquetar com a "variants d'interès" a l'espera de la verificació i validació d'aquestes propietats. Un cop validades, les "variants d'interès" es poden canviar el nom de "variants d'interès" per les organitzacions de control, com ara les CDC.[54]

Variants notables[modifica]

Clúster 5[modifica]

El clúster 5, també anomenat ΔFVI-spike per l'Statens Serum Institut (SSI),[22] va ser descobert al nord de Jutlàndia, Dinamarca, i es creu que es va estendre des de visons a humans a través de granges de visons. El 4 de novembre de 2020 es va anunciar que la població de visons de Dinamarca seria sacrificada per evitar la possible propagació d'aquesta mutació i reduir el risc de noves mutacions.

Llinatge B.1.1.7 / Variant of Concern-202012/0[modifica]

Detectat al Regne Unit.[55] [56]

Llinatge B.1.1.207[modifica]

Seqüenciada per primera vegada l'agost de 2020 a Nigèria,[57][58]

Llinatge B.1.1.317[modifica]

Llinatge B.1.1.318[modifica]

Llinatge B.1.351[modifica]

[10] [59]

Llinatge B.1.429 / CAL.20C[modifica]

[38]

Llinatge B.1.525[modifica]

[35] [34]

Llinatge B.1.526[modifica]

Llinatge P.1.617[modifica]

[27]

Llinatge P.1.618[modifica]

Llinatge P.1[modifica]

[60] [33]

Llinatge P.3[modifica]

Mutacions notables[modifica]

  • D614G
  • E484K[61][30]
  • N501Y
  • S477G/N
  • P681H
  • E484Q
  • L452R
  • P681R
  • N440K

Origen de les variants[modifica]

Els investigadors han suggerit que es poden produir múltiples mutacions en el curs de la infecció persistent d'un pacient immunodeprimit, especialment quan el virus desenvolupa mutacions d'escapament sota la pressió de selecció de l'anticòs o del tractament amb plasma convalescent,[62][63] amb les mateixes delecions en els antígens de superfície de forma repetida en diferents pacients.[64]

Referències[modifica]

