La temporada de 2006 del Campionat del món de motociclisme fou la 58a edició d'aquest campionat, organitzat per la FIM. El campionat de MotoGP va ser un dels més disputats dels darrers anys. Nicky Hayden (Honda) no va poder prendre-li el títol a Valentino Rossi (Yamaha) fins a l'última cursa de l'any, a Xest. Aquell va ser el primer i únic campionat del món de Hayden.
A la categoria de 250cc, el mallorquí Jorge Lorenzo (Aprilia) va guanyar el seu primer campionat amb un total de vuit victòries. L'espanyol Álvaro Bautista, també pilot d'Aprilia, va aconseguir el títol de 125cc, igualment amb vuit victòries.
Set pilots diferents van aconseguir victòries als Grans Premis, entre ells Dani Pedrosa (debutant de l'any), Toni Elías i Troy Bayliss, que guanyaren una cursa de MotoGP per primer cop a les seves respectives carreres. Valentino Rossi va remuntar un dèficit de 51 punts fins a poder liderar el campionat abans de les rondes finals. Hayden va perdre uns punts valuosos quan el seu company d'equip, Dani Pedrosa, el va fer caure a la penúltima ronda de la temporada, el Gran Premi de Portugal, però encara va poder guanyar el títol quan Rossi va caure a l'última cursa, a Xest.
Hayden només va guanyar dues curses durant la temporada contra les cinc de Rossi, però la Yamaha de l'italià va patir diversos problemes mecànics que el van obligar a retirar-se en diverses curses, cosa que va permetre a Hayden d'aconseguir més podis. A més, la sorprenent victòria de Toni Elias a Portugal, amb un marge de només 0,002 segons sobre Rossi, va resultar ser un factor decisiu en el campionat. Rossi va cedir cinc punts en aquella ronda, la mateixa quantitat amb què va quedar per darrere de Hayden a la classificació final. Si ambdós haguessin empatat, Rossi s'hauria proclamat campió gràcies al seu major nombre de victòries.