Aquella temporada es van introduir canvis significatius al reglament, ja que es limità la cilindrada màxima de les motocicletes de MotoGP a 800 cc (entre el 2002 i el 2006, el topall era de 990 cc). Tot i que les motos de 800 cc tenien menys potència que les de 990, la seva capacitat de frenar més tard i arribar amb més velocitat als revolts a causa del seu pes més lleuger (que n'augmentava la relació pes-potència) els permetia de batre rècords de volta ja en les proves de pretemporada.[1]
A més de la reducció de la cilindrada, als equips de MotoGP se'ls restringí la quantitat de pneumàtics per Gran Premi a 31 per pilot. Aquest canvi semblava haver afavorit el rang de rendiment més ampli dels Bridgestone respecte als Michelin, més específics segons la temperatura i la pista.[2] La pressió dels millors pilots i les baixades d'audiència van portar el director general de Dorna, Carmelo Ezpeleta, a proposar un fabricant de pneumàtics únic per a MotoGP.[3] Al final, les normes es van modificar per a permetre 9 pneumàtics més per Gran Premi i pilot i Valentino Rossi va canviar a Bridgestone de cara a la temporada de 2008, mentre que el seu company d'equip de fàbrica de Yamaha aquella temporada, Jorge Lorenzo, va fer servir els Michelin.
Pel que fa a Dunlop, aquella va ser l'última temporada que va proporcionar pneumàtics a equips de la categoria de MotoGP fins a l'actualitat.
Stoner va protagonitzar una temporada innovadora amb la Ducati i va dur l'equip italià a guanyar el seu primer títol mundial en l'escena dels Grans Premis. També va ser la primera vegada des del 1974 que la categoria reina no la guanyava una marca japonesa. El nou motor Ducati de 800 cc tenia un avantatge significatiu sobre els altres fabricants en velocitat punta en línia recta, però era difícil de conduir als revolts per a l'experimentat company d'equip de Stoner, Loris Capirossi. Stoner va presentar batalla pel títol des del començament, però Valentino Rossi va posar-li les coses difícils durant un llarg període, fins que Stoner començà a allunyar-se'n a mitjan temporada i sentencià el seu títol a diverses curses del final.
Fins a finals del 2006, tot feia preveure que Honda aprofitaria l'avantatge dels nous motors de 800 cc, ja que podria modificar els seus motors existents més fàcilment que altres fabricants. A la pràctica, però, Honda va patir més pel canvi de reglament i només Dani Pedrosa i Marco Melandri van poder oposar-se algun cop als líders. Stoner va aconseguir una tirallonga de victòries per a Ducati, Chris Vermeulen va aconseguir la primera de Suzuki de l'era de MotoGP després que John Hopkins donés a aquesta marca el seu primer podi. L'equip de Kawasaki també va fer progressos i va millorar els seus resultats.