  1. 1,0 1,1 En una altra font, GISAID nomena un conjunt de 7 clades sense el clade O però incloent al clade GV.[40]
  1. «Coronavirus variants and mutations: The science explained» (en anglès). BBC News, 06-01-2021.
  2. «New coronavirus variants could cause more reinfections, require updated vaccines». Science. American Association for the Advancement of Science, 15-01-2021. DOI: 10.1126/science.abg6028.
  3. 3,0 3,1 Zhukova, A; Blassel, L; Lemoine, F; Morel, M; Voznica, J; Gascuel, O «Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2». Comptes Rendus Biologie, 24-11-2020, pàg. 1–20. DOI: 10.5802/crbiol.29. PMID: 33274614.
  4. 4,0 4,1 4,2 «Lineage descriptions». Pango team.
  5. 5,0 5,1 5,2 5,3 5,4 «SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions». Centers for Disease Control and Prevention.
  6. 6,0 6,1 «Variants: distribution of cases data». Government Digital Service.
  7. «Global Report Investigating Novel Coronavirus Haplotypes». Pango team.
  8. 8,0 8,1 8,2 «Living Evidence - SARS-CoV-2 variants». Ministry of Health (New South Wales).
  9. «Nextstrain». Nextstrain.
  10. 10,0 10,1 10,2 10,3 10,4 10,5 10,6 CDC. «Emerging SARS-CoV-2 Variants» (en anglès americà). Centers for Disease Control and Prevention. Aquest article incorpora text d'aquesta font, la qual és de domini públic.
  11. Chand et al., 2020, p. 6, Potential impact of spike variant N501Y.
  12. Plantilla:Cite techreport
  13. Challen, Robert; Brooks-Pollock, Ellen; Read, Jonathan; Dyson, Louise; Tsaneva-Atanasova, Krasimira; Danon, Leon «Risk of mortality in patients infected with SARS-CoV-2 variant of concern 202012/1: matched cohort study». The BMJ, 372, 10-03-2021. DOI: 10.1136/bmj.n579. ISSN: 1756-1833. PMC: 7941603. PMID: 33687922. n579.
  14. 14,0 14,1 14,2 14,3 Plantilla:Cite techreport
  15. «Lineage B.1.1.207». Pango team. Graphic shows B.1.1.207 detected in Peru, Germany, Singapore, Hong Kong, Vietnam, Costa Rica, South Korea, Canada, Australia, Japan, France, Italy, Ecuador, Mexico, UK and the USA.
  16. 16,0 16,1 16,2 S, Sruthi «Notable Variants And Mutation Of SARS-CoV-2». BioTecNika, 10-02-2021.
  17. «Lineage B.1.429». Pango team. Graphic shows B.1.429 detected in the USA, Mexico, Canada, the UK, France, Denmark, Australia, Taiwan, Japan, South Korea, Australia, New Zealand, Guadeloupe, and Aruba.
  18. «Southern California COVID-19 Strain Rapidly Expands Global Reach». Cedars-Sinai Newsroom [[[Los Angeles]]], 11-02-2021.
  19. «California coronavirus strain may be more infectious - and lethal». Science News, 23-02-2021.
  20. «SARS-CoV-2 mink-associated variant strain - Denmark». WHO Disease Outbreak News, 06-11-2020.
  21. «De fleste restriktioner lempes i Nordjylland» (en danish). Ministry of Health (Denmark), 19-11-2020. «Sekventeringen af de positive prøver viser samtidig, at der ikke er påvist yderligere tilfælde af minkvariant med cluster 5 siden den 15. september, hvorfor Statens Serums Institut vurderer, at denne variant med stor sandsynlighed er døet ud.»
  22. 22,0 22,1 22,2 Lassaunière, Ria. «SARS-CoV-2 spike mutations arising in Danish mink and their spread to humans». Statens Serum Institut, 11-11-2020. Arxivat de l'original el 10 novembre 2020.
  23. «SARS-CoV-2 mink-associated variant strain – Denmark». World Health Organization, 06-11-2020.
  24. «Sensitivity of infectious SARS-CoV-2 B.1.1.7 and B.1.351 variants to neutralizing antibodies». Nature Medicine, 14-04-2021. DOI: 10.1038/s41591-021-01318-5.
  25. «Coronavirus: Sinovac vaccine gives 70 per cent less protection against South African variant, but Hongkongers urged to still get jab», 20-04-2021.
  26. «PANGO lineages».
  27. 27,0 27,1 «Confirmed cases of COVID-19 variants identified in UK». , 15-04-2021.
  28. Nuki, Paul; Newey, Sarah «Arrival of India’s ‘double mutation’ adds to variant woes, but threat posed remains unclear» (en anglès). The Telegraph, 16-04-2021.
  29. «Neutralization of variant under investigation B.1.617 with sera of BBV152 vaccinees». medRxiv, abril 2021. DOI: 10.1101/2021.04.23.441101.
  30. 30,0 30,1 Kupferschmidt, Kai «New mutations raise specter of 'immune escape'». Science, 371, 6527, 22-01-2021, pàg. 329–330. DOI: 10.1126/science.371.6527.329. PMID: 33479129.
  31. «P.1». Pango team.
  32. Coutinho, Renato; Marquitti, Flavia; Ferreira, Leonardo; Borges, Marcelo; Silva, Rafael; Canton, Otavio; Portella, Tatiana; Lyra, Silas; Franco, Caroline «Model-based estimation of transmissibility and reinfection of SARS-CoV-2 P.1 variant». Falta indicar la publicació, 09-03-2021. DOI: 10.1101/2021.03.03.21252706.
  33. 33,0 33,1 33,2 Faria, Nuno; Mellan, Thomas; Whittaker, Charles; Claro, Ingra; Candido, Darlan; Mishra, Swapnil; Crispim, Myuki; Sales, Flavia; Hawryluk, Iwona «Genomics and epidemiology of a novel SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil». Falta indicar la publicació, 03-03-2021. DOI: 10.1101/2021.02.26.21252554. PMC: 7941639. PMID: 33688664. «P.1 can be between 1.4-2.2 (50% BCI, with a 96% posterior probability of being >1) times more transmissible than local non-P1 lineages ... We estimate that infections are 1.1–1.8 (50% BCI, 81% posterior probability of being >1) times more likely to result in mortality in the period following P.1's emergence, compared to before, although posterior estimates of this relative risk are also correlated with inferred cross-immunity»
  34. 34,0 34,1 Roberts, Michelle «Another new coronavirus variant seen in the UK». BBC NEWS, 16-02-2021.
  35. 35,0 35,1 «B.1.525». Rambaut Group, University of Edinburgh. PANGO Lineages, 15-02-2021.
  36. 36,0 36,1 Alm, E.; Broberg, E. K.; Connor, T.; Hodcroft, E. B.; Komissarov, A. B.; Maurer-Stroh, S.; Melidou, A.; Neher, R. A.; O’Toole, Áine «Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020». Euro Surveillance: Bulletin Europeen Sur les Maladies Transmissibles = European Communicable Disease Bulletin, 25, 32, 2020. DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410. PMC: 7427299. PMID: 32794443.
  37. 37,0 37,1 37,2 ; Hodcroft, Emma B; Neher, Richard A«Updated Nextstrain SARS-CoV-2 clade naming strategy», 06-01-2021.
  38. 38,0 38,1 38,2 Emergence of a novel SARS-CoV-2 strain in Southern California, USA Wenjuan Zhang, Brian Davis, Stephanie S Chen, Jorge Sincuir Martinez, Jasmine T Plummer, Eric Vail 20 January 2021 doi.org/10.1101/2021.01.18.21249786 via www.medrxiv.org, Accessed 21 January 2021
  39. PANGO lineages-Lineage B.1.1.28 cov-lineages.org, accessed 4 February 2021
  40. «clade tree (from 'Clade and lineage nomenclature')», 04-07-2020.
  41. 41,0 41,1 WHO Headquarters. «3.6 Considerations for virus naming and nomenclature». A: SARS-CoV-2 genomic sequencing for public health goals: Interim guidance, 8 January 2021. World Health Organization, 8 gener 2021, p. 6. 
  42. «Don't call it the 'British variant.' Use the correct name: B.1.1.7» (en anglès americà), 09-02-2021.
  43. Flanagan, Ryan. «Why the WHO won't call it the 'U.K. variant', and you shouldn't either» (en anglès), 02-02-2021.
  44. For a list of sources using names referring to the country in which the variants were first identified, see, for example, Talk:South African COVID variant and Talk:U.K. Coronavirus variant.
  45. «Statement on the sixth meeting of the International Health Regulations (2005) Emergency Committee regarding the coronavirus disease (COVID-19) pandemic» (en anglès). [Consulta: 6 juny 2021].
  46. 324cat. «L'OMS simplifica els noms de les variants del coronavirus per evitar estigmes» (en català), 02-06-2021. [Consulta: 6 juny 2021].
  47. «Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes». Bulletin of the World Health Organization, 98, 7, juny 2020, pàg. 495–504. DOI: 10.2471/BLT.20.253591. PMC: 7375210. PMID: 32742035. «We detected in total 65776 variants with 5775 distinct variants.»
  48. «Global phylogeny, updated by Nextstrain». GISAID, 18-01-2021.
  49. «Nextclade» (What are the clades?). Arxivat de l'original el 19 gener 2021.
  50. «cov-lineages/pangolin: Software package for assigning SARS-CoV-2 genome sequences to global lineages». Github.
  51. «A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology». Nature Microbiology, 5, 11, 2020, pàg. 1403–1407. DOI: 10.1038/s41564-020-0770-5. PMID: 32669681. Citat a (Alm et al.)
  52. «Lineages». cov-lineages.org.
  53. Contributor, IDSA. «COVID "Mega-variant" and eight criteria for a template to assess all variants» (en anglès americà), 02-02-2021.
  54. «Variants: distribution of cases data», 28-01-2021. «SARS-CoV-2 variants, if considered to have concerning epidemiological, immunological, or pathogenic properties, are raised for formal investigation. At this point they are designated Variant Under Investigation (VUI) with a year, month, and number. Following a risk assessment with the relevant expert committee, they may be designated Variant of Concern (VOC)»
  55. «Covid: Ireland, Italy, Belgium and Netherlands ban flights from UK». BBC News, 20-12-2020.
  56. Public Health England. «Variants: distribution of cases data» (en anglès), 18-02-2021.
  57. «Detection of SARS-CoV-2 P681H Spike Protein Variant in Nigeria» (en anglès americà), 23-12-2020.
  58. «Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)» (en anglès americà). CDC. Centers for Disease Control and Prevention, 15-01-2021.
  59. Lowe, Derek. «The New Mutations». American Association for the Advancement of Science, 22-12-2020. «I should note here that there's another strain in South Africa that is bringing on similar concerns. This one has eight mutations in the Spike protein, with three of them (K417N, E484K and N501Y) that may have some functional role.»
  60. «Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings» (en anglès), 12-01-2021.
  61. NIID (National Institute of Infectious Diseases) (12 gener 2021). "Brief report: New Variant Strain of SARS-CoV-2 Identified in Travelers from Brazil". Nota de premsa.
  62. Kupferschmidt, Kai «U.K. variant puts spotlight on immunocompromised patients’ role in the COVID-19 pandemic». Science, 23-12-2020.
  63. Sutherland, Stephani «COVID Variants May Arise in People with Compromised Immune Systems». Scientific American, 23-02-2021.
  64. McCarthy, Kevin R.; Rennick, Linda J.; Nambulli, Sham; Robinson-McCarthy, Lindsey R.; Bain, William G.; Haidar, Ghady; Duprex, W. Paul «Recurrent deletions in the SARS-CoV-2 spike glycoprotein drive antibody escape». Science, 03-02-2021. DOI: 10.1126/science.abf6950.

Enllaços externs[modifica]